選擇性多聚腺苷化的分析可視化平臺(tái)構(gòu)建

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1、廈門(mén)大學(xué)學(xué)位論文原創(chuàng)性聲明本人呈交的學(xué)位論文是本人在導(dǎo)師指導(dǎo)下，獨(dú)立完成的研究成果。本人在論文寫(xiě)作中參考其他個(gè)人或集體己經(jīng)發(fā)表的研究成果，均在文中以適當(dāng)方式明確標(biāo)明，并符合法律規(guī)范和《廈門(mén)大學(xué)研究生學(xué)術(shù)活動(dòng)規(guī)范(試行)》。另外，該學(xué)位論文為()課題(組)的研究成果，獲得()課題(組)經(jīng)費(fèi)或?qū)嶒?yàn)室的資助，在()實(shí)驗(yàn)室完成。(請(qǐng)?jiān)谝陨侠ㄌ?hào)內(nèi)填寫(xiě)課題或課題組負(fù)責(zé)人或?qū)嶒?yàn)室名稱(chēng)，未有此項(xiàng)聲明內(nèi)容的，可以不作特別聲明。)聲明人(簽名)：際癥鐫2014年5月J弓日舢㈣圳㈣ⅢⅢ?圳㈣刪Y2537127廈門(mén)大學(xué)學(xué)位論文著作權(quán)使用聲明本人同意廈門(mén)大學(xué)根據(jù)《中華人民共和國(guó)學(xué)位條例暫行實(shí)施辦法》等規(guī)定保留和使用

2、此學(xué)位論文，并向主管部門(mén)或其指定機(jī)構(gòu)送交學(xué)位論文(包括紙質(zhì)版和電子版)，允許學(xué)位論文進(jìn)入廈門(mén)大學(xué)圖書(shū)館及其數(shù)據(jù)庫(kù)被查閱、借閱。本人同意廈門(mén)大學(xué)將學(xué)位論文加入全國(guó)博士、碩士學(xué)位論文共建單位數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行檢索，將學(xué)位論文的標(biāo)題和摘要匯編出版，采用影印、縮印或者其它方式合理復(fù)制學(xué)位論文。本學(xué)位論文屬于：()1．經(jīng)廈門(mén)大學(xué)保密委員會(huì)審查核定的保密學(xué)位論文，于年月日解密，解密后適用上述授權(quán)。()2．不保密，適用上述授權(quán)。(請(qǐng)?jiān)谝陨舷鄳?yīng)括號(hào)內(nèi)打“√”或填上相應(yīng)內(nèi)容。保密學(xué)位論文應(yīng)是已經(jīng)廈門(mén)大學(xué)保密委員會(huì)審定過(guò)的學(xué)位論文，未經(jīng)廈門(mén)大學(xué)保密委員會(huì)審定的學(xué)位論文均為公開(kāi)學(xué)位論文。此聲明欄不填寫(xiě)的，默認(rèn)為公開(kāi)學(xué)位

3、論文，均適用上述授權(quán)。)聲明人(簽名)：陣龍嚆2014年弓月鄉(xiāng)日摘要多聚腺苷酸與信使RNA(mI斟A)分子的共價(jià)鏈結(jié)稱(chēng)之為多聚腺苷化(poly(A))。Poly(A)尾巴是以無(wú)模板的方式添加到mI礬A上的腺苷酸鏈，它是真核生物mRNA的重要結(jié)構(gòu)特點(diǎn)，對(duì)真核生物基因表達(dá)具有重要意義。眾多研究表明真核生物基因中廣泛存在mRNA選擇性多聚腺苷化(altemativepolyadenylation，APA)位點(diǎn)，它在基因表達(dá)階段起重要的調(diào)控作用。分析不同類(lèi)型的APA位點(diǎn)及其表達(dá)差異，將有利于深入理解基因表達(dá)調(diào)控，促進(jìn)調(diào)控真核生物mRNA多聚腺苷化過(guò)程的分子、生物及進(jìn)化機(jī)制的研究。高通量數(shù)據(jù)分析作為

4、目前研究植物多聚腺苷化的一個(gè)重要手段，其位點(diǎn)比較分析是探究植物等生物基因表達(dá)的關(guān)鍵。隨著下一代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，常規(guī)測(cè)序?qū)嶒?yàn)都會(huì)產(chǎn)生數(shù)以百萬(wàn)計(jì)的測(cè)序數(shù)據(jù)，生物學(xué)家能獲得來(lái)自不同條件下的更多數(shù)目的p01y(A)位點(diǎn)數(shù)據(jù)。因此，這迫切需要開(kāi)發(fā)一個(gè)用戶(hù)界面友好、高效的工具來(lái)可視化大量的poly(A)位點(diǎn)數(shù)據(jù)，輔助生物學(xué)家進(jìn)行APA分析。然而，目前并沒(méi)有專(zhuān)門(mén)用于APA研究，且提供基于poly(A)位點(diǎn)的分析可視化在線(xiàn)平臺(tái)。為了滿(mǎn)足這一需求，本文開(kāi)發(fā)一套可視化的選擇性多聚腺苷化在線(xiàn)分析W曲平臺(tái)。平臺(tái)主界面是基于Linux、Apache、MySQL和PHP構(gòu)建的，為分析可視化平臺(tái)提供界面入口、操作說(shuō)明和

5、數(shù)據(jù)上傳服務(wù)；分析可視化平臺(tái)則基于GwT(Googlew曲Toolkit)，使用JaVa作為開(kāi)發(fā)語(yǔ)言，采用多層架構(gòu)，結(jié)合Spring、Hibemate的JaVaWeb開(kāi)源框架，應(yīng)用MVP(Model．Ⅵew．Presenter)設(shè)計(jì)模式實(shí)現(xiàn)開(kāi)發(fā)。平臺(tái)以擬南芥不同組織和水稻根組織的poly(A)數(shù)據(jù)為輸入，綜合分析了多種條件下poly(A)位點(diǎn)分布情況以及APA組織和物種的特異性，目的是為了輔助生物研究人員進(jìn)行實(shí)驗(yàn)分析，促進(jìn)植物位點(diǎn)分析與識(shí)別研究的發(fā)展。關(guān)鍵詞：選擇性多聚腺苷化；可視化；GwTAbstractPoly(A)referstothecoValentlinl(bet、Veenp01

6、yadenylationandmessenger鼢情(mRNA)·Poly(A)ta訂isaddedtotheadenosinechainofmRNAinatemplate．f-reeway，whichisanimportantStructuref-eatureofeukaryotesm對(duì)qAandhasimponantimplicationsfbrgeneexpressionregulationshownthataltematiVepolyadenyIation(APA)inEukaryota．Numerousstudieshavesiteswidelyexistineuka巧oticm

7、RNAandtheyplayanimportantroleinregulatingthes切g(shù)eofgeneexpressj。n．nestudyofdi航rent帥esofpoly(A)sitesanditsdi虢rentialexpressionwillbeconducivetodeepunders切ndingofgeneexpressionregulation，promotetheresearchofmolecula