pymol使用入門

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1、PyMOL使用入門生物大分子三維結(jié)構(gòu)顯示技術(shù)講義PyMOL使用入門耿存亮gengcunliang@gmail.com2012年10月09日17PyMOL使用入門1.PyMOL簡介PyMOL是一款生物大分子三維結(jié)構(gòu)顯示軟件，其中“Py”是指此軟件使用Python語言編寫，“MOL”是指Molecule。PyMOL官網(wǎng)是http://www.PyMOL.org/，發(fā)展歷史和軟件更新動態(tài)可在此查詢。PyMOL的學(xué)習(xí)網(wǎng)站是http://www.PyMOLwiki.org/index.php/Main_Page，若想用好PyMOL，此網(wǎng)站是必

2、上網(wǎng)站，其實(shí)這一個也就夠了。2.PyMOL入門2.1模式顯示及顏色顯示PyMOL既可以鼠標(biāo)操作也可以命令操作，但是命令操作可以完成許多鼠標(biāo)難以完成的任務(wù)。下面就以實(shí)例來認(rèn)識一下PyMOL。打開PyMOL軟件后，首先要特別注意的是當(dāng)前工作路徑。在命令框輸入命令并回車pwd即可顯示當(dāng)前工作路徑，默認(rèn)路徑是PyMOL的安裝路徑。一般不把文件保存在安裝路徑下，所以需修改當(dāng)前工作路徑，而且路徑不能有漢字，比如改為D盤，輸入命令并回車cdd:再用pwd命令查看一下當(dāng)前工作路徑。如下圖所示：pwd:printworkingdirectioncd:

3、changedirection命令很方便很簡單很神奇吧O(∩_∩)O~其次要注意的是保證鼠標(biāo)是三鍵式的，滾輪可用作中鍵。如果像蘋果機(jī)一樣17PyMOL使用入門只有一個按鍵或沒有中鍵的話，還是趕緊換個鼠標(biāo)吧。好了，現(xiàn)在下載一個PDB文件，如何下載呢？當(dāng)然可以去PDB網(wǎng)站http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do下載，但是打開網(wǎng)頁多麻煩啊，如果能用PyMOL直接下載該多好啊，那就試一試fetch命令吧！下載纖維素外切酶CBHI和纖維素糖鏈的復(fù)合物晶體結(jié)構(gòu)，PDB號是7cel，輸入命令fetch7cel稍等片

4、刻，就會下載完畢并顯示如下：剛才說到三鍵式鼠標(biāo)，那么三個鍵都有什么用呢？按住左鍵滑動會旋轉(zhuǎn)結(jié)構(gòu)（rotate），按住中鍵滑動會移動結(jié)構(gòu)（move），按住右鍵滑動會縮放結(jié)構(gòu)（movezoom）。這個不用記，多按幾下就熟了，實(shí)在忘了在右下角有提示的，如下圖下載打開7cel的pdb文件后，在all小框下面會出現(xiàn)7cel小框，后面還跟著幾個按鍵ASHLC，這幾個按鍵后面會一點(diǎn)點(diǎn)介紹。先左鍵點(diǎn)擊一下7cel小框，會發(fā)現(xiàn)結(jié)構(gòu)消失了，被點(diǎn)擊的小框也變暗了，這就是隱藏功能，再點(diǎn)擊一下就會恢復(fù)，如下圖所示17PyMOL使用入門7cel小框看到恢復(fù)后的

5、結(jié)構(gòu)你一定感到一團(tuán)糟吧，這都神馬呀！上過王祿山老師的課后，應(yīng)該清楚PDB文件就是具有一定格式的文本文檔，里面記錄著每個原子的三維坐標(biāo)值，不信的話可用記事本打開PDB文件看一看。PyMOL所謂的結(jié)構(gòu)顯示就是讀取每個原子的三維坐標(biāo)，然后用一個點(diǎn)（球）來顯示出來，原子之間的化學(xué)鍵用線表示。當(dāng)然還可以用其他模式的顯示，比如大家很熟悉的螺旋飄帶模型，在PyMOL中叫cartoon模式，輸入命令并回車ascartoon看著熟悉的α螺旋和β折疊，是不是感覺清爽多了？剛才的操作也可用鼠標(biāo)完成，如下圖所示點(diǎn)擊7cel小框中的S按鍵，然后再點(diǎn)擊cart

6、oon或者lines、sticks、ribbon等等。17PyMOL使用入門假如點(diǎn)擊了lines，你會發(fā)現(xiàn)一團(tuán)糟的結(jié)構(gòu)又回來了，而cartoon模式?jīng)]有消失。是的，這就是show和as的不同，show是指顯示一種或多種模式，而as是指只顯示為一種模式。as該點(diǎn)擊哪里呢？仔細(xì)看一下上圖就明了了。同時(shí)你也可能明白了S按鍵是Show的意思。命令顯示多種模式showlinesshowsticksshowribbon怎么隱藏不想顯示的模式呢？H按鍵就能辦到，H是Hide的意思。點(diǎn)擊H中的相應(yīng)模式，就能使其隱藏。當(dāng)然了命令也能辦到，比如隱藏li

7、nes模式hidelines好了，現(xiàn)在輸入ascartoon只顯示cartoon模式，蛋白的三級結(jié)構(gòu)顯示地很清楚，二級結(jié)構(gòu)中的α螺旋、β折疊和無規(guī)則卷曲也很清楚地顯示了。咦？怎么蛋白是綠色的？難道蛋白真的是綠色的嗎？蛋白到底是什么顏色我不清楚，這里顯示的顏色是軟件設(shè)置的默認(rèn)顏色，既然是軟件設(shè)置，那么當(dāng)然可以改成其他顏色。這就要用到C按鍵，C是Color的意思。點(diǎn)擊C按鍵你會看到下圖所示的工具框，其中byelement指按元素類型著色，bychain按肽鏈著色，byss按二級結(jié)構(gòu)著色（secondarystructure），spect

8、rum是指漸變色，還有red、green等等各種顏色。點(diǎn)擊一下byss，你會發(fā)現(xiàn)α螺旋、β折疊和無規(guī)則卷曲顯示成了不同的顏色，這樣顯示整個結(jié)構(gòu)是不是更清楚了。17PyMOL使用入門那么怎么用命令實(shí)現(xiàn)著色呢？比如整個蛋白顯示綠色，命令是