[理學(xué)]序列分析工具使用簡介

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1、序列分析工具使用簡介黃遠森中山大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院10/5/202111.數(shù)據(jù)庫搜索工具---Blast(basiclocalalignmentsearchtools)2.多序列比對工具---Clustal3.進化樹重建與分析工具---Phylip10/5/20212數(shù)據(jù)庫搜索工具---Blast1.Blast與NCBI2.如何獲得blast服務(wù)3.Blast的各個程序介紹4.一個簡單的實例10/5/20213Blast與NCBI返回BLAST是由美國國立生物技術(shù)信息中心（NCBI）開發(fā)的一個基于序列相似的數(shù)據(jù)庫搜索程序。NCBI提

2、供了在線的blast服務(wù)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/10/5/20214獲得blast服務(wù)返回1.使用NCBI提供的在線服務(wù)。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/優(yōu)點：數(shù)據(jù)庫更新快，使用方便，可隨時查看搜索結(jié)果。缺點：受限與網(wǎng)絡(luò)和程序運行速度，只能搜索固定的數(shù)據(jù)庫。2,本地化的blast。a.服務(wù)器版http://sls.zsu.edu.cn/blast/http://life.zsu.edu.cn/blast/b.單機版(NCBI提供多種版本，包括DOS版

3、本)優(yōu)點：即時返回結(jié)果，可以搜索特殊數(shù)據(jù)庫。缺點：數(shù)據(jù)庫的更新問題，操作性問題。10/5/20215Blast的各個程序介紹返回10/5/20216實例假設(shè)我們獲得一個人類的蛋白序列，但我們不知道它具體是哪一種東西，我們可以通過blast搜索，看看它可能是什么東西。>phenylalaninehydroxylaseMSTAVLENPGLGRKLSDFGQETSYIEDNCNQNGAISLIFSLKEEVGALAKVLRLFEENDVNLTHIESRPSRLKKDEYEFFTHLDKRSLPALTNIIKILRHDIGATVHEL

4、SRDKKKDTVPWFPRTIQELDRFANQILSYGAELDADHPGFKDPVYRARRKQFADIAYNYRHGQPIPRVEYMEEEKKTWGTVFKTLKSLYKTHACYEYNHIFPLLEKYCGFHEDNIPQLEDVSQFLQTCTGFRLRPVAGLLSSRDFLGGLAFRVFHCTQYIRHGSKPMYTPEPDICHELLGHVPLFSDRSFAQFSQEIGLASLGAPDEYIEKLATIYWFTVEFGLCKQGDSIKAYGAGLLSSFGELQYCLSEKPKLLPLELEKTAIQN

5、YTVTEFQPLYYVAESFNDAKEKVRNFAATIPRPFSVRYDPYTQRIEVLDNTQQLKILADSINSEIGILCSALQKIK返回10/5/20217實例返回第一步：登陸NCBI的Blast頁面，選擇blastp程序，將所要搜索的序列粘貼到查詢窗口。10/5/20218實例第二步：設(shè)定好參數(shù)后點擊blast，開始搜索。任務(wù)提交后，返回一個查詢id。根據(jù)該id可以在任意時候查看查詢結(jié)果。返回10/5/20219實例第三步：返回查詢結(jié)果。返回10/5/202110實例返回10/5/202111實例返回10/

6、5/202112多序列比對工具－clustalClustal是一個單機版的基于漸進比對的多序列比對工具，由HigginsD.G.等開發(fā)。有應(yīng)用于多種操作系統(tǒng)平臺的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，windows版本的clustalx等。10/5/202113Clustalx的工作界面（多序列比對模式）10/5/202114Clustalx的工作界面（剖面(profile)比對模式）10/5/202115Clustal的工作原理Clustal輸入多個序列快速的序列兩兩比對，計算序列間的距離，獲得一個距離矩陣。鄰接法

7、(NJ)構(gòu)建一個樹（引導(dǎo)樹）根據(jù)引導(dǎo)樹，漸進比對多個序列。10/5/202116Clustal的應(yīng)用1.輸入的文件格式。FASTA，NBRF/PIR,EMBL/SwissProt,GDE,CLUSTAL,GCG/MSF.2.兩種工作模式。a.多序列比對模式。b.剖面(profile)比對模式。3.一個實際的例子。10/5/202117多序列比對實例輸入文件的格式(fasta)：>KCC2_YEASTNYIFGRTLGAGSFGVVRQARKLSTN……>DMK_HUMANDFEILKVIGRGAFSEVAVVKMKQTGQVYA

8、MKIMNK…….>KPRO_MAIZETRKFKVELGRGESGTVYKGVLEDDRHVAVKKLEN……>DAF1_CAEELQIRLTGRVGSGRFGNVSRGDYRGEAVAVKVFNALD……>1CSNHYKVGRRIGEGSFGVIFEGTNL