基于高通量測序的黃芩轉錄組分析

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1、＾分類號Ｑ７５６學號？ｉｍ山巧裘老大聲全曰制碩±學位論文基于高通量測序的黃夸轉錄組分析％姓名：成綾媛．指導教師：牛顏冰教授學科專業(yè)：生物化學與分子生物學培養(yǎng)單位：生命科學學院．中國？山西？太谷二〇＿五年六月ＳｈａｎｘｉＡｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｇｙ－ＦｕＵｔｉｍｅＭａｓｔ：ｅｒＤｅｇｒｅｅＤｉｓｓｅｉｉ：ａｔｉｏｎＴ．ｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆ獻《化／／紐７｜々＂＇ｃａ／ｃｗ友／ｓ－ｕｔＧｅｏｒｇｉｔｈｒｏｕｈＨｉｈｔｈｒｏｕｈｓｅｕｅｎｃｉｎｇｇｇｐｑ

2、ｇＮａｍｅ：ＹｕａｎｕａｎＣｈｅｎｙｇｅｒｖｒ：ＰｒｏｆａｎｂＳｕｐｉｓｅ．ＹｉｎＮｉｕｇＭａｏｒ：ＢｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒａｎｄＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｊｙｇｙＣｕｌｔｉｖａｔｉｏｎＵｎｉｔ：ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅＴａｉｕＳｈａｎｘｉＣｈｉｎａｇ化ｎｅ．２０１５學位論文原創(chuàng)性聲明本人鄭重聲明：，是在導師指導下所提交的學位論文，獨立進行研究工作所取得的成果。除文中已注明引用的內容外，本論文不包含任何其他個人或集體已經發(fā)表或撰寫過的作品成果。對本文研究做出過重要貢獻的個人和集體，均已在文

3、中從明確方式標明。本人完全意識到本聲明的法律后果由本人承擔。作者簽矣（親筆）：詩襲後把年＾月么Ｖ曰學位論文版枚使用授權書本學位論文作者完全了解學校有關保留、使用學位論文的規(guī)定。即學位論文的知識產權屬山西農業(yè)大學；同意學校保留并向國家有關部口或機構送交論文的原件、復印件和電子版；允許論文被查閱和借闊；本人授權山西農業(yè)大學可從將學位論文的全部或部分內容編入有’關數據庫進行檢索、；〔，可＾乂采用影印縮印或拓描等復制手段保存、編學位論文。＾作者簽名（親筆）：巧竣竣Ｗ王年月又日《／日導師簽名（親卷）：年ｔ月Ｖ）目錄１摘要１．文獻

4、綜述２１．１黃岑研究概況２１１丄黃岑簡介２１．１．２黃岑形態(tài)特征及生長環(huán)境２１．１．３黃爾類化合物研究概況３－１．２轉錄組與ＲＮＡｓｅｑ５１．３測序技術進展７１．３．１傳統(tǒng)測序技術８１．３．２第二代測序技術８１．３．３窩通量測序技術的應用１１１．４本實驗的研究意義１３１．５總體設計與技術路線１３２１．試驗材料和方法４２．１試驗材料１４２．１．１植物材料１４２丄２試驗儀器與試劑１４２．２試驗方法１４２．２．１黃岑ＲＮＡ提取方法１４２．２．２總ＲＮＡ測１４檢２．２．３

5、ｃＤＮＡ文庫的制備１４２．３轉錄組數據的組裝１５２１５．３．１原始數據過濾２．１．３２數據組裝５２．３．３基因功能注釋１５２．３．４基因結構分析１７５７２．３．基因表達量分析１３．結果與分析１９３．１ＲＮＡ提取質量檢測１９１３．２測序數據及其質量控制９３．２．１測序堿基質量值分布檢查１９３．２．２堿基分布檢查２０３．２．３測序質量分布檢查２１３．３數據組裝２２３．３．１數據組裝結果２２３．３．２Ｕｎｉｇｅｎｅ的功能注釋及ＣＯＧ分類２４３．３．３Ｕｎｉｇｅｎｅ的ＧＯ分類２

6、７３．３．４ｅｎｅ代謝通路分析３０Ｕｎｉｇ３．３．５編碼蛋白框（ＣＤＳ）預測％３．３．６ＳＳＲ分析３７３．４基因表達量分析扣３．４．１基因表達豐度扣３．４．２基因表達量分析４０４．討論與結論４１４．１Ｈ論４１４．２結論４１參考文獻４４Ａｂｓｔｒａｃｔ４８附錄Ａ主要實驗儀器４９附錄Ｂ縮略詞表５１附錄Ｃ軟件列表５３附錄Ｄ數據庫列表巧致謝５５基于高通量測序的黃岑轉錄狙分析摘要＇－沁知Ｋ黃茶（航Ｍｆｅ航／ｃａ／ｅｎｊｂＧｅｏｒｇｉ）別名山茶根、上金茶根，為唇形科植物。本研

7、究Ｗ規(guī)范化種植基地黃茶的根、枝、葉、花四部分組織器官為試驗材料，采用第二代測？序方法中的ＩｌｈｉｍｉｎａＨｉＳｅｑ２５００測序技術對黃茶的轉錄組進行測序，并對測序結果進行生物信怎學分析，為今后黃茶在基因組學和分子生物學等研究領域的發(fā)展奠定了堅實的理論基礎。通過研究得到Ｗ下主要結論：？（１）黃茶試驗材料經過提?。遥危?、制備ｃＤＮＡ文庫、Ｉｌｌｕｍｉｎａ出Ｓｅｑ２５００測序、過濾不合格序列和組裝數據等步娥后，最終獲得巧３５３條黃萃Ｕｎｉｇｅｎｅ，總序