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《生物序列模式發(fā)現(xiàn)算法的研究》由會員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫。
1、西安電子科技大學(xué)碩士學(xué)位論文生物序列模式發(fā)現(xiàn)算法的研究姓名：趙麗華申請學(xué)位級別：碩士專業(yè)：計(jì)算機(jī)應(yīng)用技術(shù)指導(dǎo)教師：高琳20070101摘要20世紀(jì)90年代以來，生命科學(xué)研究取得了突破性的進(jìn)展，隨著人類基因組計(jì)劃的開展與現(xiàn)代生物技術(shù)的發(fā)展，人類積累的大量的生物信息數(shù)據(jù)為揭開生命奧秘提供了數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。而怎樣從海量的生物數(shù)據(jù)中提煉出有用的生物學(xué)知識，弄清楚他們所蘊(yùn)涵的結(jié)構(gòu)和功能信息，是目前生物信息學(xué)領(lǐng)域中的一個(gè)重要的研究方向。模式發(fā)現(xiàn)技術(shù)正是揭示生物序列數(shù)據(jù)中所蘊(yùn)涵的生物學(xué)意義的基本方法之一，它通過尋找不同序列間的相似片段來歸結(jié)出這些序列片段中所蘊(yùn)涵的特征模式。近年來，在模式發(fā)現(xiàn)的算法研究方面
2、，人們已經(jīng)探索出了一些有效的算法，這些算法在解決較小規(guī)模的生物序列模式發(fā)現(xiàn)問題時(shí)都表現(xiàn)出了良好的性能。但是，隨著數(shù)據(jù)規(guī)模的不斷擴(kuò)大，很多算法都己無法適應(yīng)問題的需要。所以，積極探索更加有效的模式發(fā)現(xiàn)算法已成為目前生物序列模式發(fā)現(xiàn)研究領(lǐng)域中的重大課題，并受到越來越廣泛的關(guān)注。本文首先對在模式發(fā)現(xiàn)算法中所常用的模式模型進(jìn)行了分析，并且對基于不同模式模型的模式發(fā)現(xiàn)算法進(jìn)行了研究和分析；然后在分析已有的序列模式發(fā)現(xiàn)算法的基礎(chǔ)上，又提出了一種基于圖的模式發(fā)現(xiàn)算法，該算法首先通過一些約束條件將生物序列數(shù)據(jù)集轉(zhuǎn)化為一系列的子圖，假如數(shù)據(jù)集中存在某一個(gè)模式，那么模式實(shí)例必然可以通過子圖中某個(gè)團(tuán)的節(jié)點(diǎn)來表
3、示，然后在這些子圖中查找有效團(tuán)，并從有效團(tuán)中恢復(fù)出模式的一致序列。通過對算法進(jìn)行的理論分析和仿真試驗(yàn)研究表明，它能夠很好得發(fā)現(xiàn)序列中所蘊(yùn)涵的模式。關(guān)鍵詞：模式發(fā)現(xiàn)序列圖算法AbstractSinccthe90’sinthe2叫l(wèi)century，thercisa黟eatbrcakthroughilIthepm伊e鼴oflifesciencercscarch．w“hthebe酉衄ingoftlleHumanGenomeP加jed鋤dthedcvelopmentofmodembiotcchnology，peopleaccIlmulatealotofdataaboutbiolo酉calinfo
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7、tifdiscoVcryalg嘶thn塢．砧so，westudy螄d咖p盯cthemotifdiscoVefyalgorithmsbascd∞di虢rentmodels．Thcnwepfes％t鋤appmachformotifdisooveryba∞donthegraphtlleory．The印proachconVensthc∞quenccsdatab舔etoaser{esofsub．舯phundersomefestrictions．Ifthe
