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《鳥巢蕨轉錄組高通量測序及分析》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關內容在學術論文-天天文庫。
1、園藝學報2014，（4111）：2329–2341http://www.ahs.ac.cnActaHorticulturaeSinicaE-mail:yuanyixuebao@126.com鳥巢蕨轉錄組高通量測序及分析*賈新平，孫曉波，鄧衍明，梁麗建，葉曉青（江蘇省農業(yè)科學院農業(yè)生物技術研究所，江蘇省農業(yè)生物學重點實驗室，南京210014）摘要：采用新一代高通量測序技術IlluminaHiSeq2000對鳥巢蕨轉錄組（Aspleniumnidus）進行測序，共獲得29254595個序列讀取片段（reads），包含了5908586517個堿基序列（bp）信息
2、。對reads進行序列組裝，共獲得42907個單基因簇（Unigene），平均長度936bp，序列信息達到了40.16Mb。數(shù)據(jù)庫中的序列同源性比較表明，24993個Unigene與其他物種的已知基因具有不同程度的同源性。鳥巢蕨轉錄組中的Unigene根據(jù)GO功能大致可分為細胞組分、分子功能和生物學過程3大類51個分支，其中有大量的Unigene與代謝進程、結合活性、催化活性和細胞進程相關。將Unigene與COG數(shù)據(jù)庫進行比對，根據(jù)其功能大致可分為24類。KEGG數(shù)據(jù)庫作為參考，依據(jù)代謝途徑可將Unigene定位到116個代謝途徑分支。SSR位點查找發(fā)現(xiàn)
3、，從42907個Unigene中共找到6067個SSR位點。SSR不同重復基序類型中，出現(xiàn)頻率最高的為AG/CT，其次是AC/GT、A/T和AGG/CCT。針對這些序列，設計了20對引物進行了擴增效率和多態(tài)性檢測，其中7對引物在不同蕨類材料中表現(xiàn)出多態(tài)性。關鍵詞：鳥巢蕨；轉錄組；生物信息學；功能注釋；SSR中圖分類號：S68文獻標志碼：A文章編號：0513-353X（2014）11-2329-13SequencingandAnalysisoftheTranscriptomeofAspleniumnidus*JIAXin-ping，SUNXiao-bo，DE
4、NGYan-ming，LIANGLi-jian，andYEXiao-qing（ProvincialKeyLaboratoryofAgroBiology，InstituteofAgro-biotechnology，JiangsuAcademyofAgriculturalSciences，Nanjing210014，China）Abstract：ThetranscriptomeofAspleniumniduswassequencedbyIlluminaHiSeq2000platformthatisanewgenerationofhigh-throughputs
5、equencingtechnologytostudytheexpressionprofilingandpredictthefunctionalgenes.Thetargetsamplesequencing，atotalof29254595readsfragmentcontains5908586517bpinsequenceinformationweregenerated.Atotalof42907unigenescontains40.16Mbinsequenceinformationwereformedbyinitialsequencesplicing，w
6、ithanaveragereadlengthof936bp.24993unigeneswereannotatedusingBLASTXsearchesagainsttheNrandSwissProtdatabases.Inthisstudy，allassembledunigenescanbebroadlydividedintobiologicalprocesses，cellularcomponentsandmolecularfunctioncategoriesof51branchesbygeneontology，includingmetabolicproc
7、ess，binding，catalyticactivityandcellularprocess.UnigeneswerefurtherannotatedbasedonCOGcategory，whichcouldbegroupedinto24functionalcategories.KEGGpathwayanalysisshowedthatunigenescanbebroadlydividedinto116classesaccordingtothefunction.Therewere6067SSRin42907unigeneswere收稿日期：2014–07
8、–21；修回日期：2014–09–15基金項目：江蘇省農業(yè)科技自主
