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《花鱸簡化基因組和轉(zhuǎn)錄組測序及基因表達(dá)分析.pdf》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在學(xué)術(shù)論文-天天文庫。
1、上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文學(xué)校代碼：10264研究生學(xué)號：M150150321上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文花鱸簡化基因組和轉(zhuǎn)錄組測序題目：及基因表達(dá)分析Genomesurveyandtranscriptome英文題目：sequencingofLateolabraxmaculatusandgenesexpressionanalysis專業(yè)：漁業(yè)研究方向：分子生物學(xué)姓名：王家奇指導(dǎo)教師：陳曉武教授二O一八年六月上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文上海海洋大學(xué)學(xué)位論文原創(chuàng)性聲明本人鄭重聲明：我恪守學(xué)術(shù)道德，崇尚嚴(yán)謹(jǐn)學(xué)風(fēng)。所呈交的學(xué)位論文，是本人在導(dǎo)師的指導(dǎo)下，獨立進(jìn)行研究工作所取得的成果
2、。除文中已經(jīng)明確注明和引用的內(nèi)容外，本論文不包含任何其他個人或集體已經(jīng)發(fā)表或撰寫過的作品及成果的內(nèi)容。論文為本人親自撰寫，我對所寫的內(nèi)容負(fù)責(zé)，并完全意識到本聲明的法律結(jié)果由本人承擔(dān)。學(xué)位論文作者簽名：日期：年月日上海海洋大學(xué)學(xué)位論文版權(quán)使用授權(quán)書學(xué)位論文作者完全了解學(xué)校有關(guān)保留、使用學(xué)位論文的規(guī)定，同意學(xué)校保留并向國家有關(guān)部門或機(jī)構(gòu)送交論文的復(fù)印件和電子版，允許論文被查閱或借閱。本人授權(quán)上海海洋大學(xué)可以將本學(xué)位論文的全部或部分內(nèi)容編入有關(guān)數(shù)據(jù)庫進(jìn)行檢索，可以采用影印、縮印或掃描等復(fù)制手段保存和匯編本學(xué)位論文。保密□，在年解密后適用本版權(quán)書。本學(xué)位論文屬于不保密?學(xué)
3、位論文作者簽名：指導(dǎo)教師簽名：日期：年月日日期：年月日上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文答辯委員會成員名單姓名工作單位職稱備注中國水產(chǎn)科學(xué)研究院東海馬凌波研究員水產(chǎn)研究所顏標(biāo)復(fù)旦大學(xué)研究員崔映宇同濟(jì)大學(xué)副教授答辯地點水產(chǎn)與生命學(xué)院C217上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文花鱸簡化基因組和轉(zhuǎn)錄組測序及相關(guān)基因分析摘要花鱸（Lateolabraxmaculatus）廣泛分布于中國沿海,是我國重要的海水養(yǎng)殖品種。由于長期過度捕撈，花鱸野生資源銳減，種質(zhì)退化。為更深入了解花鱸的遺傳信息，我們利用高通量測序和denovo組裝，獲得了64.63Gb的基因組clean數(shù)據(jù)，
4、預(yù)測基因組大小534.46Mb，GC含量40.95%，經(jīng)過拼接和蛋白編碼基因預(yù)測得到67,748個unigene，其中有60,218個unigene（88.89%）與Nr庫中的已知序列同源。此外，分別有50,860和10,260個unigene注釋到GO庫和COG庫。根據(jù)基因組測序結(jié)果獲得311,393個微衛(wèi)星（SSR）位點，其中單核苷酸重復(fù)（29,585,9.50%），二核苷酸重復(fù)（144,548,46.42%）和三核苷酸重復(fù)（36,254,11.64%）共占到SSRs的67.65%，其中重復(fù)單元AC/GT（36.76%）在二核苷酸重復(fù)序列中含量最豐富。我們用3
5、0條花鱸樣本進(jìn)行篩選獲得8個具有多態(tài)性的微衛(wèi)星位點，所有位點顯示4-8個等位基因。平均觀測雜合度和平均預(yù)期雜合度分別是0.64和0.58?；|簡化基因組信息為研究花鱸生長、繁殖和遺傳學(xué)研究提供了數(shù)據(jù)支持。為獲得花鱸轉(zhuǎn)錄組信息，發(fā)掘組織特異性功能基因，本實驗同時對花鱸的腦、鰓、胃、肝、脾、精巢和卵巢轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測序。結(jié)果獲得54,031個unigene，有12,256條unigene包含SSR序列，從中鑒定出16,644個SSR，其中二核苷酸重復(fù)單元AC/GT為優(yōu)勢重復(fù)基元，占總位點的16.03%。利用Blast2GO對unigene進(jìn)行注釋，共得到32611(60.
6、36%)條注釋基因，根據(jù)GO功能分類分為生物過程、細(xì)胞組分和分子功能3大類103亞類?！癿olecularfunction”亞類的unigene數(shù)量最多。所有unigene經(jīng)KEGG代謝通路分析可分為6大類（Metabolism,Geneticinformationprocessing,Environmentalinformationprocessing,Cellularprocesses,Organismalsystems,Humandiseases）39小類419個代謝通路，其中“Signaltransduction”(25個通路)是最大的通路分類，“Infe
7、ctiousdiseases”(24個通路)次之。分析七個轉(zhuǎn)錄組RPKM發(fā)現(xiàn)，腦特異分泌HPG,HPA,HPGH軸所需激素；鰓在角蛋白，膠質(zhì)蛋白和上皮細(xì)胞黏附分子特異表達(dá)；胃和脾分別高表達(dá)各類消化酶和免疫球蛋白類似物；肝的載脂蛋白，抗凍蛋白和轉(zhuǎn)鐵蛋白特異高表達(dá)；性腺則富含vasa，piwi，性激素受體和調(diào)控細(xì)胞分裂生長的周期蛋白類似物。通過對花鱸轉(zhuǎn)錄組測序，為花鱸功能基因克隆及基因組學(xué)研究提供了基礎(chǔ)。I上海海洋大學(xué)碩士學(xué)位論文堿性磷酸酶（Alkalinephosphatase,Alp）具有脫磷酸的生理作用并在堿性環(huán)境下發(fā)揮最佳功能，這種酶存在于多種生物體，包括原核
8、生物和真核
