基因初步定位.doc

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1、1．2．5基因的初步定位基因的初步定位又稱(chēng)染色體定位。利用各種分子標(biāo)記技術(shù)，找到與目標(biāo)基因連鎖的分子標(biāo)記，然后依據(jù)分離數(shù)據(jù)進(jìn)行連鎖分析，將目標(biāo)基因定位在該染色體的某一區(qū)域內(nèi)。應(yīng)用于植物遺傳連鎖分析和遺傳圖譜的構(gòu)建主要由軟件來(lái)完成，目前應(yīng)用最為廣泛的作圖軟件有Mapmaker和JoinMap等。它們的基本原理是首先通過(guò)位點(diǎn)統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)進(jìn)行連鎖分析，如果連鎖則進(jìn)行重組率和圖距的估算，最后確定位點(diǎn)排序。重組率的估算方法一般采用兩點(diǎn)測(cè)驗(yàn)和多點(diǎn)測(cè)驗(yàn)，均是采用最大似然法來(lái)計(jì)算估測(cè)值。圖距的估算通常采用作圖函數(shù)將重組率轉(zhuǎn)換為圖距，圖距的單位為摩爾根(Morgan)，1M=100cM(厘

2、摩)，1cM為一個(gè)遺傳單位，即l％的重組率。作圖函數(shù)常用Kosambi。位點(diǎn)的排序通常采用測(cè)量一個(gè)給定順序與真實(shí)順序之間的差異，用以判定這種順序適合度的標(biāo)準(zhǔn)有兩個(gè)，一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)是在一種排序中每對(duì)相鄰位點(diǎn)的成對(duì)LOD值的總和最大，另一種是以位點(diǎn)順序?yàn)闂l件的最大多點(diǎn)似然值為標(biāo)準(zhǔn)(董承光，2007)15。1．2．6精細(xì)定位在初步定位后，往往需要繼續(xù)利用已獲得的分子標(biāo)記并擴(kuò)大定位群體對(duì)目的基因進(jìn)行精細(xì)定位。其方法是利用人工染色體文庫(kù)(BAC)，通過(guò)染色體步移，構(gòu)建目標(biāo)區(qū)域的物理圖譜。再在其間開(kāi)發(fā)新的分子標(biāo)記，精細(xì)定位目標(biāo)基因。隨著擬南芥、水稻全基因組測(cè)序的完成以及大量分子標(biāo)記的開(kāi)

3、發(fā)，染色體步移的許多步驟可以省略，如細(xì)菌BAC庫(kù)的構(gòu)建和目標(biāo)區(qū)物理圖譜的構(gòu)建等。分子標(biāo)記的開(kāi)發(fā)等工作也變的相對(duì)簡(jiǎn)單。目前，棉花由于基因組測(cè)序工作屬于準(zhǔn)備期或剛剛起步，相比水稻而言，在進(jìn)行基因初步定位后，再在目標(biāo)基因區(qū)域開(kāi)發(fā)新的標(biāo)記是比較困難的。只能通過(guò)一般的方法，先構(gòu)建棉花細(xì)菌人工染色體文庫(kù)，再用與目標(biāo)基因連鎖的分子標(biāo)記為探針篩選BAC文庫(kù)，得到陽(yáng)性克隆。然后對(duì)陽(yáng)性克隆進(jìn)行BAC末端測(cè)序，設(shè)計(jì)新的引物，直至得到目的基因區(qū)域跨疊克隆群，構(gòu)建目的基因區(qū)域的物理圖譜，為進(jìn)一步克隆基因奠定基礎(chǔ)(董承光，2007)15o1．2．7基因克隆克隆基因是遺傳標(biāo)記和基因組作圖最重要的應(yīng)

4、用之一?；蚩寺『竽軌蚣由顚?duì)基因功能的了解并可對(duì)其修飾以創(chuàng)造新的表型，還能實(shí)現(xiàn)在不同品種或物種間的轉(zhuǎn)移?？寺?/p>