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《基于混合化學反應優(yōu)化算法的序列比對-研究》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關內容在教育資源-天天文庫。
1、基于混合化學反應優(yōu)化算法的序列比對研究HCRO-PASalgorithmdesignsthespecificoperationofCROaccordingthepracticalproblem，andamodelofparallelCROhasbeendesignedtospeedupthealgorithminthispaper．Inordertoverifythefeasibilityoftheabovealgorithms，thispaperapplyhybridCROalgorithmonpairwisesequencea
2、lignment，andcomparetheresultswiththeclassicNWalgorithminthefitnessvalue．Itcanbeseenfromtheresultstheproposedmethodiseffectiveness，andinacertainrangeofsequencelength，theproposedalgorithmcanachieveverygoodalignmentprecision．Keywords：ChemicalReactionOptimization；Pairwise
3、SequenceAlignment；HeuristicAlgorithm；Metropolisstandard；ParallelChemicalReactionOptimizationIV碩士學位論文目錄學位論文原創(chuàng)性聲明?????????????????????????????I摘要???????????????????????????????????????．IIAbstract?．?．．．．．．．．．．．．．．．?．．．．．．．．．．．．．．?．．．．．．．?．．．．．．．?．．．．．．．．?．．．．．．．．．．．．．．．．
4、．?．．．．．．．．．．．?．．?．．．．．III插圖索引????????????????????????????VIII附表索引?????????????????????????????IX算法索引?????????????????????????????X第1章緒論???????????????????????????．．11．1課題研究背景和意義?????????????????????11．2課題研究現(xiàn)狀????????????????????????21．2．1序列比對算法的研究現(xiàn)狀????????????????．．2
5、1．2．2化學反應優(yōu)化方法的研究現(xiàn)狀??????????????一51．3本文的主要工作及結構組織??????????????????61．3．1本文的主要工作????????????????????·61．3．2本文結構?????????????????????????一6第2章序列比對問題的概述????????????????????????72．1序列比對的基本知識?????????????????????72．1．1相關定義??????????????????????????·72．1．2相似性得分矩陣??????????
6、??????????·82．1．3空位罰分???????????????????????·92．1．4目標函數(shù)???????????????????????102．2序列比對問題的數(shù)學模型??????????????????一112．3現(xiàn)有的序列比對算法????????????????????··122．3．1基于動態(tài)規(guī)劃的序列比對算法??????????????122．3．2基于啟發(fā)式算法的雙序列比對??????????????142．3．3基于迭代策略的序列比對算法??????????????152．4小結??????????
7、??????????????????????????·16第3章化學反應優(yōu)化???????????????????????．．173．1基本理論??????????????????????????173．1．1勢能表面PES?????????????????????173．1．2操作對象及其屬性???????????????????183．1．3基本思想???????????????????????·19V基于混合化學反應優(yōu)化算法的序列比對研究3．2分子的四種碰撞??????????????????????·193．2．1撞墻無損
8、碰撞?????????????????????203．2．2分解碰撞???????????????????????213．2．3分子間無損碰撞????????????????????213．2．4合成碰撞??????????????????????
