基于條件隨機(jī)場(chǎng)的植物細(xì)胞追蹤算法研究

基于條件隨機(jī)場(chǎng)的植物細(xì)胞追蹤算法研究

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1、學(xué)校代號(hào)10532學(xué)號(hào)S150900789分類號(hào)TP391密級(jí)公開(kāi)碩士學(xué)位論文基于條件隨機(jī)場(chǎng)的植物細(xì)胞追蹤算法研究學(xué)位申請(qǐng)人姓名韋楊柳培養(yǎng)單位電氣與信息工程學(xué)院導(dǎo)師姓名及職稱劉敏教授學(xué)科專業(yè)控制科學(xué)與工程研究方向模式識(shí)別與圖像處理論文提交日期2018年5月11日學(xué)校代號(hào):10532學(xué)號(hào):S150900789密級(jí):公開(kāi)湖南大學(xué)碩士學(xué)位論文基于條件隨機(jī)場(chǎng)的植物細(xì)胞追蹤算法研究學(xué)位申請(qǐng)人姓名:韋楊柳導(dǎo)師姓名及職稱:劉敏教授培養(yǎng)單位:電氣與信息工程學(xué)院專業(yè)名稱:控制科學(xué)與工程論文提交日期:2018年5月11日論文答辯日期:2018年5月

2、15日答辯委員會(huì)主席:劉小燕教授RobustPlantCellTrackinginImageSequencesUsingConditionalRandomFieldbyWEIYangliuB.E.(HunanUniversity)2015AthesissubmittedinpartialsatisfactionoftheRequirementsforthedegreeofMasterofEngineeringinControlScienceandEngineeringintheGraduateSchoolofHunanUnive

3、rsitySupervisorProfessor:LiuMinMay,2018湖南大學(xué)學(xué)位論文原創(chuàng)性聲明本人鄭重聲明:所呈交的論文是本人在導(dǎo)師的指導(dǎo)下獨(dú)立進(jìn)行研究所取得的研究成果。除了文中特別加以標(biāo)注引用的內(nèi)容外,本論文不包含任何其他個(gè)人或集體已經(jīng)發(fā)表或撰寫(xiě)的成果作品。對(duì)本文的研究做出重要貢獻(xiàn)的個(gè)人和集體,均已在文中以明確方式標(biāo)明。本人完全意識(shí)到本聲明的法律后果由本人承擔(dān)。作者簽名:日期:年月日學(xué)位論文版權(quán)使用授權(quán)書(shū)本學(xué)位論文作者完全了解學(xué)校有關(guān)保留、使用學(xué)位論文的規(guī)定,同意學(xué)校保留并向國(guó)家有關(guān)部門或機(jī)構(gòu)送交論文的復(fù)印件和電子版

4、,允許論文被查閱和借閱。本人授權(quán)湖南大學(xué)可以將本學(xué)位論文的全部或部分內(nèi)容編入有關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行檢索,可以采用影印、縮印或掃描等復(fù)制手段保存和匯編本學(xué)位論文。本學(xué)位論文屬于1、保密□,在______年解密后適用本授權(quán)書(shū)。2、不保密□。(請(qǐng)?jiān)谝陨舷鄳?yīng)方框內(nèi)打“√”)作者簽名:日期:年月日導(dǎo)師簽名:日期:年月日I基于條件隨機(jī)場(chǎng)的植物細(xì)胞追蹤算法研究摘要基于光學(xué)顯微成像技術(shù)的植物活細(xì)胞生長(zhǎng)發(fā)育規(guī)律的研究,對(duì)生命科學(xué)基礎(chǔ)研究具有重大的意義。因此,對(duì)共聚焦顯微鏡圖像中細(xì)胞追蹤算法的研究具有非常重要的理論和應(yīng)用價(jià)值。本論文研究的對(duì)象是由共聚焦顯微

