使用ncbi查找dna引物設(shè)計blast序列比對

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1、最近看到很多戰(zhàn)友在論壇上詢問如何查詢基因序列、如何進行引物設(shè)計、如何使用BLAST進行序列比對……，這些問題在NCBI上都可以方便的找到答案?，F(xiàn)在我就結(jié)合我自己使用NCBI的一些經(jīng)歷（經(jīng)驗）跟大家交流一下BCBI的使用。希望大家都能發(fā)表自己的使用心得，讓我們共同進步！我分以下幾個部分說一下NCBI的使用：Partone如何查找基因序列、mRNA、Promoter?Parttwo如何查找連續(xù)的mRNA、cDNA、蛋白序列Partthree運用STS查找已經(jīng)公布的引物序列Partfour如何運用BLAST進行序列比對、檢驗引物特異性??特別感謝本

2、版版主，將這個帖子置頂！從發(fā)帖到現(xiàn)在，很多戰(zhàn)友對該帖給與了積極的關(guān)注，在此向給我投票的（以及想給我投票卻暫時不能投票的）各位戰(zhàn)友表示真誠的感謝，謝謝各位戰(zhàn)友！請大家對以下我發(fā)表的內(nèi)容提出自己的意見。關(guān)于NCBI其他方面的使用也請水平較高的戰(zhàn)友給予補充?Firstofall，還是讓我們從查找基因序列開始。?第一部分利用Mapviewer查找基因序列、mRNA序列、啟動子（Promoter）?下面以人的IL6（白細胞介素6）為例講述一下具體的操作步驟?1．打開Mapviewer頁面，網(wǎng)址為：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

3、mapview/index.html在search的下拉菜單里選擇物種，for后面填寫你的目的基因。操作完畢如圖所示：?2．點擊“GO”出現(xiàn)如下頁面：??3．在步驟二圖示的右下角有一個QuickFilter,下面是讓你選擇的幾個復(fù)選框，在Gene前面的小方框里打勾，然后點擊Filter.出現(xiàn)下圖：??說明一下：1、染色體的紅色區(qū)域即為你的目的基因所處位置。2、下面參考序列給出了三個，是不同的部門做出來的，經(jīng)我驗證，序列有微小的差異，但總體來說基本相同。盡管你分別點擊后，序列代碼、序列代碼等有所差異，但堿基基本一致，不影響大家研究分析序列?，F(xiàn)在

4、普遍采用的是最上面的那個序列，這一條是世界范圍的生物科學(xué)家用計算機合成的一個序列。我也推薦大家使用這個序列。4．點擊上述三條序列第一條序列（即reference）對應(yīng)的"Genesseq"，出現(xiàn)新的頁面，頁面下方為：??5．點擊上圖出現(xiàn)的“Download/ViewSequence/Evidence”，即下載查看序列等功能，結(jié)果如圖所示：?先對上面這張圖做點簡要的說明，在SequenceFormat（序列輸出格式）后面是一個下拉式選擇菜單，默認的為FASTA格式，還有一個是GenBank格式。我推薦大家選擇GenBnak格式，因為這個格式提供

5、了很多該基因的信息，而FASTA格式只有基因序列。?6．在SequenceFormat后選擇GenBank，然后點擊下面的Display，目的基因的相關(guān)信息和序列就出現(xiàn)在眼前了。點擊后如圖所示（網(wǎng)頁較大，只抓取一小部分以作示范）：??在上述打開的網(wǎng)頁中，你可以看到基因長度，基因序列，以及這個基因是如何被報道出來的等各種信息。你會看到:?mRNA?join(3598..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057,7803..8394)這代表了從基因的3598位開始就是轉(zhuǎn)錄區(qū)了，即我們常說的mRNA片斷，由于內(nèi)含子

6、的存在，所以mRNA在DNA序列上分成了幾段。CDSjoin(3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057,7803..7970)CDS代表編碼序列，即蛋白編碼區(qū)是從3660開始的（ATG），由于剪接作用所以CDS區(qū)也是不連續(xù)的。?說到這里，可能很多朋友都已經(jīng)明白了promoter即啟動子區(qū)域在哪里了。但我還是再嘮叨幾句：轉(zhuǎn)錄起始位點前面是基因的調(diào)控區(qū)，啟動子區(qū)沒有明顯的位置定義，大家也只是猜測它的大體位置，如果你要研究promoter區(qū)的話，建議你選擇轉(zhuǎn)錄起始位點前的2000個堿基進行研究，一般默認

7、的是這樣。當(dāng)然你如果覺得長度太長不好研究的話，也可以只研究-1000到0這一千個堿基，因為一般情況下，啟動子區(qū)的變異都在這個區(qū)域內(nèi)。?這樣大家就可以找到自己的目的基因序列和啟動子了，這種方法可能使用的人不是很多，但我個人比較喜歡，因為它最大的優(yōu)點是可以找到啟動子區(qū)域和其他調(diào)控區(qū)域。希望大家可以發(fā)帖交流，讓我們把NCBI用的更好！??6??第二部分?如何查找連續(xù)的mRNA、cDNA、蛋白序列（依然以人類的IL6為例）1．進入NCBI主頁：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/在search后面選擇Gene，在for后面填寫需要

8、查找的基因的名字。如圖所示：?出現(xiàn)了很多基因序列，在每個序列的右邊還有“OrdercDNAclone”的鏈接，這些序列中有些序列是跟你的目的基因同名的，有些是別名（