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《基于基因芯片母豬妊娠相關(guān)基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫。
1、摘本研究采用時(shí)間進(jìn)程試驗(yàn)，應(yīng)用Affymetrix豬全基因組芯片，分別選取未妊娠，妊娠初期(妊娠25天)，妊娠中后期(妊娠85天)3個(gè)階段各3個(gè)全(或半)同胞大白豬個(gè)體子宮肌膜及卵巢組織(盡量采同質(zhì)細(xì)胞)進(jìn)行RNA抽取，純化，反轉(zhuǎn)錄，芯片雜交等得出基因表達(dá)譜；應(yīng)用Q呷CR對(duì)芯片表達(dá)譜數(shù)據(jù)可靠性進(jìn)行驗(yàn)證：結(jié)合對(duì)適用于本試驗(yàn)表達(dá)譜數(shù)據(jù)的基因網(wǎng)絡(luò)調(diào)控模型探索及母豬妊娠調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建，對(duì)基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計(jì)及功能基因組方面分析得到如下結(jié)果：(1)得到妊娠初期卵巢2倍以上差異表達(dá)的基因974個(gè)，其中上調(diào)和下調(diào)的基
2、因分別為418個(gè)和556個(gè)；妊娠中后期卵巢2倍以上差異表達(dá)的基因1800個(gè)，上調(diào)和下調(diào)的基因分別為826個(gè)和974個(gè)；妊娠初期子宮肌膜中2倍以上差異表達(dá)的基因355個(gè)，其中上調(diào)和下調(diào)的基因分別為’189個(gè)和146個(gè)：妊娠中后期子宮肌膜中2倍以上差異表達(dá)的基因720個(gè)，其中上調(diào)和下調(diào)的基因分別有236個(gè)和487個(gè)。(2)通過對(duì)不同組織及不同妊娠階段的差異表達(dá)基因的二維聚類發(fā)現(xiàn)，在卵巢和子宮肌膜中，所有差異基因可以分成7大類。根據(jù)對(duì)同一類中的已知基因功能的了解，從共表達(dá)基因角度挑選出33個(gè)差異基因供最終選擇妊
3、娠相關(guān)新候選基因使用。(3)通過對(duì)基因表達(dá)譜數(shù)據(jù)功能分析發(fā)現(xiàn)：分子功能方面，妊娠中后期卵巢中MIICII族受體基因及具有酶調(diào)節(jié)活性的基因無差異表達(dá)；妊娠初期卵巢中無MHCI族受體基因差異表達(dá)。而與鐵結(jié)合相關(guān)的基因只在子宮肌膜中有表達(dá)有變化。妊娠中后期與妊娠前期相比，卵巢中脂結(jié)合、胞漿運(yùn)動(dòng)、內(nèi)切酶、趨化因子的基因表達(dá)有明顯差異。生物過程方面，妊娠中后期卵巢中與正常生理過程相關(guān)的基因幾乎沒有差異表達(dá)，相對(duì)于妊娠初期卵巢及所有妊娠階段的子宮肌膜來說，與刺激，壓力及對(duì)其它組織的應(yīng)激相關(guān)的基因表達(dá)差異更多。妊娠初期
4、的子宮肌膜中與細(xì)胞生長，細(xì)胞大小調(diào)節(jié)及細(xì)胞周期相關(guān)的基因表達(dá)有變化。細(xì)胞組成方面，妊娠初期中表達(dá)有變化的基因主要都與細(xì)胞膜相關(guān)。而妊娠中后期卵巢及所有妊娠階段子宮肌膜中與質(zhì)膜，免疫突觸，蛋白復(fù)合體，MIIC蛋白復(fù)合體形成相關(guān)的基因都有表達(dá)變化。其中，妊娠中后期子宮肌膜中與胞膜組成及形成相關(guān)的基因的表達(dá)變化最大。(4)在對(duì)卵巢已知差異基因的分析過程中未發(fā)現(xiàn)有效生物通路；在對(duì)子宮肌膜已知差異基因分析過程中，妊娠初期發(fā)現(xiàn)26個(gè)基因參與的5個(gè)有效生物通路，妊娠后期發(fā)現(xiàn)18個(gè)基因參與的3．個(gè)有效生物通路。通過對(duì)生物
5、通路的交叉分析，對(duì)整個(gè)生物作用網(wǎng)絡(luò)有了系統(tǒng)認(rèn)識(shí)，通過對(duì)已知差異基因在通路中的位置，預(yù)測了其對(duì)妊娠可能有的作用。(5)對(duì)各基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)模型進(jìn)行模擬計(jì)算，找到適合本試驗(yàn)的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)模型，并對(duì)妊娠調(diào)控網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行了重建及圖型化，得到層次關(guān)系清晰的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。(6)結(jié)合所構(gòu)建調(diào)控網(wǎng)絡(luò)及生物信息學(xué)分析，確定了彤冠16FBP6,UF,16F2,P,BP4等基因在妊娠的整個(gè)過程中的重要作用，并選出一些有價(jià)值的新候選基因，編號(hào)分別為Ssc．204、Ssc．315、Ssc．2750、Ssc．256等，分別對(duì)其功能進(jìn)行了預(yù)測
6、。關(guān)鍵詞：豬；繁殖基因；基因芯片；基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)；新候選基因要AbstractInourexperiment，myometirumandovaryarecollectedfromnonpregnant(NP，n=3)，earlypregnant但P，25d，n--3)，latepregnant(LP，85d，n-3)large-whitepigswhichtheNPpigswereusedascontract．ThentheRNAwasextractedandhybridizedwithAffymetrix
7、GenechipPorcineGenome．Afternormalization，differentialexpressedgeneswerefilteredunder2-foldstandard．Cluster，GOandpathwayanalysisweredone．And，atlastthegeneregulatorynetworkWasconstructed，andnewcandidatereproductivegeneswereselected．Theresultsareasbelow：1)Th
8、ereale974(418upand556down)and1800(826upand974down)2-folddifferentialdisplaygenesinmyometriumrespectivelyinEPandLPperiods，335(189upand146down)and710(236upand487down)2-foleddifferentialdisplaygenesinovaryrespectivelyi
