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《生物信息數(shù)據(jù)庫及生物信息分析軟件應用》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在教育資源-天天文庫。
1、實驗一生物信息數(shù)據(jù)庫及 生物信息分析軟件應用現(xiàn)代分子生物學大實驗實驗目的掌握生物信息學基本概念、原理及方法應用生物信息學的一些工具進行初步的生物信息分析運用PrimerPrimier5進行引物設(shè)計實驗主要內(nèi)容分子生物學數(shù)據(jù)庫：掌握數(shù)據(jù)庫的種類、功能，文獻查找方法相似序列的數(shù)據(jù)庫搜索：掌握NCBI中幾種基本局部序列比對方法及幾種單機軟件的使用方法（Blastn；Blastp；Blastx；tBlastn）。生物信息學單機軟件介紹：PrimerPrimier5歐洲分子生物學實驗室EMBL(EuropeanMolecularBiologyLabo
2、ratory)美國生物技術(shù)信息中心NCBI(NationalCenterforBiotechnologyInformation)日本遺傳研究所DDBJ(DNADataBankofJapan)國際權(quán)威數(shù)據(jù)庫國際權(quán)威數(shù)據(jù)庫蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫SWISS-PROTTrEMBL(translationofEMBL)PIR(Promoterinformationresource)PRF（Promoterresearchfoundation）PDBSTR（Re-organizedProteindataBank）Prosite結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫PDB(ProteinDa
3、taBank)NDB(NucleicAcidDatabase)DNA-bindProteindatabase swiss-3DIMAGE酶和代謝數(shù)據(jù)庫KEGG（KyotoEneyclopedinofgenes&genemes）PKR(ProteinKinaseResource)文獻數(shù)據(jù)庫PubMedOMIMAgricola常用數(shù)據(jù)庫孟德爾人類遺傳（OMIM），三維蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的分子模型數(shù)據(jù)庫（MMDB），唯一人類基因序列集合（UniGene），人類基因組基因圖譜，分類學瀏覽器，同國立癌癥研究所合作的癌癥基因組剖析計劃（CGAP）。Entrez
4、是NCBI的為用戶提供整合的訪問序列，定位，分類和結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的搜索和檢索系統(tǒng)。Entrez同時也提供序列和染色體圖譜的圖形視圖。Entrez是一個用以整合NCBI數(shù)據(jù)庫中信息的搜尋和檢索工具。這些數(shù)據(jù)庫包括核酸序列，蛋白序列，大分子結(jié)構(gòu)，全基因組，和通過PubMed檢索的MEDLINE。Entrez的一個強大和獨特的特點是檢索相關(guān)的序列，結(jié)構(gòu)和參考文獻的能力。雜志文獻通過PubMed獲得，PubMed是一個網(wǎng)絡(luò)搜索界面，可以提供對在MEDLINE上的九百萬雜志引用的訪問，包含了鏈接到參與的出版商網(wǎng)絡(luò)站點的全文文章。BLAST是一個NCBI開發(fā)
5、的序列相似搜索程序，還可作為鑒別基因和遺傳特點的手段。BLAST能夠在小于15秒的時間內(nèi)對整個DNA數(shù)據(jù)庫執(zhí)行序列搜索。NCBI提供的附加的軟件工具有：開放閱讀框?qū)ひ捚鳎∣RFFinder），電子PCR，和序列提交工具，Sequin和BankIt。所有的NCBI數(shù)據(jù)庫和軟件工具可以從WWW或FTP來獲得。NCBI還有E-mail服務器，提供用文本搜索或序列相似搜索訪問數(shù)據(jù)庫一種可選方法。NCBI相關(guān)介紹核苷酸數(shù)據(jù)庫dbESTEST來源于mRNA－基因長度（300-400bp，數(shù)據(jù)長度足以分析編碼的產(chǎn)物）或者全基因（已知） －5’端或3’端的
6、cDNA序列（EST） －300-400bpsingle-passsequence（可能有誤，如果要求<0.1%的錯誤率，需要測序8-10次） －GenBank中71%以上的是EST序列。UniGene來源于同一基因的非重復EST，組成基因序列群（contig）dbSTS（sequencetaggedsites）a.短序列（200-500bp）b.已完成染色體上的定位c.可以與電子PCR相連用dbGSS（genomesurveysequence）a.基因組短序列b.cosmid、BAC、YAC外源插入片斷末端序列c.AluPCR序列HTG（
7、high-throughputgenomesequence）尚未完成測序的重疊群（>2kb）dbSNP每100-300bp有一個SNPEPD（EukaryoticPromoterDatabase）啟動子數(shù)據(jù)庫文獻數(shù)據(jù)庫序列相關(guān)檢索操作序列查詢登錄號（如X58929）序列名稱（如SCARGC）核酸同源性搜索BLAST分析瀏覽整個基因組直觀顯示各染色體，可以在染色體水平上選擇感興趣的位點，逐層放大瀏覽染色體瀏覽染色體瀏覽染色體Blastp：氨基酸序列檢索蛋白質(zhì)庫將待查詢的蛋白質(zhì)序列及其互補序列一起對蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫進行查詢；(Searchanu
8、cleotidedatabaseusinganucleotidequery)Blastn：核苷酸序列檢索核苷酸庫將待查詢的核酸序列及其互補序列一起對核酸序列數(shù)據(jù)庫進行查詢；(Se
