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《基于圖形表示dna相似性分析及進化樹構(gòu)建算法的研究》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫。
1、●TheResearchonSimilarityofDNASequencesandAlgorithmforConstructingPhylogeneticTreeBasedonGraphicalRepresentationbyGUOJiachenB．E．(HunanUniVersity)2007AthesissubmittedinpartialsatisfactionoftheRequirementsfIorthedegreeofMasterofEngineeringlnComputerApplicationintheGraduateSchoolofHun
2、anUniversitySuperVisorProfessorLUOJiaweiMay，2010湖南大學(xué)學(xué)位論文原創(chuàng)性聲明本人鄭重聲明：所呈交的論文是本人在導(dǎo)師的指導(dǎo)下獨立進行研究所取得的研究成果。除了文中特別加以標(biāo)注引用的內(nèi)容外，本論文不包含任何其他個人或集體已經(jīng)發(fā)表或撰寫的成果作品。對本文的研究做出重要貢獻的個人和集體，均已在文中以明確方式標(biāo)明。本人完全意識到本聲明的法律后果由本人承擔(dān)。作者簽名：奄9移。匠日期：勁忉年‘月3日學(xué)位論文版權(quán)使用授權(quán)書本學(xué)位論文作者完全了解學(xué)校有關(guān)保留、使用學(xué)位論文的規(guī)定，同意學(xué)校保留并向國家有關(guān)部門或機構(gòu)送交論文的復(fù)印件
3、和電子版，允許論文被查閱和借閱。本人授權(quán)湖南大學(xué)可以將本學(xué)位論文的全部或部分內(nèi)容編入有關(guān)數(shù)據(jù)庫進行檢索，可以采用影印、縮印或掃描等復(fù)制手段保存和匯編本學(xué)位論文。本學(xué)位論文屬于1、保密口，在年解密后適用本授權(quán)書。2、不保密回。(請在以上相應(yīng)方框內(nèi)打“√”)作者簽名：導(dǎo)師簽名：赫’日期：力／9年6月3．日日期：鈔∥年莎月多日碩士學(xué)位論文摘要隨著人類基因組計劃(HumanGenomeProject，HGP)的完成以及模式生物基因組計劃的蓬勃發(fā)展，產(chǎn)生了越來越多的分子序列數(shù)據(jù)。對這些序列數(shù)據(jù)進行科學(xué)的分析、處理、研究不僅推動了生物信息學(xué)研究方法和技術(shù)的發(fā)展，而且在
4、人類疾病及重大疫情的預(yù)防、診斷、治療、新藥開發(fā)等領(lǐng)域也有著廣闊的應(yīng)用背景。如何給出有效的基因序列圖形表達方式并在此基礎(chǔ)上對基因進行相似性分析及進化關(guān)系分析已成為生物信息學(xué)中一個熱門的課題。本文著重研究基因序列的圖形表達，基于圖形表達的基因序列的相似性分析以及采用聚類技術(shù)分析基因序列的進化關(guān)系。本文的主要工作有：(1)提出一種新的DNA序列的圖形表示一一JZ曲線組。在Z曲線的基礎(chǔ)上結(jié)合廖波3D圖形表達方法給出了一種新的圖形曲線——JZ曲線組，證明了JZ曲線組中沒有回路，同時JZ曲線組包含部分的生物特性。(2)構(gòu)造了DNA序列間相似性度量的特征矩陣一一J／J矩
5、陣。結(jié)合JZ曲線組的J／J矩陣不僅描述了序列堿基的化學(xué)性質(zhì)，而且提取了基因序列的生物意義。并通過對11種生物的∥球蛋白基因的第一外顯子的編碼序列進行相似性分析，實驗結(jié)果表明，在JZ曲線組的基礎(chǔ)上結(jié)合J／J矩陣可以簡單有效的分析DNA序列的相似性。．(3)基于JZ曲線組，提出一種基于譜圖理論的模糊聚類的傳遞算法構(gòu)造進化樹。對序列的進行聚類，以聚類結(jié)果指導(dǎo)構(gòu)建進化樹，確定序列間的進化關(guān)系。同時，聚類算法不僅考慮了類與類之間的分散程度，而且考慮了同一類的緊湊程度，提高了結(jié)果的準(zhǔn)確性。通過對11種生物的∥球蛋白基因的第一外顯子的編碼序列以及HlNl病毒的NA基因序
6、列構(gòu)建進化樹，實驗結(jié)果表明該算法的有效性。關(guān)鍵詞：DNA序列；圖形表達；特征矩陣；進化樹構(gòu)建算法AbstractWiththerapiddevelopmentofHGP(HumanGenomeProject，HGP)andmodelorganismgenome-sequencingprojects，moreandmoremolecularsequencesdatahaVebeengenerated．Thescientificanalysis，processandresearchofthesedatanotonlyacceleratesthedevelopm
7、entofBioinformatics，butalsohasbroadapplicationbackgroundintheneldsofhumandiseasepreVention，diagnosis，treatlnentandnewdrugdevelopment．Howtogiveef-fectiVegraphicalrepresentationofthegenesequences，analysisofgeneticsimilarityandeVolutionaryrelationshlpotbioinformaticshavebecomeahottop
8、ic．Thisdissertationmainlystudysth
