川芎根莖、葉轉(zhuǎn)錄組測序及分析

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1、方…乂．攀■—讓謙＿隱驟：碩士學(xué)位論文耀ＭＡＳＴＥＲＤＩＳＳＥＲＴＡＴＩＯＮ：：纏：多：＿義＿、丨、：論文題目：川考根菱葉轉(zhuǎn)錄組測序及分析：康鄉(xiāng)．學(xué)翻：．ｉ＂？生物化學(xué)與分子生物學(xué)學(xué)科專業(yè)：二－二級年．：。國內(nèi)圖書分類號：Ｑ９４６密級：公開國際圖書分類號：西南交通大學(xué)研究生學(xué)位論文川茍根莖、葉轉(zhuǎn)錄組測序及分析年級二零一二級姓名宋濤申請學(xué)位級別碩士專業(yè)生物化學(xué)與分子生物學(xué)指導(dǎo)老師周嘉裕副教授二零一五年五

2、月ＣｌａｓｓｉｆｉｅｄＩｎｄｅｘ：Ｑ９４６Ｕ．Ｃ：．ＤＳｏｕｔｈｗｅｓｔＪｉａｏｔｏｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｇｙＭａｓｔｅｒＤｅｇｒｅｅＴｈｅｓｉｓＴＲＡＮＳＣＲＩＰＴＯＭＥＳＥＱＵＥＮＣＩＮＧＡＮＤＡＮＡＬＹＳＩＳＯＦＲＨＩＺＯＭＥＡＮＤＬＥＡＦＩＮＬＩＧＵＳＴＩＣＵＭＣＨＵＡＮＸＩＯＮＧＨＯＲＴＧｒａｄｅ：２０１２Ｃａｎｄｉｄａｔｅ：ＴａｏＳｏｎｇＡｃａｄｅｍｉｃＤｅｒｅｅＡｌｉｅｄｆｏｒ：ＭａｓｔｅｒｇｐｐＳｐｅｃｉ

3、ａｌｉｔｙ：ＢｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙａｎｄＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙＳｕｅｒｖｉｓｏｒ：ＪｉａｕＺｈｏｕＡｓｓｏｃｉａｔｅＰｒｏｆｅｓｓｏｒｐｙ，Ｍａ２０１５ｙ，西南交通大學(xué)學(xué)位論文版權(quán)使用授權(quán)書、本學(xué)位論文作者完全了解學(xué)校有關(guān)保留使用學(xué)位論文的規(guī)定，同意學(xué)校保留并向國家有關(guān)部門或機構(gòu)送交論文的復(fù)印件和電子版，允許論文被查閱和借閱。本人授權(quán)西、南交通大學(xué)可以將本論文的全部或部分內(nèi)容編入有關(guān)數(shù)據(jù)庫進行檢索，可以釆用影印縮印或掃描等復(fù)印手段保存和匯編本學(xué)

4、位論文。本學(xué)位論文屬于１．保密口，在年解密后適用本授權(quán)書；２。．不保密０，使用本授權(quán)書“”ａ請在以上方框內(nèi)打／（）學(xué)位論文作者簽名：ｔ旨導(dǎo)老師簽名：．（。：＇“、曰期：曰期７０西南交通大學(xué)碩士學(xué)位論文主要工作（貢獻）聲明本人在學(xué)位論文中所做的主要工作或貢獻如下：。１）首次對川號根蓮、葉進行轉(zhuǎn)錄組測序，并進行基因功能注釋和分析為研究川。彎生物活性成分的生物合成途徑和調(diào)控機制，提高其藥用價值奠定基礎(chǔ)２）比較川考根蓮與葉的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，蹄選出差異表達基因，并對差異表達基

5、因進。行功能注釋和分類，挖掘根蓮生長和發(fā)育相關(guān)基因為探索根基的形成和發(fā)育的分子機制及根狀蓮次生代謝產(chǎn)物圣徒代謝途徑建立了遺傳學(xué)背景。－ＰＣＲ３）結(jié)合轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫對川考進行ｑＲＴ內(nèi)參基因選擇。為后期的川考相關(guān)基因一一化標(biāo)準ＲＴ－ＰＣＲ驗證的表達分析提供個可靠的均。并通過ｑ轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫組裝的正確性，確保分析結(jié)果的真實性和準確性。４）阿魏酸是川考重要指標(biāo)，分析阿魏酸合成途徑相關(guān)基因，構(gòu)建阿魏酸代謝通路，ＰＲ－ＰＣＲ探索通過阿魏酸合成途徑的關(guān)鍵酶基因。ｑ本人鄭重聲明：所呈交的學(xué)位論

6、文，是在導(dǎo)師指導(dǎo)下獨立進行研宄工作所得的成果。除文中己經(jīng)注明引用的內(nèi)容外，本論文不包含任何其他個人或集體己經(jīng)發(fā)表或撰寫過的。研究成果。對本文的研究做出貢獻的個人和集體，均已在文中作了明確說明本人完全一了解違反上述聲明所引起的切法律責(zé)任將由本人承擔(dān)。學(xué)位論文作者簽名：曰期：＞０．ｈ｛＾西南交通大學(xué)碩士研究生學(xué)位論文第Ｉ頁摘要＇一＼ｎｏｒｔ）＼＾ｉＬｉｇｕｓｔｉｃｕｍｃｈｕａｎｘｉｏｇＨ是傘形科年生傳統(tǒng)藥用植物，干燥根狀蓮為川）彎的主要藥用部位，已有上千年的藥用歷史

7、，主要用于治療頭痛，風(fēng)濕搏痛，心腦血管疾病，月經(jīng)紊亂，腫脹疼痛等；由于川號能夠改善皮膚的顏色和改變香味，因此也成為化妝品的主要成分。川號中有多種重要的活性化合物，包括阿魏酸，揮發(fā)油，蔽類化合物和生物堿等。開展川彎轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究，對于系統(tǒng)認識川考活性成分代謝途徑、發(fā)育及抗逆相關(guān)機制具有重要的理論意義。本文通過Ｉｌｌｕｍｉｎａ高通量測序獲得了川考根墓、葉的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，，并對轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進行分析、驗證為發(fā)掘川考活性成分代謝通路和相關(guān)的酶基因以及川考的發(fā)育和抗逆相關(guān)研究提供遺傳學(xué)背景。本文的主

8、要結(jié)果如下：１）首次對川彎根蓮、葉進行轉(zhuǎn)錄組測序，分別獲得了川尊根壟與葉（共計５．３６Ｇｂ）的原始數(shù)據(jù)３７１７２３４、１２８２３３９５ｃｌｅａｎｅａｄｓ１０１ｎｔＴｒｉｎｉｔ，分別獲得１ｒ，平均長，通過，，，，度為ｙ軟件組裝最終獲得５７，７０５、５０，３２６個Ｕｎｉｇｅｎｅｓ，平均長度為７１３ｎｔ、７９８ｎｔ。將這些Ｕｎｉｇｅｎｅ序列與蛋白質(zhì)公共數(shù)據(jù)庫進行比對注釋－，包括Ｎｒ、ＳｗｉｓｓＰｒｏｔ、ＧＯ