新版PubMed文獻(xiàn)檢索.ppt

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1、新版PubMed檢索新版PubMed檢索PubMed及NCBI相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)PubMed數(shù)據(jù)范圍認(rèn)識(shí)新版PubMedPubMed檢索方法PubMedRSS學(xué)科跟蹤PubMed及相關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation，美國(guó)國(guó)立生物技術(shù)信息中心)NCBI是目前國(guó)際上幾個(gè)重要分子生物信息網(wǎng)站之一，其成立的原因是為已故的參議院議員ClaudePepper發(fā)現(xiàn)計(jì)算信息處理方法對(duì)生物醫(yī)學(xué)研究的重要性，因此，在1988年11月4日成立NCBI。NCBI是NationalInstitutesofHealth（NIH）底下的NationalLibrar

2、yofMedicine（NLM）的部門之一。由于NLM具有建立與維護(hù)生物醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)經(jīng)驗(yàn)，且因它是NIH的單位，因此可執(zhí)行計(jì)算分子生物計(jì)劃。NIH目前是全世界最大的生物醫(yī)學(xué)研究單位。NCBI成立的主要任務(wù)為：提供生物醫(yī)學(xué)的分析與計(jì)算工具，協(xié)助研究人員了解生物的語(yǔ)言--DNA在健康與疾病中所扮演的角色發(fā)展新技術(shù)協(xié)助了解調(diào)控健康與疾病的基本分子與遺傳過(guò)程，包括建立儲(chǔ)存與分析分子生物、生化與遺傳學(xué)知識(shí)的自動(dòng)系統(tǒng)；促進(jìn)研究與醫(yī)學(xué)社群使用數(shù)據(jù)庫(kù)與軟件；協(xié)調(diào)生物技術(shù)信息的傳遞與管理；執(zhí)行以計(jì)算機(jī)為基礎(chǔ)的進(jìn)階信息分析過(guò)程，用以分析生物重要分子的結(jié)構(gòu)與功能。NCBI組織架構(gòu)ComputationalBiolog

3、yBranch（CBB）InformationEngineeringBranch（IEB）InformationResourcesBranch（IRB）NCBI組織架構(gòu)ComputationalBiologyBranch（CBB）處理運(yùn)算、數(shù)學(xué)及分子生物、生物與遺傳學(xué)理論問(wèn)題的基礎(chǔ)與應(yīng)用研究，包括基因體分析、序列比對(duì)、序列搜尋方法、巨分子結(jié)構(gòu)、動(dòng)力學(xué)與交互作用、結(jié)構(gòu)/功能預(yù)測(cè)等。建立NIH實(shí)驗(yàn)室、政府機(jī)構(gòu)、學(xué)術(shù)單位與產(chǎn)業(yè)界之生物學(xué)家、化學(xué)家、數(shù)學(xué)家與計(jì)算機(jī)科學(xué)家間的計(jì)算分子生物合作研究計(jì)劃。提供研究分子生物分析工具的咨詢與建議。與分子生物社群互動(dòng)，利用計(jì)算與理論方法提高實(shí)驗(yàn)研究質(zhì)量。NCBI組

4、織架構(gòu)InformationEngineeringBranch（IEB）進(jìn)行數(shù)據(jù)表現(xiàn)與分析的應(yīng)用研究，包括在分子生物、遺傳學(xué)與生物化學(xué)的計(jì)算機(jī)儲(chǔ)存、管理與檢索系統(tǒng)。設(shè)計(jì)各種呈現(xiàn)分子生物信息的數(shù)據(jù)庫(kù)架構(gòu)與規(guī)格書(shū)，包括核酸、蛋白質(zhì)與結(jié)構(gòu)信息。設(shè)計(jì)與發(fā)展分布式軟件系統(tǒng)，提供研究人員本機(jī)與遠(yuǎn)程的計(jì)算服務(wù)。協(xié)調(diào)公開(kāi)序列、遺傳、結(jié)構(gòu)、目錄信息，建立管理與整合數(shù)據(jù)庫(kù)或連結(jié)至外部數(shù)據(jù)庫(kù)。建立NIH內(nèi)部與外部學(xué)術(shù)單位的信息學(xué)合作研究計(jì)劃。提供軟件與數(shù)據(jù)庫(kù)設(shè)計(jì)咨詢與建議。發(fā)展與提倡數(shù)據(jù)庫(kù)、數(shù)據(jù)交換與生物命名的標(biāo)準(zhǔn)。NCBI組織架構(gòu)InformationResourcesBranch（IRB）計(jì)劃、監(jiān)督與管理NCB

