生物信息學(xué)-序列比對(duì)-實(shí)驗(yàn)報(bào)告

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1、南方醫(yī)科大學(xué)實(shí)驗(yàn)報(bào)告姓名學(xué)號(hào)專業(yè)年級(jí)基礎(chǔ)學(xué)院生物信息學(xué)教研室題目序列比對(duì)日期實(shí)驗(yàn)者一、實(shí)驗(yàn)?zāi)康恼莆誃LAST2的使用和功能了解點(diǎn)陣法進(jìn)行雙序列比對(duì)的優(yōu)點(diǎn)二、實(shí)驗(yàn)器材電腦三、方法與步驟見下文四、結(jié)果與討論1，例題中其它的最佳比對(duì)結(jié)果2，用動(dòng)態(tài)規(guī)劃法找出兩序列的所有最佳比對(duì)，要求寫出詳細(xì)過程。打分矩陣采用{（4，－3，－4}，即匹配得4分，不匹配得－3分，空位得－4分。序列1：AAAG，序列2：ACG。（1）給動(dòng)態(tài)規(guī)劃矩陣賦初值0AAAG00-4-8-12-16A-4C-8G-12（2）按照最優(yōu)分的遞歸算法填充動(dòng)態(tài)規(guī)劃矩陣0AAAG00-4-8-12-16A-440-

2、4-8C-801-3-7G-12-4-321（3）從最后一個(gè)單元格開始，回溯最優(yōu)化比對(duì)路徑?1，利用BLAST2進(jìn)行雙序列比對(duì)。–RBP4在人體的旁系同源蛋白：RBP4（NP_006735），載脂蛋白D（NP_001638），前列腺素D2合成酶（NP_000945）進(jìn)行兩兩比對(duì)，并得到各自的核酸序列進(jìn)行兩兩比對(duì)。–比對(duì)全部采用默認(rèn)參數(shù)。–結(jié)果用截圖。–沒有顯著相似的注明“Nosignificantsimilarityfound”即可。?2，雙序列比對(duì)RBP4的直系同源蛋白：人（NP_006735），小鼠（NP_035385.1），大鼠（NP_037294.1），并

3、對(duì)各自核酸進(jìn)行兩兩比對(duì)。1RBP4（NP_006735），載脂蛋白D（NP_001638）RBP4（NP_006735），前列腺素D2合成酶（NP_000945）載脂蛋白D（NP_001638），前列腺素D2合成酶（NP_000945）?雙序列比對(duì)RBP4的直系同源蛋白：人（NP_006735），小鼠（NP_035385.1），大鼠（NP_037294.1）。3，點(diǎn)陣法序列1自身比對(duì)1AAGGTCAGGAACAAAGAAACAGCTGAATACCAAACAGGATATCTGTGGTAAGCGGTTCCT61GCCCCGGCTCAGGGCCAAGAACAGATGAG

4、ACAGCTGAGTGATGGGCCAAACAGGATATCT121GTGGTAAGCAGTTCCTGCCCCGGCTCGGGGCCAAGAACAGATGGTCCCCAGATGCGGTCC序列2與序列3比對(duì)：兩者為反向互補(bǔ)序列，可以發(fā)現(xiàn)可能的發(fā)夾狀結(jié)構(gòu)。序列2：GGGATCACGTATGCATTAGCATACATCACGCGG序列3：CCGCGTGATGTATGCTAATGCATACGTGATCCC