r語言入門快速指導(dǎo)資料

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1、語言入門報告內(nèi)容一R簡介二函數(shù)與對象三編寫腳本四R繪圖五編寫函數(shù)六數(shù)據(jù)保存一R簡介R語言的由來R語言是從S語言演變而來的。S語言是二十世紀(jì)70年代誕生于貝爾實(shí)驗(yàn)室，由RickBecker,JohnChambers,AllanWilks開發(fā)?；赟語言開發(fā)的商業(yè)軟件Splus，可以方便的編寫函數(shù)、建立模型，具有良好的擴(kuò)展性，取得了巨大成功。1995年由新西蘭Auckland大學(xué)統(tǒng)計(jì)系的RobertGentleman和RossIhaka，編寫了一種能執(zhí)行S語言的軟件，并將該軟件的源代碼全部公開，這就是R軟

2、件，其命令統(tǒng)稱為R語言。R軟件簡介R是開源軟件，代碼全部公開，對所有人免費(fèi)。R可在多種操作系統(tǒng)下運(yùn)行，如Windows、MacOS、多種Linux和UNIX等。R需要輸入命令，可以編寫函數(shù)和腳本進(jìn)行批處理運(yùn)算，語法簡單靈活。目前在R網(wǎng)站上約有2100個程序包，涵蓋了基礎(chǔ)統(tǒng)計(jì)學(xué)、社會學(xué)、經(jīng)濟(jì)學(xué)、生態(tài)學(xué)、地理學(xué)、醫(yī)學(xué)統(tǒng)計(jì)學(xué)、生物信息學(xué)等諸多方面。下載和安裝RTheComprehensiveRArchiveNetwork簡稱CRAN，提供下載安裝程序和相應(yīng)軟件包。R主頁http://www.r-projec

3、t.org/Windows版本下載地址之一：http://ftp.ctex.org/mirrors/CRAN/bin/windows/base/R-2.9.2-win32.exe下載完成后，雙擊R-2.9.2-win32.exe開始安裝。一直點(diǎn)擊下一步，各選項(xiàng)默認(rèn)。圖1R軟件首頁http://www.r-project.org/圖2R登陸界面(Windows版)路徑：開始>所有程序>R2.9.2菜單欄快捷按鈕控制臺命令行圖3RGui的菜單介紹練習(xí)一：下載和安裝R下載并安裝R軟件了解R的菜單R程序包為什

4、么要安裝程序包？特定的分析功能，需要用相應(yīng)的程序包實(shí)現(xiàn)。例如：系統(tǒng)發(fā)育分析，往往要用到ape程序包，群落生態(tài)學(xué)vegan包等等。程序包是什么？R程序包是多個函數(shù)的集合，具有詳細(xì)的說明和示例。Window下的R程序包是已經(jīng)編譯好的zip包。每個程序包包含R函數(shù)、數(shù)據(jù)、幫助文件、描述文件等。常用R程序包base-R基礎(chǔ)功能包stats-R統(tǒng)計(jì)學(xué)包nlme-線性及非線性混合效應(yīng)模型Graphics-繪圖lattice-柵格圖ape-系統(tǒng)發(fā)育與進(jìn)化分析apTreeshape-進(jìn)化樹分析seqinr-DNA序列

5、分析ade4-利用歐幾里得方法進(jìn)行生態(tài)學(xué)數(shù)據(jù)分析常用R程序包c(diǎn)luster-聚類分析ecodist-生態(tài)學(xué)數(shù)據(jù)相異性分析mefa-生態(tài)學(xué)和生物地理學(xué)多元數(shù)據(jù)處理mgcv-廣義加性模型相關(guān)mvpart-多變量分解nlme-線性及非線性混合效應(yīng)模型ouch-系統(tǒng)發(fā)育比較BiodiversityR-基于Rcmdr的生物多樣性數(shù)據(jù)分析vegan-植物與植物群落的排序，生物多樣性計(jì)算常用R程序包maptools-空間對象的讀取和處理sp-空間數(shù)據(jù)處理spatstat-空間點(diǎn)格局分析，模型擬合與檢驗(yàn)splancs

6、-空間與時空點(diǎn)格局分析picante-群落系統(tǒng)發(fā)育多樣性分析圖4CRANTaskViews：對程序包的分類介紹圖5vegan包頁面R程序包在CRAN提供了每個包的源代碼和編譯好的MacOS、Window下的程序包以vegan包為例，CRAN提供了：Packagesource:vegan_1.15-3.tar.gzMacOSXbinary:vegan_1.15-3.tgzWindowsbinary:vegan_1.15-3.zipReferencemanual:vegan.pdf等Window平臺下程序

7、包為zip文件，安裝時不要解壓縮。R程序包安裝1連網(wǎng)時，用函數(shù)install.packages()，選擇鏡像后，程序?qū)⒆詣酉螺d并安裝程序包。例如：打開RGui,在控制臺中輸入install.packages(“ape")2安裝本地zip包路徑：Packages>installpackagesfromlocalfiles選擇光盤或者本地磁盤上存儲zip包的文件夾。程序包使用在控制臺中輸入如下命令：library(vegan)library(ade4)調(diào)用程序包內(nèi)的函數(shù)與R內(nèi)置的函數(shù)調(diào)用方法一樣libra

8、ry(vegan)Thisisvegan1.15-3Warningmessage:package'vegan'wasbuiltunderRversion2.9.1練習(xí)二安裝并導(dǎo)入程序包安裝程序包程序包>從本地zip文件安裝程序包調(diào)用程序包library(vegan)library(ape)查看幫助文件如何知道ape程序包內(nèi)部都有哪些函數(shù)？最常用的方法：1菜單幫助>Html幫助2查看pdf幫助文檔（從程序包下載頁面下載）查看幫助文件1help("t.tes