多序列比對的可視化顯示.doc

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1、【一】多序列比對的可視化顯示可能因為畢業(yè)論文內(nèi)容論文需要，最近很多人都找我?guī)兔lustal的序列比對文件結(jié)果可視化，現(xiàn)將TEXshade軟件包能做出來的可視化效果分享給各位同學(xué)，因為使用TEXshade涉及到了一些LATEX知識，所以需要更深入的了解如何運(yùn)作請給我留言或者私聊，此文僅將軟件能做出的效果展示，雖然其實軟件很簡單，但不做具體使用說明，我的風(fēng)格通常是授人以魚，不授人以漁，嘻嘻。最簡單的莫過于純粹的多序列比對排版，跟某些同學(xué)論文里面用Word排版的效果類似（word里面需要用等寬字體），效果類似如下：如果稍微加點(diǎn)效果可能就變成了如下的樣子，我們將相同的氨

2、基酸標(biāo)記出來：當(dāng)然，TEXshade能做的不僅僅是這些，下面這張圖我們標(biāo)記了其中的幾個關(guān)鍵位置，去掉了右側(cè)的“ruler”好像這個樣子就有點(diǎn)亂了下面這幅就更詳細(xì)一點(diǎn)了，我用不同的顏色代表了不同的conservation很多情況下，我們只想呈現(xiàn)多序列中的某些突變位點(diǎn)，其實也可以很好的表達(dá)如果將T-Coffee的?score_ascii文件一并輸入TEXshade，效果我覺得很帥氣?我遇到過很多可視化表達(dá)各種結(jié)構(gòu)域的例子，下面的表示是不是很帥呢？下面是另外的一些功能實例下面的被稱為Sequencefingerprints，其實加上fingerprint命令就可以直接出圖

3、了。很早的時候，看到序列的LOGO圖覺得很帥氣，下面的Logo圖你見過么？下面再給大家分享幾個例子，其實TEXshade能做的很多，要靠大家的想象，我一向認(rèn)為，只要人能想得出，數(shù)據(jù)可視化就能做得到。所屬相冊：數(shù)據(jù)可視化其實很多人都會覺得這么漂亮的圖肯定做出來很復(fù)雜，其實TEXShade需要的很簡單，輸出上面的結(jié)果其實也就是幾分鐘的事情，前提是需要你準(zhǔn)備好需要展示的序列，記錄好要標(biāo)注的位置就OK！例如：對于下面這個看似復(fù)雜的可視化結(jié)果，其實我們需要的代碼很少，只需要5行代碼就足夠了！上圖對應(yīng)的TEX代碼：第一行指定了我們的輸入文件，通常是比對的結(jié)果文件第二行是指定了T

4、EXshade的顯示模式，這里用根據(jù)?不同functional?groups的chemicalproperties標(biāo)注顏色第三行是表示只顯示第一條序列（AQP1.PRO）138-170個堿基范圍第四號表示顯示?legend第五行表示代碼結(jié)束