手把手教你使用ipp

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1、入門Imageproplus（IPP）的主要用途是分析測(cè)量圖象。本人使用該程序進(jìn)行生物圖象分析有一段時(shí)間，寫此帖的主要目的還是與大家交流使用心得，并總結(jié)一下使用方法。如果你是剛接觸IPP，最好先從本帖看起，并同時(shí)打開你電腦上的IPP程序照著操作。學(xué)會(huì)一個(gè)軟件需要花一段時(shí)間的，兩分鐘不可能學(xué)會(huì)。兩小時(shí)也太短。但我相信，照著我這幾個(gè)帖子作下來(lái)，至少是可以用IPP干一點(diǎn)事情了。打開IPP后的界面是這樣的，該從何處下手呢？既然是處理圖片，當(dāng)然是先要打開一張要處理的圖片嘛這張照片中的黃色部分是免疫組化染色的陽(yáng)性表達(dá)成分。處理目標(biāo)是通

2、過(guò)測(cè)量圖片中黃色部分的"黃"度來(lái)反映相應(yīng)蛋白表達(dá)的的“量”。對(duì)該圖片進(jìn)行觀察，可以看到圖片中主要有三種主要顏色，一是染成藍(lán)色的細(xì)胞核，二是呈現(xiàn)出黃色的胞漿，三是細(xì)胞間的空隙區(qū)域，呈現(xiàn)出淺藍(lán)色，是為背景。所以首先要把圖片中呈現(xiàn)黃色的區(qū)域給挑選出來(lái)，這部分區(qū)域是我們最感興趣的地方，叫作AOI（areaofinterest）。AOI是IPP中最有用最重要的概念。如何能夠準(zhǔn)確地選取AOI就是使用IPP的關(guān)鍵操作。一旦準(zhǔn)確地選取了AOI，下面的測(cè)量分析就好辦了。對(duì)不同的圖片，需靈活地使用各種適當(dāng)?shù)腁OI工具，就這張圖片來(lái)說(shuō)，AOI是

3、黃色區(qū)域，因此用顏色分類的AOI工具是最有效的。點(diǎn)擊measure---count/size,彈出分類測(cè)量窗口。在窗口中選中manual，再點(diǎn)擊selectcolor，彈出顏色選擇窗口segmentation，這個(gè)工具是IPP最有特色的顏色選取工具之一。用好這個(gè)工具是使用IPP的要點(diǎn)于目標(biāo)顏色鮮明的圖片，用吸管工具是最簡(jiǎn)單的。點(diǎn)一下吸管圖標(biāo)，在目標(biāo)區(qū)域點(diǎn)一下，就可以選中該點(diǎn)的顏色，當(dāng)然一下是不可能完全選中所需要指定的全部區(qū)域，可以在未選中的地方接著再點(diǎn)，這樣多次選取，直到把想選中的區(qū)域全部選中為止。在這張示例圖中，選中的藍(lán)

4、色細(xì)胞核部分被標(biāo)上了紅色。用紅框圈起來(lái)的四個(gè)工具按紐分別是：吸管、撒消上一步操作、橡皮擦、全部清除。下在的小方框里則是吸管位置的選取顏色。圖片中被標(biāo)上紅色的區(qū)域被定義為一個(gè)class，其中每一個(gè)獨(dú)立的小區(qū)塊被定義為這個(gè)class中的一個(gè)object。以此圖為例，圖中深藍(lán)色的部分是細(xì)胞核，因此所有的細(xì)胞核都被選中成一個(gè)class，其中每一個(gè)細(xì)胞核就是一個(gè)object。選取完AOI后，點(diǎn)擊close回到count/size窗口，下一步就可以對(duì)選中的object進(jìn)行測(cè)量操作了。點(diǎn)擊count/size窗口中的measure菜單，

5、點(diǎn)selectmeasure，這是選擇要進(jìn)行何種測(cè)量操作，在彈出的測(cè)量選擇窗口左側(cè)列出了各種可用的測(cè)量選項(xiàng)，最常用的測(cè)量有：area面積density（mean）平均光密度diameter直徑IOD（integratedopticaldensity）累積光密度在相應(yīng)的項(xiàng)目上點(diǎn)一下，該測(cè)量項(xiàng)目就被選到中間的窗口中了，同時(shí)關(guān)于該測(cè)量的詳細(xì)說(shuō)明會(huì)顯示在最右邊。如果想取消某個(gè)已選中的測(cè)量項(xiàng)目，則在左邊窗口中該項(xiàng)目上再點(diǎn)擊一下就可以了。選好了待測(cè)量的區(qū)域，也指定了測(cè)量項(xiàng)目，就可以進(jìn)行測(cè)量統(tǒng)計(jì)了，點(diǎn)擊一下測(cè)量選擇窗口的OK紐，關(guān)閉這個(gè)

6、窗口，就回到了count/size窗口，再點(diǎn)擊一下count按紐，就可以看到程序在進(jìn)行測(cè)量，稍等幾秒鐘即可讀取測(cè)量數(shù)據(jù)。分別點(diǎn)擊count/size窗口中view菜單中的measurementdata和statistics，就分別彈出這兩個(gè)數(shù)據(jù)窗口。前者是這個(gè)calss中每一個(gè)object的測(cè)量數(shù)據(jù)，后者是這些測(cè)量數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)參數(shù)，如總數(shù)、平均值、累加、標(biāo)準(zhǔn)差等。本例中得到的就是每個(gè)細(xì)胞核的面積、平均光密度值、直徑、累積光密度值。統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)則可得到這張圖片中所有細(xì)胞核的平均面積、平均光密度值，平均直徑、累積光密度值，當(dāng)然還有細(xì)

7、胞核的數(shù)目，就是所有object的數(shù)目。測(cè)量數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)入EXCEL處理起來(lái)最方便。只要在數(shù)據(jù)菜單中點(diǎn)file-DDEtoEXCEL。數(shù)據(jù)就傳到EXCEL的sheet1里去了。在這個(gè)示例圖片的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)中，samples為圖中所有細(xì)胞核的個(gè)數(shù)，第一列為area，其中的Mean值為各個(gè)核的平均面積，后面就是平均灰度、平均直徑，這些是有意義的測(cè)量統(tǒng)計(jì)數(shù)值。但I(xiàn)OD卻是SUM值更有意義。訂正：在上述操作中漏掉了一個(gè)重要步驟，就是要轉(zhuǎn)換圖象intensity格式。在默認(rèn)的intensity格式中，是圖片灰度，越黑數(shù)值越小，越白數(shù)值越大。而

8、實(shí)際上我們測(cè)量的染色強(qiáng)度是光密度，染色越深，光密度值越大。如果不進(jìn)行光密度單位的轉(zhuǎn)換，測(cè)量的數(shù)值將完全是錯(cuò)誤的。轉(zhuǎn)換光密度單位的方法如下：點(diǎn)擊：measure--carliberation--intensity，調(diào)出intensity校正窗口。然后在窗口中點(diǎn)new按紐，再點(diǎn)一下下面的stdoptical