加工番茄核心種質(zhì)構(gòu)建與重要農(nóng)藝性狀關(guān)聯(lián)分析

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1、萬(wàn)方數(shù)據(jù)目錄第一章前言?????????????????????????????11．1作物種質(zhì)資源研究現(xiàn)狀???????????????????????l1．1．1作物種質(zhì)資源的收集與保存???????????????????11．1．2核心種質(zhì)概述及意義??????????????????????l1．1．3核心種質(zhì)的構(gòu)建????????????????????????21．1．4核心種質(zhì)的評(píng)價(jià)與利用?????????????????????21．2番茄種質(zhì)資源研究進(jìn)展???????????????????????31．2．1番茄的起源與進(jìn)化????????

2、???????????????31．2．2番茄種質(zhì)資源的收集與保存???????????????????41．2．3番茄種質(zhì)研究及利用現(xiàn)狀????????????????????41．3SNP分子標(biāo)記技術(shù)?????????????????????????51．3．1SNP標(biāo)記概述?????????????????????????51．3．2SNP標(biāo)記的開(kāi)發(fā)????????????????????????51．3．3SNP分型檢測(cè)方法???????????????????????61．4全基因組關(guān)聯(lián)分析?????????????????????????71．4。l

3、GWAS的概念與優(yōu)勢(shì)??????????????????????71．4．2GWAS一般分析流程??????????????????????81．4．3連鎖不平衡(LD)分析?????????????????????81．4．4全基因組關(guān)聯(lián)分析方法?????????????????????81．4．5番茄全基因組關(guān)聯(lián)分析現(xiàn)狀???????????????????91．5本研究的目的和技術(shù)路線??????????????????????91．5．1研究目的???????????????????????????91。5。2技術(shù)路線??????????????????

4、????????．．10第二章SNP標(biāo)記的挖掘與遺傳背景分析?????????????????。112．1材料與方法???????????????????????????．．112．1．1試驗(yàn)材料???????????????????????????11VI萬(wàn)方數(shù)據(jù)2，l。2SNP位點(diǎn)挖掘標(biāo)準(zhǔn)??????????????????????．．112．1．3MassARRAY基因分型?????????????????????n2．1．4SNP分型結(jié)果分析??????????????????????．．122．1．5基于SNP基因分型的遺傳結(jié)構(gòu)分析??????????

5、?????．122．2結(jié)果與分析???????????????????????????．122．2．1基因分型位點(diǎn)????????????????????????．．122．2．2SNP基因分型及多樣性分析??????????????????．．172．2．3基于SNP基因分型的遺傳背景分析???????????????．202．3結(jié)論與討論????????????????????????????2l2．3．1SNP標(biāo)記具有較高多態(tài)性???????????????????．．212．3．2加工番茄遺傳背景初步分析??????????????????一21第三章加

6、工番茄核心種質(zhì)的構(gòu)建????????????????????．223．1材料與方法???????????????????????????．223．1．1試驗(yàn)材料??????????????????????????．．223．1．2表型數(shù)據(jù)調(diào)查????????????????????????．．223．1．3基因組DNA提取???????????????????????233．1．4SNP基因分型????????????????????????．．233．1．5核心種質(zhì)最佳樣本量預(yù)測(cè)???????????????????．．233．1．6基于不同方法核心種質(zhì)的構(gòu)建

7、?????????????????．．243．1．7核心種質(zhì)的評(píng)價(jià)與最優(yōu)方案確定????????????????．．243．2結(jié)果與分析???????????????????????????．243．2．1核心種質(zhì)最佳樣本量?????????????????????．．243．2．2初始核心種質(zhì)的構(gòu)建?????????????????????．．253。2．3初始核心種質(zhì)的評(píng)價(jià)與核心種質(zhì)確定??????????????一253．2．4不同方法的比較分析?????????????????????一273．3結(jié)論與討論????????????????????????

8、???．273．3．1核