LocalBlast序列比對(duì)教程.ppt

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1、BLAST序列比對(duì)BioEdit使用簡(jiǎn)要介紹BioEdit安裝打開(kāi)BioEdit7.0.9.0-setup.exe，next，直到選擇安裝目錄BioEdit安裝選擇完安裝目錄，next到最后一步，完成安裝。導(dǎo)入query序列打開(kāi)BioEdit，導(dǎo)入Query_sequence.fasta文件。File→Open…注意文件類型選擇AllFiles(*.*)創(chuàng)建比對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)導(dǎo)入nirS_nucleotide.fasta核酸數(shù)據(jù)庫(kù)和nirS_protein.fa蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)，分別創(chuàng)建本地的nirS的核算數(shù)據(jù)庫(kù)和蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)。

2、AccessoryApplication→BLAST→Createalocalnucleotidedatabasefile/CreatealocalproteindatabasefileLocalBlastAccessoryApplication→BLAST→LocalBLASTProgram：blastn:核酸→核酸blastp:蛋白→蛋白tblastn:蛋白→翻譯的核酸t(yī)lastx:翻譯的核酸→蛋白tblastx:翻譯的核酸→翻譯的核酸導(dǎo)入待比對(duì)的序列,如Query_sequence.fasta選擇本地核酸/

3、蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)定義一個(gè)輸出文件，txt文件即可Blast的所有使用說(shuō)明，命令行格式期望值,e-valueLocalBlastAccessoryApplication→BLAST→LocalBLAST。選擇blastn在相應(yīng)的輸出文件目錄下，找到blastn的相應(yīng)結(jié)果，可以直接打開(kāi)，查看比對(duì)結(jié)果LocalBlastBlastn比對(duì)結(jié)果評(píng)分最高，E值最低的結(jié)果排在第一LocalBlastAccessoryApplication→BLAST→LocalBLAST。選擇blastx在相應(yīng)的輸出文件目錄下，找到blastx的相

4、應(yīng)結(jié)果，可以直接打開(kāi)，查看比對(duì)結(jié)果LocalBlastBlastx比對(duì)結(jié)果