nti中文使用說明書

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1、VectorNTI7.0User'sManual軟件包中文翻譯者：宋厚輝（浙江大學(xué)），記住這個(gè)偉大的人物吧！前言（Introduction）1.程序附帶的數(shù)據(jù)庫(kù)（VectorNTIdatabase）包括：DNA/RNA、蛋白質(zhì)、內(nèi)切酶、寡核苷酸、凝膠mark。此外程序還提供數(shù)據(jù)庫(kù)開發(fā)（DatabaseExplorer）功能，用戶可以自己修改、添加、拷貝感興趣的各類數(shù)據(jù)庫(kù)。2.創(chuàng)建新分子（有四種方法）A．用GenBank/GenPept,EMBL/SWISS-PROTandFASTA、ASCII等格式輸入DNA或氨基酸。B．手工粘帖，然后保存到數(shù)據(jù)庫(kù)中C．從其他分子、接頭、載體

2、中剪切、拼接構(gòu)鍵D．從DNA或RNA分子的編碼區(qū)翻譯成蛋白質(zhì)3.關(guān)于新分子的序列特征圖譜：利用GenBank/GenPept,EMBL/SWISS-PROTorFASTA等格式輸入的分子都能顯示出序列和結(jié)構(gòu)圖，但自己手工粘帖的沒有，需要自己編輯第一章Chapter1Tutorial:DisplayWindows（顯示窗口）目的：創(chuàng)建顯示窗口，并對(duì)圖、序列和文本進(jìn)行操作·1.登錄VectorNTI安裝后首次登錄，系統(tǒng)將提示是否允許填充空庫(kù)，點(diǎn)OK。這樣DNAmolecules,proteins,enzymes,oligos,andgelmarkers將組成NTI的數(shù)據(jù)庫(kù)。并出現(xiàn)

3、下列兩個(gè)窗口?！?.觀察出現(xiàn)的VectorNTI工作窗口和DatabaseExplorer窗口上面的第一個(gè)窗口為工作窗口，由菜單欄和工具條兩欄，移動(dòng)鼠標(biāo)到工具欄任意選項(xiàng)處，鼠標(biāo)自動(dòng)顯示每個(gè)工具條的功能。第二個(gè)窗口為exlporing——localvectorNTIdatabase,顯示的是上次打開的DNA/RNA或蛋白分子。3.CreateaDisplayWindowforpBR322激活exlporing——localvectorNTIdatabase窗口中的DNA/RNAMolecules(MAIN)數(shù)據(jù)庫(kù)，找到pBR322分子并雙擊打開。顯示如下窗口：·4.觀察pBR3

4、22顯示窗口上面的窗口由文本區(qū)（對(duì)分子信息的文字描述，雙擊文件夾可以看到）、圖形區(qū)（標(biāo)住限制性內(nèi)切酶位點(diǎn)等）和序列區(qū)（全序列及酶切位點(diǎn)）三個(gè)部分組成?！?.顯示窗口的管理（通過拖拉標(biāo)尺，改變窗口、或每個(gè)顯示區(qū)的相對(duì)大小）·6.轉(zhuǎn)換pBR322’s圖形區(qū)：在工具欄左邊的activepane右側(cè)有三個(gè)按鈕，用鼠標(biāo)點(diǎn)當(dāng)中那個(gè)（graphicspane）·7.對(duì)pBR322’s結(jié)構(gòu)圖進(jìn)行操作：用戶可以嘗試點(diǎn)擊、、，此時(shí)圖形的大小會(huì)發(fā)生變化。選區(qū)設(shè)定：菜單Edit——>setselection,輸入100bp–1000bp,然后OK.可以看到選取在圖形中用扇型框圈了起來.將鼠標(biāo)移到選取

5、的5’端,可以看到,通過拖拉可以延長(zhǎng)或縮短選區(qū)范圍,同樣在3’端也能做到。如果用戶一次只想移動(dòng)一個(gè)堿基用直接拖拉就可能不方便，假如用戶想在5’端移動(dòng)一個(gè)堿基，首先將鼠標(biāo)放到處，然后按住shift和鍵盤右側(cè)的——>或<——箭頭，則按一次箭頭移動(dòng)一個(gè)堿基距離。如果一次想移動(dòng)10個(gè)堿基，則同時(shí)按住shift+ctrl+箭頭。如果用戶只是粗略選擇，可以直接將鼠標(biāo)移到圖中，用十字花拖動(dòng)。將鼠標(biāo)移到圖的TCr處，此時(shí)鼠標(biāo)箭頭變成，并顯示TCr代表的含義，如果用戶此時(shí)按下鼠標(biāo)，則TCr的編碼區(qū)將被選中?！?.檢查pBR322’snucleotide序列移動(dòng)標(biāo)尺，盡可能將更多的PBR322序

6、列顯示出來，并點(diǎn)擊序列中任何一處?，F(xiàn)在對(duì)序列顯示的樣式進(jìn)行設(shè)定：點(diǎn)擊（DisplaySetup）按鈕，顯示moleculardisplaysetup對(duì)話框：用戶可以對(duì)序列的顏色、大小、10個(gè)一組顯示還是15個(gè)一組（默認(rèn)是10個(gè)堿基一組），結(jié)構(gòu)圖的顏色、限制酶切圖譜（注意剛開始顯示的PBR322上限制酶并不多）、ORF、Motif等進(jìn)行設(shè)置。現(xiàn)在我們打算把序列字體的顏色由黑色變成綠色，顯示全部PBR322的酶切圖。操作如下：在剛才的窗口中點(diǎn)restrictionmap下面的RMapsetup按鈕，在出現(xiàn)的對(duì)話框中點(diǎn)Add,再在出現(xiàn)的對(duì)話框中點(diǎn)selectall，然后OK。點(diǎn)se

7、quence下面的sequencesetup,可以看到序列長(zhǎng)度的設(shè)置等，在color欄中選green,一路點(diǎn)OK。此時(shí)顯示如下：我們發(fā)現(xiàn)限制酶是大大的多了，不過美中不足的是序列顯示的是兩條鏈（正鏈和互補(bǔ)鏈），實(shí)際上一條鏈就夠了，還有最好再和編碼的氨基酸一切顯示。這好辦：先選中全序列（Ctrl-A），看到工具條中的（TranslateDirect）圖標(biāo)了沒，點(diǎn)它。哈哈果然翻譯成功了。不要忘了看左右兩側(cè)的圖標(biāo)喲，點(diǎn)點(diǎn)看。（注意用戶在發(fā)表文章的時(shí)候，一般在文章中發(fā)表自己克隆或表達(dá)的DNA序列，在DNA序列下面