安裝ubuntu硬盤版單機(jī)并行編譯lammps.docx

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1、Windows7下安裝ubuntu12.04,并行編譯lammps教程。軟件準(zhǔn)備:ubuntuxx.iso,EasyBCD,lammps。其余軟件在聯(lián)網(wǎng)條件才能獲得。將要作為ubuntu安裝盤的空間在win7磁盤管理下刪除,這樣在win7下就不能看到其系統(tǒng)盤,而ubuntu下可看見(jiàn)windows7的系統(tǒng)盤。1,安裝EasyBCD軟件并打開(kāi),添加新的啟動(dòng)菜單(addnewentry)=》neogrub=》安裝(install)=》配置(configure),將下列英文復(fù)制入文件:titleInstallUbunturoot(hd0,0)kernel(hd0,0)/vmlinuzb

2、oot=casperiso-scan/filename=/ubuntu-11.10-i386.isoroquietsplashlocale=zh_CN.UTF-8initrd(hd0,0)/initrd.lz綠色部分為當(dāng)前win7安裝盤的物理位置,第n塊盤的第n個(gè)分區(qū),從零起計(jì)。紅色部分為準(zhǔn)備好的系統(tǒng)鏡像iso文件名。保存,關(guān)閉軟件。2,用解壓軟件或者虛擬光驅(qū)打開(kāi)iso文件,將鏡像中.disk文件夾,以及casper文件夾下initrd.lz與vmlinuz復(fù)制進(jìn)入win7安裝盤根目錄。再將系統(tǒng)鏡像iso文件復(fù)制入同樣目錄下。3,重啟計(jì)算機(jī),選擇進(jìn)入neogrub加載引導(dǎo)項(xiàng),選

3、擇installubuntu,進(jìn)入ubuntu安裝桌面。此時(shí)打開(kāi)系統(tǒng)終端輸入sudoumount–l/isodevice。關(guān)閉終端開(kāi)始安裝系統(tǒng)。為節(jié)約時(shí)間,選擇安裝時(shí)不更新,不安裝第三方軟件。選擇其他安裝選項(xiàng)。選中為ubuntu預(yù)留的磁盤空白分區(qū),雙擊選擇文件類型ext4,目錄為/,勾選格式化,安裝驅(qū)動(dòng)器選擇整個(gè)硬盤。安裝開(kāi)始。4,安裝ubuntu完畢重啟,系統(tǒng)選擇菜單中windowsloader為windows入口。進(jìn)入ubuntu系統(tǒng),聯(lián)網(wǎng),打開(kāi)ubuntu軟件中心,編輯=》軟件源=》選擇最佳服務(wù)器。5,安裝lammps所需組件。Sudoapt-getinstallbuil

4、d-essential,以及gfortran,csh,libjpeg62,libjpeg62-dbg,libjpeg62-dev,mpich2。手動(dòng)安裝fftw2,下載安裝包,安裝命令如下:$cd/usr/local/src$sudotarxzvf~/Downloads/fftw-2.1.5.tar.gz$cdfftw-2.1.5$sudo./configure--prefix=/usr/local/fftw2--enable-float$sudomake$sudomakeinstall安裝mpich2,可手動(dòng),或apt-get命令。6,下載lammps安裝包,修改makefi

5、le.g++#g++=RedhatLinuxbox,g++,MPICH2,FFTW...#compiler/linkersettingsCC=?g++CCFLAGS=-g-OSHFLAGS=-fPICDEPFLAGS=-MLINK=?g++LINKFLAGS=-g–OLIB=SIZE=sizeARCHIVE=arARFLAGS=-rcSHLIBFLAGS=-shared...#LAMMPSifdefsettings,OPTIONALLMP_INC=-DLAMMPS_GZIP-DLAMMPS_JPEG...#MPIlibrary,REQUIREDMPI_INC=?-DMPICH_

6、SKIP_MPICH2?-I/usr/local/mpich2/include??#?即mpi.h的路徑MPI_PATH=?-L/usr/local/mpich2/lib??#?即libmpich.a的路徑MPI_LIB=-lmpich-lmpl-lpthread...#FFTlibrary,OPTIONALFFT_INC=?-DFFT_FFTW2?-I/usr/local/fftw2/include??#即fftw.h的路徑FFT_PATH=?-L/usr/local/fftw2/lib??#?即libfftw.a的路徑FFT_LIB=-lfftw#?可以理解為,將-l換成l

7、ib,后面添加.a后綴,就是libfftw.a這個(gè)庫(kù)文件了...#JPEGlibrary,OPTIONALJPEG_INC=?-I/usr/include??#?即jpeglib.h的路徑JPEG_PATH=?-L/usr/lib/i386-linux-gnu??#?即libjpeg.a的路徑JPEG_LIB=-ljpeg1,進(jìn)行Make。$cd~/lammps/src$makeclean-all$makeyes-all$makeno-gpuno-kimno-reaxno-user-atcn

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