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《如何查找基因的啟動(dòng)子序列》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在工程資料-天天文庫。
1、定義：啟動(dòng)子是參與特定基因轉(zhuǎn)錄及其調(diào)控的DNA序列。包含核心啟動(dòng)子區(qū)域和調(diào)控區(qū)域。核心啟動(dòng)子區(qū)域產(chǎn)生基礎(chǔ)水平的轉(zhuǎn)錄，調(diào)控區(qū)域能夠?qū)Σ煌沫h(huán)境條件作出應(yīng)答，對基因的表達(dá)水平做出相應(yīng)的調(diào)節(jié)。區(qū)域：啟動(dòng)子的范圍非常大，可以包含轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游2000bp，有些特定基因的轉(zhuǎn)錄區(qū)內(nèi)部也存在著轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)，因此也屬于啟動(dòng)子范圍。這項(xiàng)搜尋要從UCSC基因組瀏覽器開始，網(wǎng)址為http://genome.ucsc.edu/。以編碼pendrin(PDS)的基因?yàn)槔齺碚f明上述問題。PDS與耳蝸的異常發(fā)育、感覺神經(jīng)性聽力下降以及彌散性
2、甲狀腺增大（甲狀腺腫）有關(guān)?！ ∵M(jìn)入U(xiǎn)CSC的主頁后，在Organism的下拉菜單中選擇Human，然后點(diǎn)擊Browser。使用者現(xiàn)在到了人類基因組瀏覽器入口。本例的搜尋很簡單：在assembly的下拉菜單中選擇Dec.2001，在position框中鍵入pendrin，然后點(diǎn)擊Submit。返回的頁面結(jié)果顯示一個(gè)已知的基因和兩個(gè)mRNA序列。繼續(xù)點(diǎn)擊mRNA序列的登錄號(hào)AF030880，出現(xiàn)包含這個(gè)mRNA區(qū)域的圖解概要。為了獲得這個(gè)區(qū)域更清晰的圖像，點(diǎn)擊緊靠zoomout的1.5X按鈕。最后點(diǎn)擊頁面中部的reset
3、all按鈕，使各個(gè)路徑的設(shè)置恢復(fù)默認(rèn)狀態(tài)?！ ∪欢瑢τ诒纠乃褜つ康膩碚f，默認(rèn)設(shè)置不是理想的設(shè)置。按照視圖利用頁面底部的TrackControls按紐，將一些路徑設(shè)置為hide模式（即不顯示），其他設(shè)置為dense模式（所有資料密集在一條直線上）；另一些路徑設(shè)置為full模式（每個(gè)特征有一個(gè)分開的線條，最多達(dá)300）。在考慮這些路徑內(nèi)究竟存在那些資料之前，對這些路徑的內(nèi)容和表現(xiàn)做一個(gè)簡要的討論是必要的，許多這些討論是由外界提供給UCSC的。下面是對基因預(yù)測方法的更進(jìn)一步討論，這些信息也可以在其他地方找到?！ τ贙n
4、ownGenes（已知基因）和預(yù)測的基因路徑來說，一般的慣例是以一個(gè)高的垂直線或塊狀表示每個(gè)編碼外顯子，以短的垂直線或塊狀表示5′端和3′端非翻譯區(qū)?！ ∑疬B接作用的內(nèi)含子以非常細(xì)的線條表示。翻譯的方向由沿著細(xì)線的箭頭指示?！ nownGenes來自LocusLink內(nèi)的mRNA參照序列，已經(jīng)利用BLAT程序?qū)⑦@些序列與基因組序列進(jìn)行比對排列?！ cemblyGenePredictionsWithAlt-splicing路徑是利用Acembly程序?qū)⑷祟恗RNA和EST序列數(shù)據(jù)與人類基因組序列進(jìn)行比對排列而來的。A
5、cembly程序試圖找到mRNA與基因組序列的最好的比對排列以及判斷選擇性剪接模型。假如有多于1個(gè)的基因模型具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義，則它們都全部顯示出來。有關(guān)Acembly的更多信息可以在NCBI的網(wǎng)站找到（http://www.ncbi.nih.gov/IEB/Research/Acembly/）?！ nsemblGenePredictions路徑由Ensembl提供。Ensembl基因通過許多方法來預(yù)測，包括與已知mRNA和蛋白質(zhì)進(jìn)行同源性比較，abinitio基因預(yù)測使用GENSCAN和基因預(yù)測HMMs。http://
6、www.ebi.ac.uk/ensembl/ Fgenesh++GenePredictions路徑通過尋找基因的結(jié)構(gòu)特征來預(yù)測基因內(nèi)部的外顯子，例如剪接位點(diǎn)的給位和受位的結(jié)構(gòu)特征，利用一種動(dòng)態(tài)的程序算法推定編碼區(qū)域和推定外顯子5′端和3′端的內(nèi)含子區(qū)域；這個(gè)方法也考慮到蛋白質(zhì)相似性的資料。 GenscanGenePredictions路徑由GENSCAN方法衍生而來，通過這個(gè)方法，可以確定內(nèi)含子、外顯子、啟動(dòng)子區(qū)域和poly(A)信號(hào)。此時(shí)，這個(gè)方法并不期望查詢的序列只出現(xiàn)1個(gè)基因，因此可以對部分基因或被基因之間的
7、DNA分隔的多個(gè)基因進(jìn)行準(zhǔn)確的預(yù)測?！ umanmRNAsfromGenbank路徑顯示基因庫的人類mRNAs與基因組序列的比對排列。 SplicedESTs和HumanEST路徑顯示來自GenBank的ESTs序列與基因組的序列對齊比較。由于ESTs通常代表了轉(zhuǎn)錄基因的片斷，一個(gè)EST很有可能對應(yīng)于某個(gè)外顯子區(qū)。 最后，RepeatingElementsbyRepeatMasker這個(gè)路徑顯示的是重復(fù)元件，例如散在的或長或短的核元素(SINEs和LINEs)，長末端重復(fù)序列(LTRs)和低復(fù)雜性區(qū)域(http:
8、//repeatmasker.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker)。一般來說，在將基因預(yù)測方法應(yīng)用于核苷酸序列之前，需要去掉或掩飾這些成分?！ 』氐揭晥D顯示的例子，可以看到大多數(shù)路徑返回了幾乎同樣的基因預(yù)測結(jié)果。作為一個(gè)規(guī)則，通過多種方法預(yù)測的外顯子提高了預(yù)測的正確率而不會(huì)出現(xiàn)“假
