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《黃瓜ago,rdr,dcl基因的序列特征分析及表達(dá)研究》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫。
1、摘要黃瓜（CucumissativusL.）是我國主要的蔬菜作物，也是世界上十大蔬菜之一。DCL、AGO和RDR蛋白，在基因轉(zhuǎn)錄后表達(dá)的調(diào)控方面起著非常重要的作用。AGO、RDR和DCL蛋白包含能夠引發(fā)RNA沉默的核心組件。本研究對CsAGOs、CsRDRs和CsDCLs基因進行全基因組生物信息學(xué)分析，包括CsAGOs、CsRDRs和CsDCLs蛋白的基本信息（長度、分子量、等電點等）及染色體定位；結(jié)構(gòu)域分布；保守基序比較分析；基因結(jié)構(gòu)分析；基因環(huán)境選擇壓力分析；基因表達(dá)模式熱圖分析；基因的系統(tǒng)進化分析。同時，對逆境脅迫下CsAGOs、CsRDRs和CsDCLs的表達(dá)
2、模式進行分析。結(jié)果表明：1.黃瓜基因組中共有7個CsAGOs、8個CsRDRs以及5個CsDCLs基因，這些基因分布在黃瓜6條染色體上，但在染色體上的分布是不均勻的。大部分CsAGOs蛋白包含DUF，PAZ和Piwi三個結(jié)構(gòu)域，大部分CsDCLs蛋白包含6個結(jié)構(gòu)域，而所有的CsRDRs蛋白都包含RdRP結(jié)構(gòu)域。大多數(shù)CsAGOs、CsRDRs和CsDCLs都具有10個保守基序。另外，從基因的結(jié)構(gòu)可以看出，大部分CsRDRs包含3個內(nèi)含子，大多數(shù)CsAGOs基因都包含6個以上內(nèi)含子，而所有CsDCLs都超過20個內(nèi)含子。2.比較黃瓜CsAGOs、CsDCLs及CsRDR
3、s基因與其他物種之間的直系同源關(guān)系，與CsAGOs直系同源的分別是桃有4個，野草莓5個，小米3個；與CsDCLs直系同源的分別是桃2個，玉米4個，小米4個；與CsRDRs直系同源的是桃有4個，其他物種分別有1-2個。系統(tǒng)演化關(guān)系分析表明，黃瓜CsAGOs蛋白主要分布于5個亞家族，而CsDCLs和CsRDRs分別隸屬于4個亞家族。3.熱圖分析表明，CsAGO1a和CsAGO4在所有組織中呈現(xiàn)高表達(dá)，CsAGO1b、CsAGO1c和CsAGO7在黃瓜葉片中高表達(dá)；CsDCLs在所有器官中表達(dá)量都較低；CsRDR1a和CsRDR1b在多數(shù)器官中都有較高的表達(dá)量，而CsRDR
4、1d和CsRDR1e在大部分器官中的表達(dá)水平都較低。4.逆境脅迫處理7葉期黃瓜幼苗，提取不同器官總RNA，經(jīng)反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)后，熒光定量檢測CsAGOs、CsDCLs和CsRDRs在不同器官中的表達(dá)量，結(jié)果表明在溫度脅迫、ABA處理及鹽脅迫下，CsAGOs、CsDCLs和CsRDRs在各器官中的表達(dá)模式幾乎相似，大部分都在莖或花中表達(dá)，而在根、葉、須中，表達(dá)量都較低；干旱脅迫下，絕大多數(shù)CsAGOs基因在根中高表達(dá)，而CsDCLs在花中具有較高的表達(dá)量，CsRDRs中除了個別基因在莖中大量表達(dá)外，其余的都是在根或花中具有較高表達(dá)量。綜上所述，本文對黃瓜CsAGOs、CsDC
5、Ls和CsRDRs家族基因進行了全基因組序III列特征分析，同時研究了逆境脅迫下該家族基因的表達(dá)模式，該研究結(jié)果不僅明確了逆境脅迫下該家族基因的表達(dá)模式，也為進一步研究該家族基因的功能提供了理論依據(jù)，同時也為RNA沉默途徑的解析提供了重要參考。關(guān)鍵詞：黃瓜；DCL（Dicer-like）；AGO（Argonaute）；RDR（RNA-dependentRNApolymerae）；熒光定量PCR(Quantitativereverse-transcriptionPCR)；非生物脅迫；基因表達(dá)；生物信息學(xué)IVAbstractCucumber(CucumissativusL
6、.)isthemainvegetablesinChinaandoneofthetenmajorvegetablesintheworld.Post-transcriptionalcontrolofgeneexpressioncanbeachievedthroughRNAinterferencewhentheactivitiesofDCL,AGOandRDRproteinsaresignificant.DCL,AGOandRDRcomprisethecorecomponentsofRNA-inducedsilencingcomplexes,whichtriggerRNAs
7、ilencing.BioinformaticsanalysisofCsAGOs,CsDCLs,CsRDRs,includingthebasicinformationaboutDicer-like,ArgonauteandRDRproteinsincucumberandprimersequencesusedforreal-timequantitativePCR;physicallocations;domaindistribution;distributionof10conservedmotifs;intron–exonorganization;sele
