基于chip-seq數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點識別算法

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1、－義腳學(xué)校代碼；１０００４密級；公開齡交新１ＢＥＩＪＩＮＧＪＩＡＯＴＯＮＧＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ碩±學(xué)位論文基于ＣｈｌＰ－ｓｅｑ數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點識別算法Ｍ作者姓名賈薩學(xué)科專業(yè)減欄學(xué)那術(shù)＾＇＊１指導(dǎo)教師劉一教授ｆ１．培養(yǎng)院系計算機與信息技術(shù)學(xué)院＾｜｜１－－．，奇‘巧粹Ｉ祐請織鄉(xiāng)齡詞ｄ－：棄團野＾ｌａ理巧禪１＇畫ＵＫ?。崳姡蓿海保В睿穑瓡袂擅鏈貐s＊漏麵ｏ喃＿，ｆｆｌ，＂＾｜＾｜－ｗ—＾＊—＾ｏ商邱ｒ，．ＪＮ＾：誦賴．．ｐ＜Ｊ１Ｉ鍾１看，六年四■．迴

2、巧：！?。担椋犌仂丁兜纴V肇碩±學(xué)位論文Ｃｈ－基于ＩＰｓ巧數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點識別算法ｏｒ－ＡｎＡｌｇｉｔｈｍ１；〇ＤｅｔｅｃｔＴＦＢＳｓｂａｓｅｄｏｎＣｈＩＰｓｅＤａｔａｑ作者：賈瑤麗一導(dǎo)師：劉北京交通大學(xué)２０１６年４月學(xué)位論文版權(quán)使用授權(quán)書本學(xué)位論文作者完全了解北京交通大學(xué)有關(guān)保留、使用學(xué)位論文的規(guī)定。特授權(quán)北京交通大學(xué)可Ｗ將學(xué)位論文的全部或部分內(nèi)容編入有關(guān)數(shù)據(jù)庫進行檢索，提供閱覽服務(wù)，并采用影印、縮印或掃描等復(fù)制手段保存、匯編１＾供查閱和借閱。同意學(xué)校向國家有關(guān)部口或機構(gòu)送交論文的復(fù)印件和磁盤。

3、學(xué)?？蔀榇嬖陴^際合作關(guān)系的兄弟高校用戶提供文獻傳遞服務(wù)和交換服務(wù)。（保密的學(xué)位論文在解密后適用本授權(quán)說明）＼．、＾學(xué)位論文作者簽名：它謂斬導(dǎo)師簽名：１＾、＊簽字曰期年月、曰簽字曰期年■月曰＞；七＾乙３７學(xué)校代碼：１０００４密級：公開化京交通大學(xué)碩古學(xué)位論文基于Ｃｈ－ｓｅｑＩＰ數(shù)據(jù)的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點識別算法Ａｎ－Ａｌｇｏｒｉｔｈｍ１：０ＤｅｋｃｔＴＦＢＳｓｂａｓｅｄｏｎＣｈＩＰｓｅｑＤａｔａ：作者姓名賈瑤麗學(xué)號：１３１２０３９９一導(dǎo)師姓名：劉職稱：教授學(xué)位類別：工學(xué)學(xué)位級別：碩±學(xué)科專

4、業(yè)：計算機科學(xué)與技術(shù)研究方向：數(shù)據(jù)挖掘北京交通大學(xué)２０１６年４月ｉ致謝一在這里，首先感謝導(dǎo)師劉教授在研究生期間給予的學(xué)習(xí)上和生活上的譚厚教誨和悉也關(guān)懷。劉老師為人誠懇，學(xué)識淵博。劉老師的榜樣作用影響并激勵著我？未來的人生，鞭策我奮發(fā)努力工作，銳意進取，是我人生路上的標桿。其次，非常感謝中科院遺傳與發(fā)育生物學(xué)研究所李家洋研究組余貓老師在我實習(xí)期間在科研上對我不遺余力的幫助。余老師平易近人、知識淵博、學(xué)風(fēng)嚴謹。余老師傳授知識時深入淺出。實習(xí)期間，余老師潛移默化影響著我、并激勵著我不斷努力地去實現(xiàn)人生的夢想。再次感謝中科院遺傳

5、與發(fā)育生物學(xué)研究所給予的數(shù)據(jù)上的支持，使我的研巧工作得頃利進行。一最后，感謝我家人直默默支持和鼓勵我，他們都，他們?yōu)槲覠o怨無悔地傾注自己的必血、，給予我堅實的依靠和無限的信屯。感謝我的同學(xué)、朋友在我情緒低谷的時候無私的陪伴、。再次衷屯地感謝關(guān)也、幫助和支持我的老師、同學(xué)、朋友。北京交通大學(xué)碩±學(xué)位論文摘要隨著生物信息學(xué)的大力發(fā)展，，研究者們不斷地在探究基因調(diào)控規(guī)律而不能深入的理解轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律己經(jīng)成為研究調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的瓶頸。目前，轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位一一點識別問題己成為生物信息學(xué)的熱點研究領(lǐng)域之。轉(zhuǎn)錄因子作為種重要的轉(zhuǎn)，通過與特定的Ｄ

6、ＮＡ序列相結(jié)合錄調(diào)控因子，在基因表達的過程中，調(diào)控下游基因的表達，抑制或增強其作用，是基因表達的關(guān)鍵步驟。識別這些特定的ＤＮＡ序列對理解基因調(diào)控具有重要意義。隨著高通量自動化測序技術(shù)的快速發(fā)展，染色質(zhì)免疫共沉淀（ＣＭＰ）技術(shù)與二代測序技術(shù)相結(jié)合的ＣｈＩＰ－ｓｅｑ技術(shù)為轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點識別研巧提供了海量的數(shù)據(jù)－ｓｅ。ＣｈＩＰｑ技術(shù)在全基因組上免疫沉淀ＤＮＡ片段，為全基因組范圍上識別轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點提供了高分辨率的數(shù)據(jù)，成為了研巧轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點的常規(guī)手段。現(xiàn)在己有許多轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點識別算法用于尋找Ｃｈ－ｓｅ數(shù)據(jù)中的轉(zhuǎn)錄因ＩＰｑ子特異

7、結(jié)合序列，但這些算法依然存在很多問題。首先，現(xiàn)存的這些算法不足Ｗ勝任ＣｈＩＰ－ｓ海量數(shù)據(jù)而導(dǎo)致不切實際的開銷其次，這些算法過度依賴重復(fù)巧的；－，無法區(qū)分識別位點真?zhèn)蔚热秉c序列過濾。本文在現(xiàn)有發(fā)表的ＣｈＩＰｓｅ數(shù)據(jù)基礎(chǔ)ｑ上－，挖掘和總結(jié)ＣｈＩＰｓｅ數(shù)據(jù)的特點ｑ，并針對這些特點，利用期望最大化一（ｅｘｐｅｃｔａｔｉｏｎｍａｘｉｍｉｚａｔｉｏｎ，ＥＭ）算法的思想，提出了個簡化的ＥＭ算法。甘有－ｓｅ的基于ＥＭ的識別轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點識別算法忽略了ＣｈＩＰｑ數(shù)據(jù)的特點，雖然成功的發(fā)現(xiàn)了真實的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點，但卻付出了時間的代價。本