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《進化樹分析hcv基因分型》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫。
1、如何進行丙肝基因分型HCVRNA提取、逆轉(zhuǎn)錄、特異性片段Core、NS5b、El等的擴增，測序在“HCV測序標(biāo)準(zhǔn)流程中”中已經(jīng)闡述，本文主要從拿到測序結(jié)果到建樹分型成功來闡述。1、所用到的軟件BioEdit_700_070404或者sequencesscanner：分析測序結(jié)果，峰圖的質(zhì)量；DNAman.rar：對特異性片段比對，休整，主要用到他的拼接功能；MEGA4.rar：用于建立比對(alignment),建樹分型。2、用到的參考序列包括：>D90208-1b>M58335-lb>M62321-la>
2、M67463-la>D00944-2a>AB047639-2a>D10988-2b>AB030907-2b>D50409-2c>AB03l663-2k>D17763-3a>D28917-3a>D49374-3b>D63821-3k>Y11604-4a>Y13184-5a>AF064490-5a>Y12083-6a>D84262-6b>D84263-6d>D63822-6g>D84265-6h>D84264-6k3、首選打開測序結(jié)果(本文以核心片段core為例)，分析測序結(jié)果的峰圖質(zhì)量，去掉測序結(jié)果中質(zhì)量不理
3、想的片段，得到要分析的目的片段Al、A24、利用DNAman軟件尋找參考片段：在DNAman軟件中，通過“序列一一序列拼接”打開序列拼接窗口，通過添加文件將目的片段與參考序列添加。按“拼接”，顯示結(jié)果。在顯示出來的窗口屮，尋找與目的“片段Al、A2”對應(yīng)的“參考片段B1、B2”。序列拼接拼接方法Q快速比對拼接?I廠運行時坍小化窗口充許痕跡文件中的堿基確定-完成拼接前不必比較所有序列同i性>=[90盤小重疊［40廠接近序列末端的重亜快速比對K-tuple*4桌面新建文件夾NS添文件@)-八桌重新建文件
4、夾C：DocumentsandSettingsowner桌新逹文件夾M末端比較°。文件夾?)序列機3C:DocumentsandSettings'ownerC:DocumentsandSettings'owne窗口大小
5、4空位罰分［T顯不結(jié)果③)I盤小重疊
6、300r末端比較o啟序列重新排序廠便用較少內(nèi)存取消C)5、將目的片段與參考片段放到txt文件中，每個序列名前加“〉”.如下圖。保存為以“.fas”為后綴的格式。例如core.fas>0085徐景生TTGAGGAGTCAATTTACCAATG
7、TTGTITAGCTGCGGTAATACCCTCACATGTTiACGGAGGCTATGACTAGAATACTCAGi>0087楊昌春GGAGAGGAGATATACCAATGCTGTAAGCTTTGGCAATACAATCACTTGTTACiGGAGGCTATGACTAGAATATTCAGC>D90208-1bACCCGCTGCTTTGACTCAACGGTCACACTGCGGTTATCGCCGGTGCCGCGCAiGAGTGCGGGAACCCAGGAGGATGCGGi>M58335-1b6^在mega上比對在
8、MEGA4.exe中，選擇alignmentalignmenteditor,打開一個窗口，在窗口中選擇createanewalignment點“ok”后，出一對話框，選yet。在彈出的窗口中點"Data-createnew”。在通過“openretrievesequencesfromfile”打開core.faso在彈出的窗口中通過“ediJselectall”選擇全部序列，并點“alignment?alignmentbyclustalw"對選定序列進行比對，按默認(rèn)設(shè)定點“ok”進行比對進行。等待一段時間。
9、"data-savesession”保存，關(guān)閉窗口提示再保存，保存完后彈出窗口要求輸入數(shù)據(jù)名，隨便輸入"a”后再保存。此吋再彈!1!窗口，"proteinnucleotidesequencedata”，點yes。再彈出窗口是“openthedatafileinmega”，點yes。7.打開數(shù)據(jù)后，可把新窗口最小化。在mega4.0的主窗口中點“phylogeny-constructphylogeny-neighborjoining”，在彈出的窗口中，substitutionmodel中選擇“jukescan
10、tor”模式。點擊computeo
