資源描述：
《小RNA測序.pdf》由會員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫。
1、SmallRNA孟飛百邁客生物科技有限公司課程結(jié)構(gòu)SmallRNA的研究SmallRNA的相關(guān)數(shù)據(jù)庫簡介SmallRNA的數(shù)據(jù)分析方法第一部分SmallRNA的研究SmallRNA的相關(guān)數(shù)據(jù)庫簡介SmallRNA的數(shù)據(jù)分析方法SmallRNA的研究?SmallRNA的簡介?SmallRNA的研究狀況?炙熱的microRNA?microRNA的產(chǎn)生機(jī)理?microRNA與基因沉默?高通量smallRNA測序的優(yōu)勢SmallRNA的簡介?到目前為止，發(fā)現(xiàn)的小RNA種類較多，研究比較成熟的主要有兩類：–siRNA，小干擾RNA；–microRNA，微小RNA；–另外，還有其
2、他一些種類的小RNA，如piRNA（蛋白互作小RNA），snRNA（小核RNA），snoRNA（核仁小RNA）等種類。?其中在轉(zhuǎn)錄后水平調(diào)節(jié)mRNA表達(dá)的siRNA和microRNA成為現(xiàn)今研究的熱點(diǎn)。SmallRNA的研究狀況?誕生的研究背景–隨著生物信息學(xué)的大發(fā)展，針對基因組學(xué)，轉(zhuǎn)錄組學(xué)及蛋白組學(xué)的研究日趨深入和廣泛。?神奇的小RNA–短小的序列長度（如microRNA一般在18-24nt之間）；–多樣的功能（從蛋白產(chǎn)物合成到基因表達(dá)調(diào)控）；–參與多種生物過程，起到至關(guān)重要的作用；炙熱的miRNA?微小的身軀–長度一般在18—24nt長度之間；?調(diào)節(jié)的關(guān)鍵–調(diào)節(jié)基
3、因表達(dá)的關(guān)鍵（基因沉默）；?開啟科學(xué)之門的鑰匙–在發(fā)育、分化、凋亡過程中起著至關(guān)重要的作用，而且與疾病和癌癥息息相關(guān)；microRNA產(chǎn)生機(jī)理植物動物siRNABartelDP:MicroRNAs:genomics,biogenesis,mechanism,andfunction.Cell2004816:281-297.microRNA與基因沉默?基因沉默是真核生物細(xì)胞基因表達(dá)調(diào)節(jié)的一種重要手段。?基因沉默的方式–抑制性沉默–降解mRNA序列高通量smallRNA測序的優(yōu)勢?SmallRNA的研究手段–microRNA芯片技術(shù)–高通量測序技術(shù)?高通量測序的優(yōu)勢–測序通
4、量高–可以發(fā)現(xiàn)新的microRNA–結(jié)合生物信息庫，進(jìn)行深入研究第二部分SmallRNA的研究SmallRNA的相關(guān)數(shù)據(jù)庫簡介SmallRNA的數(shù)據(jù)分析方法SmallRNA的相關(guān)數(shù)據(jù)庫簡介?SmallRNA的相關(guān)數(shù)據(jù)庫?數(shù)據(jù)庫的簡介SmallRNA的相關(guān)數(shù)據(jù)庫CleansmallRNA比對rRNA、tRNA、snRNA、分類注釋小snoRNAetc；+RNA序列microRNA；數(shù)據(jù)庫repbase、ExonIntro….?數(shù)據(jù)庫是我們做smallRNA分類注釋的基礎(chǔ)。?數(shù)據(jù)庫為我們提供針對smallRNA的一些更深入的資料。SmallRNA的相關(guān)數(shù)據(jù)庫?注釋rRN
5、A、tRNA、snRNA…etc–Rfam–ncRNA?注釋已知的microRNA–miRBase–其他還有miRWalk、PlantmicroRNADatabase?注釋smallRNA中的重復(fù)序列–Repbase?注釋表達(dá)區(qū)的降解片段–ExonIntro區(qū)域序列–EST序列（NCBI下載）數(shù)據(jù)庫的簡介?Rfam–分家族注釋sRNA?miRBase–注釋已知的microRNA?Repbase–注釋重復(fù)序列信息Rfam?Rfam數(shù)據(jù)庫–是由sanger實(shí)驗(yàn)室維護(hù)下的一個對ncRNA進(jìn)行家族分類的數(shù)據(jù)庫。包括rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA等注釋分類信息。
6、–通過多序列比對，序列二級結(jié)構(gòu)，協(xié)方差模型以及交叉注釋的方式來分類整理ncRNA的序列類型。–http://rfam.sanger.ac.uk/Rfam?數(shù)據(jù)庫最新版本10.1，擁有1973個家族。miRBase?miRBase是sanger維護(hù)的microRNA序列數(shù)據(jù)、注釋、預(yù)測基因靶標(biāo)等信息的全方位數(shù)據(jù)庫，是存儲miRNA信息最主要的公共數(shù)據(jù)庫之一。?http://www.mirbase.org/miRBase?數(shù)據(jù)庫概況–目前數(shù)據(jù)庫更新至v18版本–數(shù)據(jù)庫包含了168個物種的18226條microRNA的前體序列，以及21634條成熟的microRNA產(chǎn)物。–
7、參考文獻(xiàn)http://nar.oxfordjournals.org/content/36/suppl_1/D154.fullmiRBaseRepbase?Repbase–真核生物DNA中的重復(fù)序列的數(shù)據(jù)庫–進(jìn)行轉(zhuǎn)座子分析，基因組組裝的重復(fù)序列分析的參考數(shù)據(jù)庫。–可以對sRNA數(shù)據(jù)中的重復(fù)序列片段以及類型進(jìn)行注釋。–官方網(wǎng)站http://www.girinst.org/repbase/index.htmlRepbase第三部分SmallRNA的研究SmallRNA的相關(guān)數(shù)據(jù)庫簡介SmallRNA的數(shù)據(jù)分析方法SmallRNA的數(shù)據(jù)分析方法?SmallR
