基于高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的序列比對(duì)算法研究

《基于高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的序列比對(duì)算法研究》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫(kù)。

1、木留鐘達(dá)若來大賽ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｏｆＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＴｅｃｈｎｏｌｏｏｆＣｈｉｎａｙｇｙ碩±學(xué)位論文．．．＼＼．戀基于高通量轉(zhuǎn)錄組側(cè)序論文題目的序列比對(duì)算法研堯張勇作者姓名計(jì)鼻柄軟件與理冶學(xué)辛斗專業(yè)徐去敎換導(dǎo)師姓名二－六年十月十王〇ｇ完成時(shí)間中通種《接禾乂嗦碩±學(xué)位論文基于高通量轉(zhuǎn)錄紐測(cè)序的序列比對(duì)算法研究作者姓名：張勇學(xué)科專業(yè)：計(jì)算機(jī)軟件與理論導(dǎo)師姓名：徐云教授二０—完成時(shí)間：六年十月十Ｈ日ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＳｃ

2、ｉｅｎｃｅａｎｄＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙｏｆＣｈｉｎａ’ＡＤｉｓｓｅｉｌａｔｉｏｎｆｏｒＭａｓｔｅｒｓＤｅｒｅｅｇ參ＲｅｓｅａｒｃｈｏｎＳｅｑｕｅｎｃｅＡｌｉｎｍｅｎｔＡｌｇｏｒｉｔｈｍＢａｓｅｄｏｎｇ－ＨｉｇｈｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔＴｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅＳｅｑｕｅｎｃｉｎｇＡ’ｕ化ｏｒｓＮａｍｅ：ＹｏｎＺｈａｎｇｇＳｅｃｉａｌｉｔ：ＣｏｍｕｔｅｒＳｏｆｔｗａｒｅａｎｄＴｈｅｏｒｐｙｐｙＳｕｅｒｖｉｓｏｒ：Ｐｒｏｆ．ＹｕｎＸｕｐ出Ｆｉｎｉｓｈｅｄｔｉｍｅ：Ｏ

3、ｃｔｏｂｅｒ１３２０１６，中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)學(xué)位論文原創(chuàng)性聲明本人聲明所呈交的學(xué)位論文，是本人在導(dǎo)師指導(dǎo)下進(jìn)巧研巧工作所取得的成果。除己特別加Ｗ標(biāo)注和致謝的地方外，論文中不包含任何他人己經(jīng)發(fā)表或撰寫過的研究成果一。與我同工作的同志對(duì)本研巧所做的貢獻(xiàn)均己在論文中作了明確的說明。之狐／漢王作者簽名：：—亂簽字日期７中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)學(xué)位論文授權(quán)使用聲明？作為申請(qǐng)學(xué)位的條件之，學(xué)位論文著作權(quán)擁有者授權(quán)中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué)擁有學(xué)位論文的部分使用權(quán)，即：學(xué)校有權(quán)按有關(guān)規(guī)定向國(guó)家巧關(guān)部口或機(jī)構(gòu)送巧Ｌ論文的復(fù)印件和化子版，允

4、許論文被查閱和借閱，可：Ａ將學(xué)位論文編入《中國(guó)學(xué)，可Ｗ采用影印位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù)》等有關(guān)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行檢索、縮印或掃描等復(fù)制一致手段保存、匯編學(xué)位論文。本人提交的電子文檔的內(nèi)容和紙質(zhì)論文的內(nèi)容相。保密的學(xué)位論文在解密后也遵守此規(guī)定。公開□保密（年）作者簽名：Ｊ＆Ｍ導(dǎo)師簽名：王簽字日期．７：２０／／／化文７簽字日期：摘要摘要一近些年，下代測(cè)序技術(shù)獲得了突飛猛進(jìn)的發(fā)展，由此產(chǎn)生了越來越多的測(cè)序數(shù)據(jù)一直Ｗ來都是生物信息學(xué)領(lǐng)域的一項(xiàng)重要研究?jī)?nèi)。如何處理這些測(cè)試數(shù)據(jù)一容，下代測(cè)序技術(shù)應(yīng)用到轉(zhuǎn)錄組研巧領(lǐng)域產(chǎn)

