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《系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建及分析》由會員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫。
1、實(shí)習(xí)報(bào)告3：系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建與分析——Phylip方法，MEGA方法，MrBayes方法學(xué)號20090****姓名******專業(yè)年級生命生技******實(shí)驗(yàn)時(shí)間2012.6.15時(shí)間2012.6.17實(shí)驗(yàn)?zāi)康模?.學(xué)會使用Phylip，MEGA和MrBayes構(gòu)建進(jìn)化樹；2.學(xué)會分析建樹結(jié)果，體會各種方法差異實(shí)驗(yàn)內(nèi)容：1.利用系統(tǒng)發(fā)育分析軟件PHYLIP、MEGA、MrBayes分別對同源核酸序列和同源蛋白質(zhì)序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，分析比較建樹結(jié)果。2.完成作業(yè)。作業(yè)：1.利用實(shí)習(xí)1搜索到的五個以上物種的直系同源核酸和蛋白質(zhì)序列（給出fasta格式第一行信息）,用Phylip軟件
2、，分別選擇最大簡約法，最大似然法和距離法（NJ,UPGMA,FM）構(gòu)建進(jìn)化樹，要求bootstrap產(chǎn)生500個偽樣本，分析核酸和蛋白質(zhì)序列采用不同建樹方法得到的進(jìn)化樹是否存在差異，試分析原因。答：直系同源核酸序列（calciumbindingprotein）：>Homo_sapiensgi
3、315221156
4、ref
5、NM_002964.4
6、HomosapiensS100calciumbindingproteinA8(S100A8),mRNA>Pan_troglodytesgi
7、114559691
8、ref
9、XM_001137986.1
10、PREDICTED:Pantroglo
11、dytesS100calciumbindingproteinA8,transcriptvariant3(S100A8),mRNA>Macaca_mulattagi
12、388453998
13、ref
14、NM_001266907.1
15、MacacamulattaS100calciumbindingproteinA8(S100A8),mRNA>Canis_lupus_familiarisgi
16、225784824
17、ref
18、NM_001146144.1
19、CanislupusfamiliarisS100calciumbindingproteinA8(S100A8),mRNA>Mus_musculu
20、sgi
21、113930764
22、ref
23、NM_013650.2
24、MusmusculusS100calciumbindingproteinA8(calgranulinA)(S100a8),mRNA>attus_norvegicusgi
25、281485599
26、ref
27、NM_053822.2
28、RattusnorvegicusS100calciumbindingproteinA8(S100a8),mRNA直系同源蛋白質(zhì)序列（calciumbindingprotein）：>Homo_sapiensgi
29、21614544
30、ref
31、NP_002955.2
32、proteinS100-A8[Homos
33、apiens]>Pan_troglodytesgi
34、114559692
35、ref
36、XP_001137986.1
37、PREDICTED:proteinS100-A8isoform3[Pantroglodytes]>Macaca_mulattagi
38、109016347
39、ref
40、XP_001110530.1
41、PREDICTED:proteinS100-A8isoform3[Macacamulatta]>Canis_lupus_familiarisgi
42、225784825
43、ref
44、NP_001139616.1
45、proteinS100-A8[Canislupusfamiliaris]>Bo
46、s_taurusgi
47、165973998
48、ref
49、NP_001107197.1
50、proteinS100-A8[Bostaurus]>Mus_musculusgi
51、7305453
52、ref
53、NP_038678.1
54、proteinS100-A8[Musmusculus]>Rattus_norvegicusgi
55、16758672
56、ref
57、NP_446274.1
58、S100calciumbindingproteinA8[Rattusnorvegicus]（1）最大簡約法同源核酸序列建樹結(jié)果如圖所示：由系統(tǒng)發(fā)育樹可以看出，Homosapiens，Pan?troglodytes的具有較近的親
59、緣關(guān)系，Pan?troglodytes與Macaca?mulatta的親緣關(guān)系較遠(yuǎn)，Canis?lupus?familiaris和Bos?taurus親緣關(guān)系較近，Mus?musculus和Rattus?norvegicus的親緣關(guān)系較近。且其中，Rattus?norvegicus和Pan?troglodytes的親緣關(guān)系最遠(yuǎn)。（2）最大似然法同源核酸建序列建樹結(jié)果如圖所示：由系統(tǒng)發(fā)育樹可以看出，最大似然法同源核酸建序列建樹與最大簡約法同源核酸序列建樹的結(jié)果相似，Rattus?norvegicus和Pa
