中國北方習(xí)見水母類的dna條形碼分析

《中國北方習(xí)見水母類的dna條形碼分析》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫。

1、第43卷第3期海洋與湖沼Vol.43,No.32012年5月OCEANOLOGIAETLIMNOLOGIASINICAMay,2012*中國北方習(xí)見水母類的DNA條形碼分析1,211,2111①程方平王敏曉王彥濤張芳李超倫孫松(1.中國科學(xué)院海洋研究所海洋生態(tài)與環(huán)境科學(xué)重點實驗室中國科學(xué)院海洋研究所山東膠州灣海洋生態(tài)系統(tǒng)國家野外科學(xué)觀測研究站青島266071;2.中國科學(xué)院研究生院北京100049)提要本研究獲得了中國北方近海習(xí)見水母類24個種共62條線粒體細(xì)胞色素C氧化酶亞基I(mtCOI)序列,結(jié)合GenBank中具DNA條形碼關(guān)鍵詞的mtCOI序列,共比較了水母類mtCOI片段207條,

2、水母mtCOI種內(nèi)遺傳差異在0%—7.4%之間,均值為0.9%(SD=0.014),其中約93%的個體種內(nèi)差異小于4%;近源種間遺傳差異在5.4%(Sarsia)到44.9%(Lensia)之間,均值為25.1%(SD=0.118),97%以上的個體種間遺傳差異大于10%。絕大多數(shù)(98.8%)水母種類種內(nèi)遺傳差異小于種間遺傳差異,條形碼間隙明顯。本研究涉及的中國北方習(xí)見水母種內(nèi)遺傳差異均顯著小于種間遺傳差異,結(jié)果表明以mtCOI作為DNA條形碼可以實現(xiàn)對中國北方習(xí)見水母種類鑒定。利用DNA條形碼序列分析,梳理了中國近海一些常見水母的分類地位。此外,對4種保存液保存方法的比較研究表明,90%乙

3、醇、DMSO、RNASafer和DNAConserver4種保存液無法同時保存形態(tài)學(xué)特征和DNA序列,但DNAConserver的效果相對較好。關(guān)鍵詞條形碼間隙,種類鑒定,DNA條形碼,水母中圖分類號Q958水母類種類多、數(shù)量大、分布廣,是浮游動物的經(jīng)驗等因素的限制。DNA條形碼為水母的快速鑒定重要類群,對海洋生態(tài)系統(tǒng)功能影響顯著(張芳等,提供了新的思路,相對傳統(tǒng)形態(tài)鑒定方法,DNA條形2009)。近年水母暴發(fā)(Jellyfishblooms)事件在全球范碼方法的最大優(yōu)勢是可以實現(xiàn)水母從浮浪幼蟲到成圍內(nèi)頻繁出現(xiàn),大型水母爆發(fā)幾乎成為全球各大海體全生活史階段的快速監(jiān)測。因此,針對水母類群的洋生態(tài)

4、系統(tǒng)所面臨的共同問題(Purcelletal,2007;DNA條形碼研究非常必要(鄭連明等,2008)。Uye,2008;張芳等,2009)。因此,加強(qiáng)對水母類豐度然而,刺胞動物DNA條形碼應(yīng)使用什么分子標(biāo)和多樣性變化趨勢的研究勢在必行。記目前仍然存在爭論。雖然COI在橈足類等甲殼類然而,水母類營浮游生活,分布廣泛,形態(tài)特征浮游動物種類鑒定中的有效性已得到證明(王敏曉等,可塑性高(Cornelius,1990),在不同海域其表型特征2011),但有研究結(jié)果顯示,刺胞動物門中的珊瑚蟲往往有變化;它們生活史復(fù)雜,不同生活史時期表觀綱COI序列變異速率相當(dāng)慢,使用COI無法準(zhǔn)確區(qū)形態(tài)往往具有差異,難

5、以鑒別,易被當(dāng)做不同的種分該門的近緣種(Sheareretal,2008),然而在水螅水(Ortmanetal,2010);此外,水母身體柔軟、結(jié)構(gòu)脆弱母綱和缽水母綱中,COI序列的變異速率則趨于正常的特點又決定了其形態(tài)特征在樣品采集和保存中易(Bucklinetal,2011;Huangetal,2008),已有的COI破壞喪失。因此在實際調(diào)查中,對水母類的種類鑒定序列對這兩個類群屬間近緣種的識別和鑒定的工作工作具難度,受到水母發(fā)育期、保存狀況、分類專家證明了COI可以作為這些水母類的DNA條形碼*國家重點基礎(chǔ)研究發(fā)展計劃(973)項目,2011CB403601號;中國科學(xué)院知識創(chuàng)新工程重要

6、方向項目群,KZCX2-YW-Q07號;國家自然科學(xué)基金項目,41106133號;國家海洋公益性行業(yè)科研專項經(jīng)費項目,201005018號。程方平,E-mail:chengfang-ping@gmail.com①通訊作者:孫松,E-mail:sunsong@qdio.ac.cn收稿日期:2011-12-31,收修改稿日期:2012-02-28452海洋與湖沼43卷(Dawsonetal,2001a,b;Ortmanetal,2010;張姝等,取基因組DNA,使用30μlTE緩沖液重懸DNA。2009;鄭連明等,2008)。1.4基因片段擴(kuò)增針對以上現(xiàn)狀,本文探討了COI序列作為DNACOI序列

7、使用后生動物通用引物(Folmeretal,條形碼進(jìn)行水母種類鑒定的可靠性,進(jìn)而依據(jù)COI1994)擴(kuò)增,部分無法擴(kuò)增的序列使用針對水母開發(fā)分析了我國近海水母暴發(fā)常見種的系統(tǒng)分類地位,的特異性引物cncoxf:TTTCTACTAATCATAARGAY同時摸索了提取DNA模板所需的水母樣品的保存方ATWGG和cncoxr:GCTACTACATAATAWGTRTCR法,以期推動DNA條形碼在水母類樣品