黃瓜共表達(dá)基因模塊的識別及其特點(diǎn)分析

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1、分類號０７８Ｗ學(xué)號？＂爲(wèi)音泉毒義參碩±學(xué)位論文黃瓜共表達(dá)基因模塊的識別及其特點(diǎn)分析林行眾１指導(dǎo)教師黃Ｈ義教授楊清教授?；Q牛物化學(xué)與分子生物學(xué)研究方向生物信息學(xué)答辯日期二〇－—五年六月ＩＩＤＥＮＴＩＦＩＣＡＴＩＯＮＤＣＨＡＲＡＣＴＥＲＩＺＡＴＩＯＮＯＦＣＯ？ＡＮＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮＭＯＤＵＬＥＳＩＮＣＵＣＲＵＭＢＥＣＵＣＵＭＩＳ｛ＳＡＴＩＶＵＳｌｕ．）Ｂｙ）Ｃｉ打ｚｈｏ打ＬｉｎｇｇＡＤｉｓｓｅｒｔａｔｉｏｎＳｕｂｍｉｔｅｄｔｏ

2、ＮａｎｉｎＡｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｊｇｇｙｉｎＰａｒｔｉａｌＦｕｌｆｉｌｌｍｅｎｔｏｆ比ｅ民ｅｕｉｒｅｍｅｎｔｓｆｏｒｔｈｅＭａｓｔｅｒＤｅｒｅｅｑｇＳｕｅｒｖｉｓｅｄｐＢｙＰｒｏｆｅｓｓｏｒＳａｎＷｅｎＨｕａｎａｎｄｉｎＹａｎｇＱｇｇＣｏｌｌｅｅｏｆＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅｓｇＮａｎｉｎＡｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｊｇｇｙＮａｎｊｉｎｇ２１００９５，Ｐ．Ｒ．ＣｈｉｎａＪｕｎｅ２０１５原創(chuàng)性聲明，，獨(dú)立進(jìn)

3、行研究工本人鄭重聲明：所呈交的學(xué)位論文是本人在導(dǎo)師的指導(dǎo)下作所取得的成果，本論文不包含任何其他個人或集。除文中己經(jīng)注明引用的內(nèi)容外體己經(jīng)發(fā)表或撰寫過的作品成果。對本文的研巧做出重要貢獻(xiàn)的個人和集體，均己。在文中［＾明確方式標(biāo)明。本人完全意識到本聲明的法律結(jié)果由本人承擔(dān)（需親筆：學(xué)位論文作者）簽名妓峰知曰巧軒資學(xué)位論文版權(quán)使用授權(quán)書本學(xué)位論文作者完全了解學(xué)校有關(guān)保留、使用學(xué)位論文的規(guī)定，同意學(xué)校保留并向國家有關(guān)部口或機(jī)構(gòu)送交論文的復(fù)印件和電子版，允許論文被查閱和借閱。本人授權(quán)南京農(nóng)業(yè)大學(xué)可Ｗ將

4、本學(xué)位論文的全部或部分內(nèi)容編入有關(guān)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行檢Ｌ。索，可乂采用影印、縮印或掃描等復(fù)制手段保存和匯編學(xué)位論文保密□，在年解密后適用本授權(quán)書。本學(xué)位論文屬于不保密囚。＿＂＂（請在上方框內(nèi)打Ｖ）學(xué)位論文作者《（曰（需親筆）簽名年月導(dǎo)師（需親筆）簽名：為Ｍ年／月（日勺目錄摘要ＩＡＢＳＴＲＡＣＴＩｌｌ英文縮略表Ｖ一第章綜述１１．１生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)１１丄１生物學(xué)網(wǎng)絡(luò)１１丄２共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)概念及運(yùn)用２１丄３權(quán)重共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)３１．２測序技術(shù)發(fā)展３一１．２．１第代測

5、序技術(shù)３１．２．２第二代測序技術(shù)４１．３轉(zhuǎn)錄組研究技術(shù)進(jìn)展６１３１．．轉(zhuǎn)錄組研究技術(shù)進(jìn)展６１Ａ－．３．２ＲＮＳ巧的運(yùn)用７本研究的目的和意義１１第二章材料與方法１３２１．材料１３２丄１植物材料１３２．２方法１３２１．２．黃瓜各組織總ＲＮＡ提取Ｗ及轉(zhuǎn)錄組測序分析１３２．２．２共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建１３２１．２．３組織特異性模塊篩選５．２２．４模塊的ＧＯ富集分析１５２．２．５染色體位置ｃｌｕｓｔｅｒ分析和ｍｏｔｉｆ富集分析１５２１．２．６黃瓜苦味

6、生物合成途徑相關(guān)模塊６第三章結(jié)果與分析１７３．１基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建１７Ｉ黃瓜共表達(dá)基因模塊的識別及其特點(diǎn)分析３．２組織持異性模塊查找２０３．３特異性模塊的生物學(xué)過程分析２１ｔ２３．４染色體ｄｕｓｅｒ分析２ｔ２３３．５模塊基因啟動子ｍｏｉｆ富集分析３．６黃瓜苦味相關(guān)模塊分析２５第四章討論２７４．１網(wǎng)絡(luò)中的模塊與特定組織或生物學(xué)過程有極強(qiáng)的關(guān)聯(lián)性２７４．２模塊內(nèi)的基因往往受到相同的轉(zhuǎn)錄調(diào)控２７４．３ＷＧＣＮＡ數(shù)據(jù)處理２８全文結(jié)論２９參考

7、文獻(xiàn)３１附錄３７麵５９ｉｍ黃瓜共表達(dá)基因模塊的識別及其特點(diǎn)分析摘要＇Ｃｗｃｗｎ妃Ｗ化，Ｍ也是植物性別發(fā)黃瓜（ＳＬ．）是我國最大的保護(hù)地裁培蔬萊作物，育和維管束運(yùn)輸研究的重要模式植物。黃瓜基因組序列圖譜已經(jīng)構(gòu)建完成，并且在此基礎(chǔ)上又完成了全基因組ＳＳ民標(biāo)記開發(fā)和涵蓋３３０萬個變異位點(diǎn)變異組圖譜，成為黃瓜功能基因研究的重要平臺和工具，相關(guān)轉(zhuǎn)錄組研究也有很多報道，不過共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)研究還是空白。本實(shí)驗(yàn)ｋ乂溫室型黃瓜Ｗ３０為研究對象選?。保皞€不同組織，進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測，序，獲得１

8、０份轉(zhuǎn)錄組原始數(shù)據(jù)。在對原始數(shù)據(jù)去除接頭與低質(zhì)量讀段后，將高質(zhì)量讀段用Ｔｏｐｈａ位回貼到已經(jīng)發(fā)表的栽培黃瓜基因組序列上。用Ｃｕｆｆｌｉｎｋｓ對回貼后的數(shù)據(jù)計算ＦＰＫＭ值，獲得１０份組織的２４２７４基因的表達(dá)量數(shù)據(jù)。計算結(jié)果中的回貼率比較理想，不過有些基因的表達(dá)量過低。為了防止表