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《光譜法結(jié)合分子模擬表征脫氧土大黃苷和血清白蛋白分子作用機(jī)制》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在工程資料-天天文庫(kù)。
1、光譜法結(jié)合分子模擬表征脫氧土大黃昔和血清白蛋白分子作用機(jī)制［摘要］目的：研究中藥活性成分脫氧土大黃昔(desoxyrhaponticin,DES)與人血清白蛋白(humanserumalbumin,HSA)的分子作用機(jī)制。方法：模擬生理?xiàng)l件下，計(jì)算機(jī)模擬技術(shù)結(jié)合熒光光譜法和紫外光譜研究藥物與蛋白質(zhì)的結(jié)合機(jī)制。結(jié)果：分子模擬建立DES與HSA的結(jié)合模型，表明維持藥物與蛋白質(zhì)的相互作用力主要是疏水作用力，兼有氫鍵作用。光譜實(shí)驗(yàn)表明DES與HSA的相互作用表現(xiàn)為動(dòng)態(tài)結(jié)合過程，結(jié)合強(qiáng)度較強(qiáng)，DES與HSA分子的結(jié)合距離r值較小，說明發(fā)生了能量轉(zhuǎn)移現(xiàn)象。DES對(duì)HSA的結(jié)構(gòu)域微區(qū)構(gòu)象產(chǎn)生影響，使結(jié)
2、合位域的疏水性發(fā)生改變。熒光相圖技術(shù)解析出DES與HSA反應(yīng)構(gòu)象型態(tài)的變遷為'‘二態(tài)”模型。HSA與DES互作的熱力學(xué)參數(shù)表明DES與HSA之間是以疏水作用為主的分子間作用。熒光偏振定量證明了HSA與DES相互作用過程中生成了非共價(jià)復(fù)合物。結(jié)論：光譜實(shí)驗(yàn)與計(jì)算機(jī)模擬結(jié)果一致，可為研究DES與HSA相互作用本質(zhì)提供一定參考。［關(guān)鍵詞］脫氧土大黃昔；人血清白蛋白；光譜實(shí)驗(yàn)；分子模擬血清白蛋白具有貯運(yùn)內(nèi)源代謝產(chǎn)物和外源藥物分子等重要生理功能［1］。血清白蛋白相對(duì)分子質(zhì)量較小，溶解性較大、穩(wěn)定性較好、與配體具有較好的親和性，易于分離、提純且其三級(jí)結(jié)構(gòu)已知，是理想的模型蛋白質(zhì)分子。人血清白蛋白(h
3、umanserumalbumin,HSA)［2］為585個(gè)氨基酸殘基組成的單肽鏈蛋白質(zhì)，其氨基酸全序列含有35個(gè)半胱氨酸殘基，形成17對(duì)二硫鍵和一個(gè)自由的半胱氨酸殘基，二硫鍵中有8對(duì)組成交叉二硫鍵，只有接近N端的是單個(gè)二硫鍵。HSA含有18個(gè)酪氨酸殘基，在214位上含有一個(gè)色氨酸殘基，N端為天冬氨酸殘基，C端為亮氨酸殘基。分析生理?xiàng)l件下藥物與HSA的相互作用可以獲得藥物的藥效學(xué)信息，深入闡明藥物輸送機(jī)制，也有助于為藥物分析提供理論參考，此是具有意義的工作。脫氧土大黃昔(desoxyrhaponticin,DES),分子式為C21H2408,是天山大黃的有效成分之一，具有降血脂、降血糖、抗
4、腫瘤、調(diào)節(jié)機(jī)體免疫系統(tǒng)、抗血栓和抗氧化等作用［3］o當(dāng)前，脫氧土大黃昔與人血清白蛋白的相互作用研究未見文獻(xiàn)報(bào)道。本文基于光譜法結(jié)合分子模擬技術(shù)研究了DES結(jié)合HSA的相互作用，獲得了結(jié)合反應(yīng)常數(shù)、熱力學(xué)函數(shù)等并考察了藥物對(duì)蛋白質(zhì)構(gòu)象的影響，從分子水平上闡釋DES與HSA的相互作用機(jī)制。1材料與方法1.1儀器與試劑人血清白蛋白(HSA,298%)、脫氧土大黃昔（DES,298%）、三密甲基氨基甲烷（Tris,GR）均購(gòu)于上海華美生物工程公司；其他試劑均為分析純?cè)噭?，?shí)驗(yàn)用水為亞沸蒸館去離子水。配制濃度為0.1mol?L-1,pH7.4的Tris-HCl緩沖溶液（內(nèi)含0.10mol?L-lN
5、aCl維持離子強(qiáng)度），用此緩沖溶液配制1.0X10-5mol-L-1的HSA,乙醇溶液配制1.0X10-3mol?LTDES溶液。F-4500型熒光光度計(jì)（日本Hitachi公司）；UV-2450型紫外-可見分光光度計(jì)（日本Shimadzu公司）；ZD-2型精密酸度計(jì)（上海雷磁儀器廠）；SGI02計(jì)算機(jī)圖形工作站，DOCK軟件（4.02版本）。1.2分子模擬利用SGI02工作站上的DOCK4.02程序包建立藥物與蛋白質(zhì)相互作用模型，進(jìn)行分子模擬計(jì)算。HSA晶體結(jié)構(gòu)的PDB代碼：lh9z。ChemDraw工具構(gòu)建DES分子結(jié)構(gòu)，然后基于分子力學(xué)MM2力場(chǎng)優(yōu)化后生成實(shí)驗(yàn)分子模型，分子對(duì)接預(yù)處
6、理時(shí)使用AutoDockToolkit（ADT）進(jìn)行受體與配體的優(yōu)化處理。分子對(duì)接技術(shù)確認(rèn)HSA活性部位，選擇配體為中心的10范圍為對(duì)接的活性中心。確定活性部位步驟：①確定DES結(jié)合活性位點(diǎn)；②在配體結(jié)合位點(diǎn)填充球簇以映射受體結(jié)合腔穴的性質(zhì)；③嘗試匹配不同小球中心的距離和配體中不同原子的距離，進(jìn)行配體在受體活性位點(diǎn)處的構(gòu)象搜索；④以經(jīng)驗(yàn)勢(shì)能函數(shù)作為評(píng)價(jià)函數(shù)，找到配體與受體的最佳結(jié)合方式［4］。程序的打分函數(shù)選擇程序默認(rèn)的輸入和退火參數(shù)。針對(duì)建立的HSA-DES分子對(duì)接體系進(jìn)行re-dock驗(yàn)證，去除DES后重新對(duì)接生成新的HSA-RWF(R-warfine)分子對(duì)接體系并比對(duì)PDB庫(kù)數(shù)據(jù)
7、中原對(duì)接體系以確證可靠性。1.3方法HSA與DES溶液的熒光光譜及DES溶液的吸收光譜測(cè)定：移取2.5mLHSA溶液于1cm石英比色皿中，微量進(jìn)樣器逐次加入1.0X10-3mol-L-1DES溶液進(jìn)行熒光滴定(滴定劑累加體積W100uL),緩沖溶液做熒光空白校正,熒光發(fā)射與激發(fā)狹縫寬度均為2.5nm,波長(zhǎng)掃速1200nm?min-1,固定激發(fā)波長(zhǎng)282nm,室溫下繪制250?900nm的發(fā)射譜；熒光光譜儀掃描激發(fā)波長(zhǎng)和發(fā)射波長(zhǎng)之間的
