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《柑橘黃龍病病原菌序列克隆及系統(tǒng)進(jìn)化發(fā)育的研究》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫。
1、廣西大學(xué)博士學(xué)位論文柑橘黃龍病病原菌序列的克隆及系統(tǒng)進(jìn)化發(fā)育研究姓名：廖惠紅申請學(xué)位級(jí)別：博士專業(yè)：作物栽培學(xué)與耕作學(xué)指導(dǎo)教師：李楊瑞20090601柑橘黃龍病病原菌序列的克隆及系統(tǒng)進(jìn)化發(fā)育研究摘要黃龍病是柑橘上的一種毀滅性病害，其病原為革蘭氏陰性細(xì)菌，寄生在韌皮部篩管細(xì)胞內(nèi)。目前發(fā)現(xiàn)有3個(gè)種和黃龍病有關(guān)，分別是亞洲種、非洲種和美洲種。柑橘黃龍病病原菌因無法在培養(yǎng)基上培養(yǎng)，基因組序列信息非常有限。本研究利用基因組步行的方法從亞洲種rplKAJL—rpoBC，16S／23SrRNA，omp基因3個(gè)位點(diǎn)上擴(kuò)增黃龍病亞洲種的核苷酸序列，并根
2、據(jù)亞洲種16S．23SrRNA位點(diǎn)上新序列的保守性設(shè)計(jì)引物在非洲種和美洲種上擴(kuò)增，最后根據(jù)3個(gè)種在同一位點(diǎn)上序列的保守性設(shè)計(jì)引物分別對不同地理來源的黃龍病樣品進(jìn)行測序分析，旨在探討其系統(tǒng)進(jìn)化發(fā)育關(guān)系，從而為以PCR為基礎(chǔ)的黃龍病相關(guān)研究提供理論基礎(chǔ)。本研究所獲主要結(jié)果如下：l、在亞洲種3個(gè)位點(diǎn)上共獲得了15，168bp非冗余新序列，其中，在rplKAJL．rpoBC位點(diǎn)上5’端上游區(qū)和3’端下游區(qū)分別獲得了3，218bp和2,653bp的非冗余新序列；在16S／23SrRNA位點(diǎn)上5’端上游區(qū)和3’端下游區(qū)分別延伸了1，853bp和2
3、，459bp的新序列；在omp基因位點(diǎn)上分別獲得了4,014bp和971bp的新序列。序列分析表明在rplKAJL．rpoBC位點(diǎn)上的新序列包含2個(gè)新基因(suhB和serA)；16S／23SrRNA位點(diǎn)新序列包含4個(gè)新基因(膜轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白基因、細(xì)胞壁脫氫酶假基因、5SrRNA、tRNAM豇)，omp位點(diǎn)新序列包含6個(gè)新基因(rpsB、tsf,pyrH、∥、cdsA2、cds2)。2、在非洲種16S／23SrRNA位點(diǎn)上，獲得了3,057bp序列包括23SrRNA基因、細(xì)胞壁脫氫酶假基因和5SrRNA基因，它們的全長分別是2,205bp、
4、559bp和119bp。23SrRNA基因和5SrRNA基因區(qū)間是645bp。3、在美洲種16S／23SrRNA位點(diǎn)上，獲得了3,033bp序列包括23SrRNA基因、glpK基因和5SrRNA基因，它們的全長分別是2，194bp、459bp和12】bp。23SrRNA基因和5SrRNA基因區(qū)間是650bp，反向編碼甘油激酶的細(xì)胞壁脫氫酶基因gtpK正好位于此區(qū)間內(nèi)。相對于亞洲種，美洲種5SrRNA基因之后有20bp堿基的缺失。4、從16SrRNA基因到5SrRNA基因，亞洲種、非洲種和美洲種序列長度分別為5,043bp、5,037b
5、p和5,006bp。這些序列用于同源性分析，結(jié)果顯示：亞洲種和非洲種之間的同源性(95．2％)較亞、洲種和美洲種的同源性(92．9％)高，非洲種和美洲種之間的同源性(92．6％)與亞洲種和美洲種的同源性較接近(92．9％)。5、3個(gè)病原菌16S／23SrRNA位點(diǎn)上的基因順序分別是亞洲種為16SrRNA、tRNAlk、tRNAAh、23SrRNA、細(xì)胞壁脫氫酶假基因、5SrRNA和tRNAMn：非洲種為16SrRNA、tRNAII。、tRNA地、23SrRNA、細(xì)胞壁脫氫酶假基因和5SrRNA；美洲種為16SrRNA、tRNA¨。、t
6、RNA～8、23SrRNA、gtpi基因和5SrRNA。6、不同地理來源的黃龍病樣品序列同源性分析結(jié)果顯示：來源于巴西圣保羅的樣品與美洲種同源性為99．8％．100％，來源于非洲地區(qū)的樣品與非洲種同源性為99．9．100％，來源于中國廣西、福建、湖南、臺(tái)灣和美國佛羅里達(dá)州的樣品與亞洲種同源性為99．8％．100％。7、基于23S．5S位點(diǎn)序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹顯示來源于巴西圣保羅的樣品與美洲種聚為～類，來源于非洲地區(qū)的樣品與非洲種聚為一類，來源于中國廣西、福建、湖南、臺(tái)灣和美國佛羅里達(dá)州的樣品與亞洲種聚為一類。該結(jié)果與不同地理來源的黃龍
7、病樣品序列同源性分析結(jié)果一致，說明來源于巴西圣保羅的樣品屬于美洲種類型，來源于非洲地區(qū)的樣品屬于非洲種類型，來源于中國廣西、福建、湖南、臺(tái)灣和美國佛羅里達(dá)州的樣品屬于亞洲種類型。在這些樣品中，相對于不同的種，同一種類型即種內(nèi)之間的同源性非常高，為99．8％．100％之間；相對于同一種，不同種類之間同源性較低，亞洲種和非洲種之間的同源性為97．3％．97．5％，亞洲種和美洲種之間的同源性為94．1％．94．4％，非洲種和美洲種之間的同源性為94．O．94．2％。關(guān)鍵詞：柑橘；黃龍??；病原；序列IISequencesCloningandP
8、hylogeneticAnalysisof“CandidatusLiberibacter’’，BacteriumAssociatedwithHuanglongbingLiaoHuihong(AgriculturalCol