5、I的計(jì)算機(jī)技術(shù)操作，包含用來(lái)研究、發(fā)展與存取公開(kāi)數(shù)據(jù)庫(kù)的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)。提供NCBI人員與外來(lái)使用者技術(shù)支持。提供NCBI服務(wù)之網(wǎng)絡(luò)操作指導(dǎo)。規(guī)劃使用NCBI資源的教育訓(xùn)練與研討會(huì)。計(jì)劃、發(fā)展與管理政府合約與合作協(xié)議書(shū)，已獲得支持NCBI信息功能的設(shè)備與服務(wù)。作為基因體計(jì)劃使用者與服務(wù)辦事處之聯(lián)絡(luò)人。執(zhí)行應(yīng)用研究與發(fā)展，提供技術(shù)支持與指導(dǎo)，鑒定使用者需求；管理生物使用社群之問(wèn)卷調(diào)查，以評(píng)估NCBI發(fā)展的軟件使用情形。協(xié)調(diào)政府其它辦事處與生物信息資源，促進(jìn)NCBI數(shù)據(jù)儲(chǔ)存的發(fā)展。NCBI組織架構(gòu)NCBI還有一個(gè)跨多學(xué)科的基礎(chǔ)研究群，組成人員包括計(jì)算機(jī)科學(xué)家、分子生物學(xué)家、數(shù)學(xué)家、生化學(xué)家與物理學(xué)家，

6、共同致力于計(jì)算分子生物的基礎(chǔ)與應(yīng)用研究。他們一起研究利用數(shù)學(xué)與計(jì)算機(jī)方法解決分子層面的基本生物醫(yī)學(xué)問(wèn)題，這些問(wèn)題包含了基因結(jié)構(gòu)偵測(cè)與分析、序列分析、立體結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、重復(fù)序列類型（Pattern）、建立基因體圖譜、HIV感染動(dòng)力學(xué)的數(shù)學(xué)模型、分析序列錯(cuò)誤對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)搜尋的影響、發(fā)展數(shù)據(jù)庫(kù)搜尋與多重序列比對(duì)的新算法、建立無(wú)重復(fù)的序列數(shù)據(jù)庫(kù)、使用數(shù)學(xué)模型評(píng)估序列相似性在統(tǒng)計(jì)學(xué)上的重要性、建立文章檢索的載體（Vector）模型等。除此之外，這些研究人員尚與NIH的研究單位、學(xué)術(shù)單位的研究實(shí)驗(yàn)室與政府機(jī)構(gòu)的研究實(shí)驗(yàn)室間維持合作關(guān)系，目前仍有多項(xiàng)研究計(jì)劃正在進(jìn)行當(dāng)中。NCBI資源NCBI目前提供的生物信息資源主

7、要分為生物數(shù)據(jù)庫(kù)生物信息工具NCBI資源生物數(shù)據(jù)庫(kù)生物數(shù)據(jù)庫(kù)是一個(gè)永久數(shù)據(jù)的大的組織體，通常結(jié)合計(jì)算機(jī)軟件執(zhí)行更新、查詢與存取數(shù)據(jù)的功能。對(duì)于研究人員而言，數(shù)據(jù)庫(kù)必須符合：容易取得信息以及只取得回答特殊生物問(wèn)題的信息兩項(xiàng)功能。NCBI的數(shù)據(jù)庫(kù)搜尋與存取系統(tǒng)-Entrez，可用來(lái)獲取單一數(shù)據(jù)庫(kù)或許多數(shù)據(jù)庫(kù)的整合數(shù)據(jù)。例如Entrez蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)除了可查詢蛋白質(zhì)信息，同時(shí)亦可連結(jié)到生物分類數(shù)據(jù)庫(kù)查詢生