5、生了高通量轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)，簡(jiǎn)稱一－ＲＮＡ－Ｓ技術(shù)項(xiàng)重要功能便是重構(gòu)剪接之前的為巧。ＲＮＡｓｅｑ數(shù)據(jù)分析軟件的ｍＲＮＡ在細(xì)胞中的形態(tài)，此外，還應(yīng)該能夠評(píng)估每種剪接異構(gòu)體的表達(dá)水平。但＾－是，所有分析過程的第步都是要把從ＲＮＡｓｅｑ中得到的測(cè)序片段比對(duì)到相應(yīng)的參考序列上，所。因?yàn)閮?nèi)含子序列在ＤＮＡ轉(zhuǎn)錄為成熟ｍＲＮＡ?xí)r會(huì)被剪切除去，Ｗ與傳統(tǒng)的序列比對(duì)問題相比，轉(zhuǎn)錄組序列比對(duì)有其固有的特殊之處即需要將－測(cè)序得到的序列分段比對(duì)到不同的外顯子序列上，因此需要設(shè)計(jì)?？卺槍?duì)ＲＮＡ－ｓｅ的序列比對(duì)算法。現(xiàn)有的ＲＮＡＳ巧序列比對(duì)算法基本上都

6、是依賴于經(jīng)典的剪ｑＧＴ－接位點(diǎn)信號(hào)，而許多非經(jīng)典的剪接信號(hào)位點(diǎn)具有重要的生物學(xué)功能，如ＴＧＧａ－與人類腺昔酸環(huán)化酶刺激蛋白ｓ的形成有關(guān)。為此，我們?cè)O(shè)計(jì)了兩個(gè)新的ＲＮＡｓｅ序列比對(duì)算法，用來發(fā)現(xiàn)多種類型的剪接位點(diǎn)ｑ。（］）獨(dú)立于剪接位點(diǎn)信號(hào)的轉(zhuǎn)錄組序列比對(duì)算法＾－首先我們?cè)O(shè)計(jì)了種采用重疊種子內(nèi)部擴(kuò)展策略的ＲＮＡｓｅｑ序列比對(duì)算法，命名為ＲＮＡＭａｐ。種子序列的重疊性能夠保證由種子的比對(duì)信息能夠組合出完整測(cè)序序列的定位信息一一個(gè)動(dòng)態(tài)。在掃描基因組時(shí)，ＲＮＡＭａｐ建立個(gè)靜志表和，此時(shí)并不表來索引種子序列及其比對(duì)信息，

7、尋找左右錯(cuò)點(diǎn)序列之間的剪接位點(diǎn)受經(jīng)典剪接位點(diǎn)信號(hào)的限制，對(duì)于。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明含有多種類型的剪接位點(diǎn)的數(shù)．％和９．０１％，優(yōu)于其它的轉(zhuǎn)據(jù)集，ＲＮＡＭａｐ的召回率和精確度分別這到了９２５３７錄組序列比對(duì)工具。（２）轉(zhuǎn)錄組序列比對(duì)算法改進(jìn)＾之后我們又訝計(jì)了種采用非重疊種子之間擴(kuò)展策略的ＲＮＡ－ｓｅ序列比對(duì)ｑ算法，命名為ＲＮＡＭａｐ２。該算法通過減少種子的數(shù)量來降低計(jì)算量，然后利用＾測(cè)序深度，即測(cè)序序列的重復(fù)性來進(jìn)行比對(duì)ａ。這在定程度上彌補(bǔ)了ＲＮＡＭｐ在運(yùn)行速度方面的不足，３００ｂ，ＲＮＡＭａ。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明在測(cè)序序列的長(zhǎng)度為ｐ

8、時(shí)ｐ２－２ａ近４０％。此外ｅｅｄｌｅｍａｎＷｕｎｓｃｈ全局比ＲＮＡＭｐ快將，民ＮＡＭａｐ采用Ｎ動(dòng)態(tài)，規(guī)劃算法，能夠