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《生物信息數(shù)據(jù)庫及生物信息分析軟件應(yīng)用》由會員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在教育資源-天天文庫。
1、實(shí)驗(yàn)一生物信息數(shù)據(jù)庫及 生物信息分析軟件應(yīng)用現(xiàn)代分子生物學(xué)大實(shí)驗(yàn)實(shí)驗(yàn)?zāi)康恼莆丈镄畔W(xué)基本概念、原理及方法應(yīng)用生物信息學(xué)的一些工具進(jìn)行初步的生物信息分析運(yùn)用PrimerPrimier5進(jìn)行引物設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)主要內(nèi)容分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫：掌握數(shù)據(jù)庫的種類、功能，文獻(xiàn)查找方法相似序列的數(shù)據(jù)庫搜索：掌握NCBI中幾種基本局部序列比對方法及幾種單機(jī)軟件的使用方法（Blastn；Blastp；Blastx；tBlastn）。生物信息學(xué)單機(jī)軟件介紹：PrimerPrimier5歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室EMBL(EuropeanMolecularBiologyLabo
2、ratory)美國生物技術(shù)信息中心NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation)日本遺傳研究所DDBJ(DNADataBankofJapan)國際權(quán)威數(shù)據(jù)庫國際權(quán)威數(shù)據(jù)庫蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫SWISS-PROTTrEMBL(translationofEMBL)PIR(Promoterinformationresource)PRF（Promoterresearchfoundation）PDBSTR（Re-organizedProteindataBank）Prosite結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫PDB(ProteinDa
3、taBank)NDB(NucleicAcidDatabase)DNA-bindProteindatabase swiss-3DIMAGE酶和代謝數(shù)據(jù)庫KEGG（KyotoEneyclopedinofgenes&genemes）PKR(ProteinKinaseResource)文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫PubMedOMIMAgricola常用數(shù)據(jù)庫孟德爾人類遺傳（OMIM），三維蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的分子模型數(shù)據(jù)庫（MMDB），唯一人類基因序列集合（UniGene），人類基因組基因圖譜，分類學(xué)瀏覽器，同國立癌癥研究所合作的癌癥基因組剖析計(jì)劃（CGAP）。Entrez
4、是NCBI的為用戶提供整合的訪問序列，定位，分類和結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的搜索和檢索系統(tǒng)。Entrez同時(shí)也提供序列和染色體圖譜的圖形視圖。Entrez是一個(gè)用以整合NCBI數(shù)據(jù)庫中信息的搜尋和檢索工具。這些數(shù)據(jù)庫包括核酸序列，蛋白序列，大分子結(jié)構(gòu)，全基因組，和通過PubMed檢索的MEDLINE。Entrez的一個(gè)強(qiáng)大和獨(dú)特的特點(diǎn)是檢索相關(guān)的序列，結(jié)構(gòu)和參考文獻(xiàn)的能力。雜志文獻(xiàn)通過PubMed獲得，PubMed是一個(gè)網(wǎng)絡(luò)搜索界面，可以提供對在MEDLINE上的九百萬雜志引用的訪問，包含了鏈接到參與的出版商網(wǎng)絡(luò)站點(diǎn)的全文文章。BLAST是一個(gè)NCBI開發(fā)
5、的序列相似搜索程序，還可作為鑒別基因和遺傳特點(diǎn)的手段。BLAST能夠在小于15秒的時(shí)間內(nèi)對整個(gè)DNA數(shù)據(jù)庫執(zhí)行序列搜索。NCBI提供的附加的軟件工具有：開放閱讀框?qū)ひ捚鳎∣RFFinder），電子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。所有的NCBI數(shù)據(jù)庫和軟件工具可以從WWW或FTP來獲得。NCBI還有E-mail服務(wù)器，提供用文本搜索或序列相似搜索訪問數(shù)據(jù)庫一種可選方法。NCBI相關(guān)介紹核苷酸數(shù)據(jù)庫dbESTEST來源于mRNA－基因長度（300-400bp，數(shù)據(jù)長度足以分析編碼的產(chǎn)物）或者全基因（已知） －5’端或3’端的
6、cDNA序列（EST） －300-400bpsingle-passsequence（可能有誤，如果要求<0.1%的錯誤率，需要測序8-10次） －GenBank中71%以上的是EST序列。UniGene來源于同一基因的非重復(fù)EST，組成基因序列群（contig）dbSTS（sequencetaggedsites）a.短序列（200-500bp）b.已完成染色體上的定位c.可以與電子PCR相連用dbGSS（genomesurveysequence）a.基因組短序列b.cosmid、BAC、YAC外源插入片斷末端序列c.AluPCR序列HTG（
7、high-throughputgenomesequence）尚未完成測序的重疊群（>2kb）dbSNP每100-300bp有一個(gè)SNPEPD（EukaryoticPromoterDatabase）啟動子數(shù)據(jù)庫文獻(xiàn)數(shù)據(jù)庫序列相關(guān)檢索操作序列查詢登錄號（如X58929）序列名稱（如SCARGC）核酸同源性搜索BLAST分析瀏覽整個(gè)基因組直觀顯示各染色體，可以在染色體水平上選擇感興趣的位點(diǎn)，逐層放大瀏覽染色體瀏覽染色體瀏覽染色體Blastp：氨基酸序列檢索蛋白質(zhì)庫將待查詢的蛋白質(zhì)序列及其互補(bǔ)序列一起對蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫進(jìn)行查詢；(Searchanu
8、cleotidedatabaseusinganucleotidequery)Blastn：核苷酸序列檢索核苷酸庫將待查詢的核酸序列及其互補(bǔ)序列一起對核酸序列數(shù)據(jù)庫進(jìn)行查詢；(Se