5、鏡采集的植物頂端分生組織(ShootApicalMeristems,SAM)的細(xì)胞圖像,植物體的其他組織和器官均由頂端分生組織的細(xì)胞增生和分化而來(lái),對(duì)它的研究有利于人類進(jìn)一步掌握農(nóng)作物的生長(zhǎng)發(fā)育規(guī)律。本文對(duì)植物細(xì)胞圖像的分割、配準(zhǔn)和細(xì)胞追蹤進(jìn)行了深入的研究,其主要難點(diǎn)在于:①細(xì)胞呈高度密集蜂窩狀排布,且圖像中噪聲較多;②細(xì)胞的形狀大小具有隨機(jī)性,且顏色和灰度信息也非常相似,因此很難提取到有明顯區(qū)分度的特征;③前期算法在匹配過(guò)程中,易出現(xiàn)錯(cuò)誤積累的問(wèn)題;④細(xì)胞在分裂時(shí),自身特征發(fā)生了跳躍性的變化,對(duì)追蹤造成一定的困難。因此,針對(duì)上

6、述難點(diǎn),本文完成的主要工作如下:首先,使用分水嶺算法對(duì)圖像進(jìn)行分割,該算法能有效分割出大部分細(xì)胞的邊界。其次,本文提出了一種基于局部拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)的特征點(diǎn)提取方法,并使用基于特征點(diǎn)匹配的配準(zhǔn)方法進(jìn)行配準(zhǔn),該方法有效避免了因圖像旋轉(zhuǎn)導(dǎo)致的鄰細(xì)胞標(biāo)號(hào)對(duì)應(yīng)錯(cuò)誤的問(wèn)題,提高了所找到特征點(diǎn)的準(zhǔn)確性,有效的配準(zhǔn)工作為細(xì)胞追蹤打下了堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。最后,在細(xì)胞追蹤方面,本文提出了一種基于條件隨機(jī)場(chǎng)的動(dòng)態(tài)調(diào)整匹配算法對(duì)含有噪聲的細(xì)胞圖像進(jìn)行細(xì)胞追蹤:(1)在蜂窩狀結(jié)構(gòu)的細(xì)胞圖像中建立條件隨機(jī)場(chǎng)模型,利用細(xì)胞與其相鄰細(xì)胞在空間上的緊密拓?fù)潢P(guān)系,以及時(shí)域中相鄰

7、幀圖像間的相互關(guān)系作為上下文信息對(duì)細(xì)胞進(jìn)行追蹤;(2)本文針對(duì)含有噪聲的細(xì)胞圖像追蹤易出現(xiàn)匹配錯(cuò)誤的問(wèn)題,提出了動(dòng)態(tài)調(diào)整匹配的算法,即在每次匹配的過(guò)程中,選取已匹配細(xì)胞的鄰細(xì)胞作為候選細(xì)胞,然后只匹配其中最優(yōu)的那一對(duì)細(xì)胞。該方法有效改善了先前方法在匹配過(guò)程中錯(cuò)誤累積的問(wèn)題,提高了追蹤的準(zhǔn)確率。本文提出的追蹤算法充分利用了細(xì)胞自身的特征、細(xì)胞與鄰細(xì)胞之間的空間結(jié)構(gòu)信息、以及時(shí)域上前后兩幀細(xì)胞的約束條件。實(shí)驗(yàn)證明,該算法在原圖像含有噪聲情況下,具有較高追蹤準(zhǔn)確率和穩(wěn)定性。與之前提出的方法相比,本文所提出的方法在噪聲細(xì)胞圖像中追蹤正確

8、率提高了約10%。關(guān)鍵詞:細(xì)胞追蹤;條件隨機(jī)場(chǎng);動(dòng)態(tài)調(diào)整;噪聲細(xì)胞圖像序列II碩士學(xué)位論文AbstractTheresearchonplantgrowthbasedonopticalmicroscopicimagingtechnologyisofhugesign

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