DNA分子標(biāo)記的種類

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1、DNA分子標(biāo)記的種類以及進展分子標(biāo)記的定義廣義的分子標(biāo)記(molecularmarker)是指可遺傳的并可檢測的DNA序列或蛋白質(zhì)。狹義的分子標(biāo)記概念只是指DNA標(biāo)記，而這個界定現(xiàn)在被廣泛采納。理想分子標(biāo)記的界定(1)具有高的多態(tài)性(2)共顯性遺傳，即利用分子標(biāo)記可鑒別二倍體中雜臺和純臺基因型(3)能明確辨別等位基因；(4)遍布整個基因組；(5)除特殊位點的標(biāo)記外，要求分子標(biāo)記均勻分布于整個基因組；(6)選擇中性(即無基因多效性)；(7)檢測手段簡單、快速(如實驗程序易自動化)；(8)開發(fā)成本和使用成本盡量低廉；(

2、9)在實驗室內(nèi)和實驗空間重復(fù)性好(便于數(shù)據(jù)交換)。但是，目前發(fā)現(xiàn)的任何一種分子標(biāo)記均不能滿足以上所有要求DNA分子標(biāo)記分類一、第一代分子標(biāo)記技術(shù)以southern雜交為核心的分子標(biāo)記技術(shù)：RELP標(biāo)記等二、第二代分子標(biāo)記技術(shù)基于PCR的DNA分子標(biāo)記：RAPD標(biāo)記、ISSR標(biāo)記、SSR標(biāo)記、STS標(biāo)記等基于PCR與限制性酶切技術(shù)結(jié)合的DNA標(biāo)記：AFLP標(biāo)記、CAPS標(biāo)記等三、第三代分子標(biāo)記技術(shù)基于單核苷酸多態(tài)性的DNA分子標(biāo)記:SNP標(biāo)記四、其他幾種新型分子標(biāo)記一、第一代分子標(biāo)記技術(shù)限制性片段長度多態(tài)性(rest

3、rictionfragmentlengthpolymorphism，縮寫RFLP)是發(fā)展最早的分子標(biāo)記技術(shù)。RFLP技術(shù)的原理是檢測DNA在限制性內(nèi)切酶酶切后形成的特定DNA片段的大小。因此凡是可以引起酶切位點變異的突變?nèi)琰c突變(新產(chǎn)生和去除酶切位點)和一段DNA的重新組織(如插人和缺失造成酶切位點問的長度發(fā)生變化)等均可導(dǎo)致RFLP的產(chǎn)生。流程圖酶切→→電泳→→標(biāo)記探針雜交→→分析一般選擇單拷貝探針如果RFLP探針是來自拷貝數(shù)可變串聯(lián)重復(fù)(Variblenumberoftandemrepeats，縮VNTR)．則

4、產(chǎn)生另一類因相同或相近序列的拷貝數(shù)變化所起的多態(tài)性。凡是引起復(fù)單位的大小和序列不同、基因組中重復(fù)的數(shù)目和分布不同等均可導(dǎo)致這種多態(tài)性的產(chǎn)生。在RFLP技術(shù)中成為分子標(biāo)記的重復(fù)序列包括：(1)小衛(wèi)星(minisatellite)序列：重復(fù)單位(motif)約有堿基l0～60個(也有16～100個堿基一說)，在基因組中多次出現(xiàn)。(2)微衛(wèi)星(microsatelite)或簡單重復(fù)序列(simplesepuencerepeats，縮寫SSR)：重復(fù)單位含有1～5堿基(也有2～8個堿基一說)二、第二代分子標(biāo)記技術(shù)1、基于P

5、CR的DNA分子標(biāo)記①隨機引物PCR標(biāo)記：RAPD標(biāo)記、ISSR標(biāo)、AP-PCR、DAF等②特異引物PCR標(biāo)記:SSR標(biāo)記、STS標(biāo)記、SCAR、SPAR、SSCAP、ddF等2、基于PCR與限制性酶切技術(shù)結(jié)合的DNA標(biāo)記①限制性酶切片段的選擇性擴增來顯示片段的多態(tài)性：AFLP標(biāo)記等②對PCR擴增片段的限制性酶切來揭示擴增區(qū)段的多態(tài)性：CAPS標(biāo)記等1.1.1隨機擴增多態(tài)性DNA(RAPD)該技術(shù)用一個(有時用兩個)隨機引物(一般8～10個堿基)非定點地擴增DNA片段，然后用凝膠電泳分開擴增片段。不需要DNA探針，

6、用一個引物可擴增多個片段，技術(shù)簡單，只需少量的DNA樣本，成本較低，RAPD標(biāo)記一般是顯性遺傳（極少數(shù)是共顯性），但是RAPD分析中重復(fù)性不高，由于共遷移的存在，在不同個體中出現(xiàn)相同分子量的滯后，并不能保證這些個體擁有同一條(同源）的片段實驗步驟PCR→電泳→分析應(yīng)用RAPD可用于對整個基因組DNA進行多態(tài)性檢測，也可用于構(gòu)建基因組指紋圖譜。1、品種鑒定、系譜分析：用于識別種群、家族、種內(nèi)或種間的遺傳變異，為生物血緣關(guān)系或分類提供依據(jù)，還可以分析混合基因組樣品等。2、基因定位：例如定位了萵苣霜霉病抗性基因。RAPD

7、技術(shù)的發(fā)展和相近的分子標(biāo)記種類DAF(DNAamplificationfingerprinting）：與RAPD技術(shù)不同的是，在DAF分析中，引物濃度更高，引物長度更短（一般5~8個堿基）只有兩個溫度循環(huán)，并且往往用聚丙烯酰胺凝膠電泳，DAF通常會產(chǎn)生非常復(fù)雜的帶型。在DAF技術(shù)的基礎(chǔ)上，又展出ASAP技術(shù)。AP—PCR(arbitrarilyprimedpo[ymerasechainreaclion)：在AP—PCR分析中，擴增分為三個部分，每個部分要求的條件和組分的濃度存在差異；在第一個PCR循環(huán)中，引物濃度較

8、高；引物長度不定，并且常常來自為其它目的而設(shè)計的引物MAAP(MultipleArbitraryPu‘npliconProfiling)：這是Caetano—Anolle（1994）創(chuàng)造的一個詞，想用來統(tǒng)稱所有這些相關(guān)技術(shù)，但迄今為止這個詞很少使用1.1.2加錨微衛(wèi)星寡核苷酸(Anchoredmi—cmsatelliteoligonucleotides）Zi