用clustalx做多序列比對(duì)分析

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1、用ClustalX做多序列比對(duì)分析圖示1、打開(kāi)程序如下圖所示：2、LoadSequnce,載入序列如下圖所示：fasta格式的文件關(guān)鍵不在于文件名的后綴是什么，而是在于序列的格式。fasta的格式是：1、第一行以>開(kāi)頭，緊接著序列的注釋和描述。2、第二行是純序列atgcg....其他序列再起一行，如此下去就可以了。如：>seq1

2、thisisaexampleatgattggaacttgacgt....>seq2

3、thisisanotherexamplettgagttgaccgtgacgtgag.....3、選擇序列文件，F(xiàn)ASTA格式的如下圖所示：4、用文本編輯器察看

4、FASTA序列文件內(nèi)容，這里用的是記事本，推薦用EditPlus或者Ultraedit如下圖所示：5、序列Load進(jìn)去之后如下圖所示：6、DoCompleteAlignment,通常情況下直接選這個(gè)即可，無(wú)須修改比對(duì)參數(shù)如下圖所示：7、點(diǎn)DoCompleteAlignment之后彈出的文件對(duì)話框，.dnd的是輸出的指導(dǎo)樹(shù)文件，.aln的是序列比對(duì)結(jié)果，它們都是純文本文件如下圖所示：點(diǎn)“ALIGN”之后開(kāi)始等待，如果序列不多，很快就可以算完，如果數(shù)據(jù)很多，可能要等一段時(shí)間，這時(shí)候可以用眼睛盯著ClustalX的狀態(tài)欄，那里會(huì)有程序運(yùn)行狀態(tài)和現(xiàn)在正在比對(duì)那兩條序列的提示信

5、息，看看可以消磨時(shí)間。。。8、比對(duì)結(jié)束之后，我們可以看到這個(gè)結(jié)果如下圖所示：9、這時(shí)候我們可以發(fā)現(xiàn)ClustalX已經(jīng)生成了.dnd和.aln兩個(gè)文件，仍然用文本編輯器打開(kāi)來(lái)看，這時(shí).aln文件，這個(gè)文件可以用Mega2做進(jìn)一步的bootstrap進(jìn)化樹(shù)分析如下圖所示：10、這是.dnd文件（指導(dǎo)樹(shù)）如下圖所示：11、可以用Treeview打開(kāi)dnd文件，看上去就像這樣子如下圖所示：