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《真核生物基因結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)分析方法(軟件)》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫。
1、1實(shí)習(xí)二真核生物基因結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)分析浙江加州國(guó)際納米技術(shù)研究院2010年11月蘇錕楷樓小燕韓序蔣琰2實(shí)習(xí)一基因組數(shù)據(jù)注釋和功能分析實(shí)習(xí)二真核生物基因結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)分析實(shí)習(xí)三芯片的基本數(shù)據(jù)處理和分析實(shí)習(xí)四蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)與功能分析實(shí)習(xí)五蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)分析實(shí)習(xí)六系統(tǒng)生物學(xué)軟件實(shí)習(xí)課程內(nèi)容基因組學(xué)轉(zhuǎn)錄物組學(xué)蛋白質(zhì)組學(xué)系統(tǒng)生物學(xué)3基因組序列cDNA序列編碼區(qū)預(yù)測(cè)CodonbiasGCContent限制性酶切位點(diǎn)基因結(jié)構(gòu)分析選擇性剪切轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子序列比對(duì)功能注釋KEGGGO系統(tǒng)發(fā)育樹蛋白質(zhì)序列翻譯蛋白質(zhì)理化性質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)
2、測(cè)結(jié)構(gòu)域分析重要信號(hào)位點(diǎn)分析三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)基因組功能分析4真核生物基因的主要結(jié)構(gòu)5基因結(jié)構(gòu)分析開放讀碼框GENSCANGENOMESCANCpG島CpGPlot轉(zhuǎn)錄終止信號(hào)POLYAH啟動(dòng)子/轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)PromoterScan密碼子偏好分析CodonWmRNA剪切位點(diǎn)NETGENE2Spidey選擇性剪切ASTD基因結(jié)構(gòu)分析常用軟件6開放讀碼框的識(shí)別開放讀碼框（openreadingframe,ORF)是一段起始密碼子和終止密碼子之間的堿基序列ORF是潛在的蛋白質(zhì)編碼區(qū)7基因開放閱讀框/基因結(jié)構(gòu)分析
3、識(shí)別工具ORFFinderhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.htmlNCBI通用BestORFhttp://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=bestorf&group=programs&subgroup=gfindSoftberry真核GENSCANhttp://genes.mit.edu/GENSCAN.htmlMIT脊椎、擬南芥、玉米GeneFinderhttp://rulai.cshl.org/tools/
4、genefinder/Zhanglab人、小鼠、擬南芥、酵母FGENESHhttp://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesh&group=programs&subgroup=gfindSoftberry真核(基因結(jié)構(gòu))GeneMarkhttp://opal.biology.gatech.edu/GeneMark/eukhmm.cgiGIT原核GLIMMERhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/MICROBES/
5、glimmer_3.cgihttp://www.cbcb.umd.edu/software/glimmerMaryland原核Fgeneshttp://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenes&group=programs&subgroup=gfindSoftberry人（基因結(jié)構(gòu)）FgeneSVhttp://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=virus&group=programs&subgroup=gf
6、indvSoftberry病毒Generationhttp://compbio.ornl.gov/generation/ORNL原核FGENESBhttp://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=fgenesb&group=programs&subgroup=gfindbSoftberry細(xì)菌（基因結(jié)構(gòu)）GenomeScanhttp://genes.mit.edu/genomescan.htmlMIT脊椎、擬南芥、玉米GeneWise2http://www.
7、ebi.ac.uk/Wise2/EBI人GRAILhttp://grail.lsd.ornl.gov/grailexp/ORNL人、小鼠、擬南芥、果蠅8ORF識(shí)別：GENSCANhttp://genes.mit.edu/GENSCAN.html結(jié)果返回到郵箱（可選）提交序列提交序列文件運(yùn)行GENSCAN顯示氨基酸或CDS序列序列名稱（可選）是否顯示非最優(yōu)外顯子選擇物種類型99GENSCAN輸出結(jié)果：文本1010GENSCAN輸出結(jié)果：圖形11ORF識(shí)別：GenomeScan提交待分析序列提交同源蛋白
8、質(zhì)序列運(yùn)行GenomeScanhttp://genes.mit.edu/genomescan.html12GenomeScan輸出結(jié)果：文本預(yù)測(cè)外顯子位置、可信度等信息同源比對(duì)信息預(yù)測(cè)結(jié)果的氨基酸序列13GenomeScan輸出結(jié)果：圖形14課堂練習(xí)1使用GENESCAN預(yù)測(cè)序列中可能的ORF。2使用GENOMESCAN預(yù)測(cè)序列中可能的ORF。練習(xí)用的序列文件在c:zcnishixi2文件下，名字為clone.fasta，使用寫字板打開查看。15轉(zhuǎn)錄調(diào)控序列分析C
