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《實(shí)習(xí)四：多序列比對(duì)(multiple alignment)》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫。
1、實(shí)習(xí)四：多序列比對(duì)（Multiplealignment）學(xué)號(hào)姓名專業(yè)年級(jí)實(shí)驗(yàn)時(shí)間提交報(bào)告時(shí)間實(shí)驗(yàn)?zāi)康模?.學(xué)會(huì)利用MegAlign進(jìn)行多條序列比對(duì)2.學(xué)會(huì)使用ClustalX、MUSCLE和T-COFFEE進(jìn)行多條序列比對(duì)分析3.學(xué)會(huì)使用HMMER進(jìn)行HMM模型構(gòu)建，數(shù)據(jù)庫搜索和序列比對(duì)實(shí)驗(yàn)內(nèi)容：多序列比對(duì)是將多條序列同時(shí)比對(duì)，使盡可能多的相同（或相似）字符出現(xiàn)在同一列中。多序列比對(duì)的目標(biāo)是發(fā)現(xiàn)多條序列的共性。如果說序列兩兩比對(duì)主要用于建立兩條序列的同源關(guān)系，從而推測(cè)它們的結(jié)構(gòu)和功能，那么，同時(shí)比對(duì)多條序列
2、對(duì)于研究分子結(jié)構(gòu)、功能及進(jìn)化關(guān)系更為有用。例如，某些在生物學(xué)上有重要意義的相似區(qū)域只能通過將多個(gè)序列同時(shí)比對(duì)才能識(shí)別。只有在多序列比之后，才能發(fā)現(xiàn)與結(jié)構(gòu)域或功能相關(guān)的保守序列片段，而兩兩序列比對(duì)是無法滿足這樣的要求的。多序列比對(duì)對(duì)于系統(tǒng)發(fā)育分析、蛋白質(zhì)家族成員鑒定、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、保守模塊的搜尋以及PCR引物設(shè)計(jì)等具有非常重要的作用。作業(yè)：1.Aligntheorthologousnucleotideandproteinsequencesfrom5organismsyoufoundfromfirstprac
3、ticewithMegAlign.Describethesequencesyouused(thetitleofeachsequence),explainwhetherthephylogenetictreeisconsistentwiththespeciestreefromNCBItaxonomydatabase.Setthealignmentreporttoshowconsensusstrengthanddecoratetheresiduesdifferentfromconsensuswithgreensh
4、ade.(Hint:usethetaxonomycommontreefromNCBItogettheevolutionaryrelationshipamongtheorganisms.Saveyourorganismnameinatextfilewitheachorganismnameinaline,anduploadthefile,chooseAddfromfile,andyouwillseetherelationshipamongthespecifiedorganisms)http://www.ncbi
5、.nlm.nih.gov/Taxonomy/CommonTree/wwwcmt.cgiHint2：ChangetheaccessionnumberinyourfastaorgenPeptformatsequencefiletoorganismname,sothatthephylogenetictreecanbeeasilyunderstood.方法與結(jié)果：打開Megalign，選擇FILE下的Entersequence，打開之前保存的來自于五個(gè)物種的蛋白(或核酸)序列；首先選擇打分矩陣，點(diǎn)擊“Align”，
6、選擇SetresidueWeightTable選擇矩陣：PAM100(核酸則設(shè)為weighted)，通過“methodparameters”查看參數(shù)，使用ClustalV的默認(rèn)值；其次進(jìn)行序列的比對(duì)，選擇Align下的“byClustalVMethod”開始比對(duì)，再次待其結(jié)束后，進(jìn)行比對(duì)結(jié)果的顯示，選擇view下的“PhylogeneticTree”，顯示出樹形圖；（圖）與NCBI上找到的樹形圖進(jìn)行對(duì)比（圖）；接下來點(diǎn)擊View下的“Alignmentreports”，選擇OPTIONS下的“Alignme
7、ntreportcontents”勾中“showconsensusstrength”,即在序列中顯示出相似性條塊；在OPTIONS下選擇“Newdecorations”對(duì)decorationparameters下選“shade—residuesdifferingfrom—theconsensus”把字符選擇現(xiàn)實(shí)的顏色為綠色，結(jié)果顯示如下：（圖）同法可以得到核酸的樹形圖：（圖）分析：系統(tǒng)發(fā)育樹與NCBI上的物種樹有很大的差異，因?yàn)榭赡苓@些物種間含有很多同源序列，我們不能單憑幾條相似序列的同源關(guān)系來判斷物種的親
8、緣關(guān)系，而應(yīng)該考慮到物種更多相似序列的同源關(guān)系。2.SearchthePfamdatabaseforGP120family,downloadthealignmentoftheseedsequencesinMSFformatasareference.Extractthe24seedsequencesfromthefilecontainingallsequencesofthisfamilyinfastaformat(
