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《楊樹全基因組wrky基因鑒定及表達(dá)分析》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫(kù)。
1、摘要嗽Y蛋白是近年來(lái)研究較廣泛的誘導(dǎo)型植物轉(zhuǎn)錄因子，其序列的氨基州)末端含有高度保守的七肽帆KYGQK，能夠與順式作用元件w盒【(T)(T)TGAC(C廠r)】發(fā)生特異性結(jié)合，從而調(diào)控下游靶基因的表達(dá)，參與植物的多種防衛(wèi)反應(yīng)、生長(zhǎng)發(fā)育和代謝途徑。目前，對(duì)明Ⅸy基因家族的系統(tǒng)性研究主要集中在模式植物擬南芥和水稻中，而對(duì)其他物種特別是木本植物形豚y基因的研究較少。對(duì)木本植物基因組中凇槲基因進(jìn)行鑒定和分析，將有助于完善該家族的功能及進(jìn)化信息。本文利用生物信息學(xué)方法，以楊樹最新基因及蛋白序列為材料，通過(guò)
2、對(duì)楊樹全基因組中溯隧y轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行鑒定，以期獲得較為完整的楊樹翮隧】，家族信息。同時(shí)，對(duì)該家族成員的分類、定位、結(jié)構(gòu)、進(jìn)化、基因復(fù)制、表達(dá)等情況進(jìn)行全面分析，為下一步膿KJ，基因的功能研究奠定信息學(xué)基礎(chǔ)。本文主要研究結(jié)果如下：1．以毛果楊最新基因及蛋白序列為研究材料，運(yùn)用多種生物信息學(xué)軟件對(duì)其全基因組進(jìn)行搜索、比對(duì)和篩選，同時(shí)結(jié)合P蠡珊在線工具驗(yàn)證，共獲得104個(gè)翮Ⅸl，類型基因。根據(jù)基因在染色體上的定位結(jié)果并結(jié)合已公布的三倍體楊耽隧】，基因命名特性，將預(yù)測(cè)得到的形脒J，基因命名為R礬隧陽(yáng)．J甜
3、，獲得較為完整的楊樹袱K】，基因家族信息。2．對(duì)獲得的楊樹礬R足y基因及保守結(jié)構(gòu)域進(jìn)行多重序列比對(duì)，并構(gòu)建n刪Ⅸ】，基因及結(jié)構(gòu)域的系統(tǒng)進(jìn)化樹，兩者得到了類似的進(jìn)化關(guān)系。參照Somssich的分組原則并結(jié)合楊樹WRKY域多重比對(duì)結(jié)果對(duì)其進(jìn)一步分組。這樣楊樹形豚】，基因可分為三大類(I、II、III)及7個(gè)小亞類，其中I組包括Ia和Ib亞組，II組包括IIa、IIb、IIc、IId和IIe亞組。3．對(duì)獲得的126個(gè)WRKY域進(jìn)行蛋白序列分析，發(fā)現(xiàn)楊樹形豚】，基因家族中一些成員存在核心序列變異。序列W
4、RKYGQK存在以下四種變異：WRKYGKK、WKKYGQK、WRKYGRK和FWRKYGQK。其中FWRKYGQK變異類型未見(jiàn)報(bào)道。WRKY結(jié)構(gòu)域氨基酸序列的結(jié)構(gòu)有以下五種模式，即C．X4一C·X2l—m(H、C一)(4一C—X22-mm、C-X4一C—X23．m(H、C．X5．C．X19．mm和C—X5-C-X23-}ⅨH。4．利用MEⅧ在線網(wǎng)站，對(duì)獲得的WRKY蛋白進(jìn)行保守基序分析。預(yù)測(cè)結(jié)果顯示在廳耽隧】，基因中可以找到多個(gè)保守基序，同一類型的凇K】，基因含有的基序類型和數(shù)目具有一定的相似
5、性。同時(shí)，l、2、3、5和11號(hào)保守基序被鑒定為PtWRKY蛋白核心序列，這些序列廣泛的分布于楊樹凇Ky基因家族中。5．86條眥K】，基因在進(jìn)化過(guò)程中存在明顯的基因復(fù)制現(xiàn)象，大約占整個(gè)楊樹眥K】，基因的83％。其中近似有69％的基因參與了片段復(fù)制事件。對(duì)基因的內(nèi)含子剪接位點(diǎn)進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)幾乎所有的基因在其WRKY域中都存在一個(gè)保守的內(nèi)含子剪接位點(diǎn)。6．利用PopGeneIE網(wǎng)站，獲得81個(gè)Pf刪Ⅸl，基因電子表達(dá)譜。分析表明礬RK】，基因在楊樹不同組織中轉(zhuǎn)錄水平存在較大差異。利用半定量ImPCR
6、技術(shù)，對(duì)楊樹眥K】，第1II組基因進(jìn)行了逆境脅迫(低溫、干旱、高鹽)和水楊酸(SA)處理下的表達(dá)譜分析。結(jié)果表明n形豚l(xiāng)，基因在不同脅迫處理下表達(dá)水平存在明顯差異。n朋隧】，76基因在0．1mMSA或25％PEG一6000脅迫后，表達(dá)量顯著升高。關(guān)鍵詞：楊樹，WRKY，基因復(fù)制，系統(tǒng)進(jìn)化，表達(dá)譜分析IIAbstractWRKYproteillsarea夠peofinducible仃anscriptionf-actorSinplants．Theyhavehi曲時(shí)conservedWRKYGQK瓤l
7、inoacidSequencesi11meirN-te珊瑚．Itiscon瓶。吣accepted缸斌WRKYprote缸specifically妣ra．ct、Ⅳitll也eW—box【(C／T)TGAC(T／C)】，whichisfoundinmepromoterregionofnumerousplanttaI．getgerles，t0accomInodate也eexpressionsofdownS仃e眥targetgenes．Tbdate，∥l足氏。】，geneshavebeenidentin
8、edaIldcharacterizedinmodelpl趴tssuChasmabidopsisauldrice，buttheresearchof形隧l，genefa血lyinli舯eousspeciesisstillinitSin矗mcy．S1刪ey鋤dch舭terizationof腳genesi11aligneousspecieswouldfacilitateabetterunderstandillgoftheeVolmionaryprocessesand如nctionsoftKsgenef砌
