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《雞fads2基因3’utr區(qū)多態(tài)性檢測及其與經(jīng)濟(jì)性狀關(guān)聯(lián)性分析》由會員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫。
1、河南農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文雞FADS2基因3’UTR區(qū)多態(tài)性檢測及其與經(jīng)濟(jì)性狀關(guān)聯(lián)性分析姓名：洪雪瑩申請學(xué)位級別：碩士專業(yè)：動物遺傳育種與繁殖指導(dǎo)教師：陳其新；康相濤201205摘要△6一脂肪酸脫氫酶基因(FADS2)是生成(I)．3系和∞．6系多不飽和脂肪酸的限速酶，屬于脂肪酸脫氫酶基因(FADS)家族成員。多不飽和脂肪酸決定細(xì)胞膜的流動性，能夠促進(jìn)動物生長發(fā)育，提高動物的產(chǎn)仔率和成活率，提高肉質(zhì)風(fēng)味，調(diào)節(jié)脂類代謝等。對丁．禽類，多不飽和脂肪酸含量是影響雞肉風(fēng)味的重要物質(zhì)，通過克隆雞的FADS2基岡，我們發(fā)現(xiàn)禽類FADS2基岡包含13個外顯子，
2、而人類為12個外顯子，與哺乳動物的最人區(qū)別就是在其3’UTR區(qū)，在第12與13外顯子中問插入一個內(nèi)含子，而3’UTR區(qū)與mRNA的穩(wěn)定性,11mRNA的降解速率有很大的聯(lián)系。有關(guān)雞FADS2基岡3’UTR區(qū)遺傳變異的研究目前尚未見報道。l滅I此，本研究在前期r作的基礎(chǔ)上，首次對雞FADS2基岡3’UTR
3、叉：的遺傳變異進(jìn)行了分析。首先選取俐始雞安}雞F2代資源群72只雞的血樣，構(gòu)建混合DNA池，通過測序的方法，對雞的FADS2基岡3’UTRIX變異位點(diǎn)進(jìn)行篩選；同時通過生物信息學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)FADS2基岡3’UTRIX．存在一個微甲星變異。在此基
4、礎(chǔ)上，應(yīng)用PCR．RFLP和PCR—SSCP技術(shù)，對849只雞FADS2基岡3’UTR區(qū)的5個SNP位點(diǎn)A240G、G322C、G840A、T1167C幣¨T192C以及微甲星位點(diǎn)進(jìn)行群體遺傳!學(xué)分析，并川SPSSl6．0分析這6個變異何點(diǎn)對雞經(jīng)濟(jì)性狀的影響。主要研究結(jié)果如卜^：(1)麻JL}j川始雞安}雞F2代資源群構(gòu)建DNA池，通過測序，發(fā)現(xiàn)3’UTR
5、又：存在25個多態(tài)位點(diǎn)。通過在GeneBank上搜索最新的雞的3’UTR序列，通過軟仆DNAMAN對所奄向的片段進(jìn)行比對分析，發(fā)現(xiàn)在所克隆的雞的3’UTR之斤存在一個微甲星重復(fù)。(2)以雞的
6、3’UTR測序結(jié)果為基礎(chǔ)，應(yīng)州PCR．RFLP技術(shù)首次檢測5個SNP位點(diǎn)A240G、G322C、G840A、TI167C和T192C，測序結(jié)果表明5個SNP侮點(diǎn)分別為A／G突變、G／C突變、G／A突變、T／C突變利T／C突變。5個位點(diǎn)都有2個等位基岡，3種基岡型。遺傳變異分析發(fā)現(xiàn)，A240G何點(diǎn)G是優(yōu)勢等位基岡(0．68)，優(yōu)勢基岡型為AG型(0．56)，多態(tài)信息含量(PIC)、雜合度(He)、有效等位基岡數(shù)(Ne)分別為0．34、0．44、1．77，屬中度多態(tài)。G322C位點(diǎn)C是優(yōu)勢等位基岡(0．68)，優(yōu)勢基岡型為GC型(0．56)，PIC
7、、He、Ne分別為0．34、0．43、1．76，屬中度多態(tài)。T840A位點(diǎn)A為優(yōu)勢等何基岡(0．68)，優(yōu)勢基岡牙!為AA型(0．46)，PIC、He、Ne分別為0．34、0．44、1．77，屬巾度多態(tài)。T1167C位點(diǎn)C為優(yōu)勢等何基岡(0．58)，優(yōu)勢基岡型為TC型(0．63)，PIC、He、Ne分別為O．37、0．49、1．95，屬中度多態(tài)。T192C何點(diǎn)C為優(yōu)勢等位基岡(0．66)，優(yōu)勢基岡型為TC型(0．51)，PIC、He、Ne分別為0．35、0．49、1．81，屬中度多態(tài)。(3)應(yīng)用PCR．SSCP技術(shù)首次檢測通過分析所得的微甲星，
8、測序結(jié)果表明此微衛(wèi)星有2個等位基岡，2種基岡型。遺傳變異分析發(fā)現(xiàn)，微甲星變異位點(diǎn)A為(0．96)，優(yōu)勢基岡型為AA型(0．91)，PIC、He、Ne分別為0．08、0．08、1．09，屬低度多態(tài)。(4)把檢測到的5個SNP位點(diǎn)以及微衛(wèi)星與經(jīng)濟(jì)性狀相關(guān)的數(shù)據(jù)進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果表明，G322C與經(jīng)濟(jì)性狀表現(xiàn)差異不顯著，A240G位點(diǎn)突變與肝臟重、Y．谷氨酰轉(zhuǎn)肽酶、堿性磷酸酶、乳酸脫氫酶、C14：0、C17：0和C22：3顯著相關(guān)，T840A位點(diǎn)突變與肝臟重和腿肌剪切力顯著相關(guān)，T1167位點(diǎn)突變與屠體重、心臟重、肝臟重和胸肌剪切力顯著相關(guān)，T192
9、C位點(diǎn)突變與心臟重、脾臟重、腿肌剪切力、胸肌剪切力、低密度脂蛋白和IC20：1顯著相關(guān)。微衛(wèi)星位點(diǎn)與屠體性狀中的心臟重和胸肌重顯著相關(guān)，呈現(xiàn)出AA型>AB型的規(guī)律，表明AA五!個體為優(yōu)勢基岡型，此位點(diǎn)對雞的肉質(zhì)性狀、血清生化指標(biāo)及肌肉脂肪酸含量沒有顯著的效應(yīng)。基丁^以上結(jié)果，可得出如F結(jié)論：(1)對雞的3’UTR進(jìn)行測序和生物信息學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)了25個SNP位點(diǎn)和一個微甲昂位點(diǎn)，說明雞FADS2基岡3’UTR區(qū)域遺傳變異豐富，可能對基岡表達(dá)以及轉(zhuǎn)錄斤調(diào)控乃至表型產(chǎn)生較人的影響。(2)5個SNP位點(diǎn)中的A240G、T840A、T1167和T192C
10、4個位點(diǎn)與雞的若干經(jīng)濟(jì)性狀顯著相關(guān)，它們可以通過改變mRNA的穩(wěn)定性利降解速率從而影響轉(zhuǎn)錄前利轉(zhuǎn)錄后調(diào)控，進(jìn)而影響基
11、滅
12、的表達(dá)以及相應(yīng)的表型。這些多
