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《序列分析軟件DNAMAN 的使用方法簡(jiǎn)介》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在教育資源-天天文庫。
1、序列分析軟件DNAMAN的使用方法簡(jiǎn)介DNAMAN?是一種常用的核酸序列分析軟件。由于它功能強(qiáng)大，使用方便，已成為一種普遍使用的DNA?序列分析工具。本文以DNAMAN?5.2.9?Demo?version?為例，簡(jiǎn)單介紹其使用方法。打開DNAMAN，可以看到如下界面：第一欄為主菜單欄。除了幫助菜單外，有十個(gè)常用主菜單，第二欄為工具欄：第三欄為瀏覽器欄：在瀏覽器欄下方的工作區(qū)左側(cè)，可見Channel?工具條，DNAMAN?提供20?個(gè)Channel，(如左所示：)點(diǎn)擊Channel?工具條上相應(yīng)的數(shù)字，即可擊活相應(yīng)的Chann
2、el。每個(gè)Channel?可以裝入一個(gè)序列。將要分析的序列（DNA?序列或氨基酸序列）放入Channel?中可以節(jié)約存取序列時(shí)間，加快分析速度。此版本DNAMAN?提供自動(dòng)載入功能，用戶只需激活某個(gè)Channel，然后打開一個(gè)序列文件，則打開的序列自動(dòng)載入被激活的Channel?中。本文以具體使用DNAMAN?的過程為例來說明如何使用DNAMAN?分析序列。1．將待分析序列裝入Channel（１）通過File?Open?命令打開待分析序列文件，則打開的序列自動(dòng)裝入默認(rèn)Channel。（初始為channel1）可以通過激活不同的
3、channel?(例如：channel5)來改變序列裝入的Channel。（２）通過Sequence/Load?Sequence?菜單的子菜單打開文件或?qū)⑦x定的部分序列裝入Channel?。通過Sequence/Current?Sequence/Analysis?Defination?命令打開一個(gè)對(duì)話框，通過此對(duì)話框可以設(shè)定序列的性質(zhì)（DNA?或蛋白質(zhì)），名稱，要分析的片段等參數(shù)。2．?以不同形式顯示序列通過Sequence//Display?Sequence?命令打開對(duì)話框，如下圖所示：根據(jù)不同的需要，可以選擇顯示不同的序列
4、轉(zhuǎn)換形式。對(duì)話框選項(xiàng)說明如下：Sequence?&Composition?顯示序列和成分Reverse?Complement?Sequence?顯示待分析序列的反向互補(bǔ)序列Reverse?Sequence?顯示待分析序列的反向序列Complement?Sequence?顯示待分析序列的互補(bǔ)序列Double?Stranded?Sequence?顯示待分析序列的雙鏈序列RNA?Sequence?顯示待分析序列的對(duì)應(yīng)RNA?序列3．DNA?序列的限制性酶切位點(diǎn)分析將待分析的序列裝入Channel，點(diǎn)擊要分析的Channel，然后通過
5、Restriction/Analysis?命令打開對(duì)話框，如下所示：參數(shù)說明如下：Results?分析結(jié)果顯示其中包括：Show?summary（顯示概要）?Show?sites?on?sequence（在結(jié)果中顯示酶切位點(diǎn)）Draw?restriction?map（顯示限制性酶切圖）Draw?restriction?pattern（顯示限制性酶切模式圖）Ignore?enzymes?with?more?than（忽略大于某設(shè)定值的酶切位點(diǎn)）Ignore?enzymes?with?less?than（忽略小于某設(shè)定值的酶切位點(diǎn)
6、）Target?DNA?（目標(biāo)DNA?特性）circular（環(huán)型DNA），dam/dcm?methylation（dam/dcm?甲基化）all?DNA?in?Sequence?Channel（選擇此項(xiàng)，在Sequence?Channel?中的所有序列將被分析，如果選擇了Draw?restriction?pattern，那么當(dāng)所有的channel?中共有兩條DNA?時(shí)，則只能選擇兩個(gè)酶分析，如果共有三個(gè)以上DNA?時(shí)，則只能用一個(gè)酶分析。選擇所需的項(xiàng)目，然后按提示操作點(diǎn)擊按扭，出現(xiàn)下列對(duì)話框：參數(shù)說明如下：Enzyme代表（
7、enzyme?data?file），點(diǎn)擊旁邊的下拉按鈕，出現(xiàn)兩個(gè)默認(rèn)選項(xiàng)，restrict.enz?和dnamane.enz，如果添加過自制的酶列表，則附加顯示自制酶列表文件名。其中restrict.enz?數(shù)據(jù)文件包含180?種限制酶，dnamane.enz?數(shù)據(jù)文件包含2524?種限制酶。選擇其中一個(gè)數(shù)據(jù)文件，相應(yīng)的酶在左邊的顯示框中列出（按酶名稱字母表順序），鼠標(biāo)雙擊酶名稱，則對(duì)應(yīng)的酶被選中，在右邊空白框中列出。要自制酶切列表，可以從左邊酶列表中雙擊鼠標(biāo)選擇多種酶（例如puc18?multiple?cloning?sit
8、es），然后點(diǎn)擊按鈕出現(xiàn)下列對(duì)話框：輸入要保存酶列表的文件名，點(diǎn)擊按鈕即可保存。自制酶列表可以方便分析特定的酶切位點(diǎn)。Cutter?酶切識(shí)別序列長(zhǎng)度；End?酶切產(chǎn)生的末端，其中包括，Blunt（平頭末端），5’Overhang（5’突出粘性末端）,3’Overhang(3’
