轉(zhuǎn)錄組分析概要

《轉(zhuǎn)錄組分析概要》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在行業(yè)資料-天天文庫。

1、轉(zhuǎn)錄組分析SBC孫明明mingming_sun@shbiochip.com轉(zhuǎn)錄組分析?分析材料收集?分析流程概要?分析結(jié)果展示SBC什么是轉(zhuǎn)錄組?轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）–廣義上指某一生理條件下，細(xì)胞內(nèi)所有轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的集合，包括信使RNA、核糖體RNA、轉(zhuǎn)運RNA及非編碼RNA；SBC–狹義上指所有mRNA的集合基因組轉(zhuǎn)錄組蛋白質(zhì)組代謝組人類生老病死奧秘相應(yīng)基因組及注釋文件查找SBC基因組SBC基因組注釋文件?GTF：Genetransferformat?GFF：GeneFeatureForm

2、at)SBC[attributes]GFF文件格式SBCGTF文件格式Ensemble基因組瀏覽器在線瀏覽查找地址：?http://asia.ensembl.org/index.html?http://plants.ensembl.org/index.htmlSBCFTP下載地址:ftp://ftp.ensembl.org/pub/ftp://ftp.ensemblgenomes.or

3、g/pub/plantsEnsemble基因組瀏覽器在線瀏覽查找地址：?http://asia.ensembl.org/index.html?http://plants.ensembl.org/index.html?一個強(qiáng)大的工具：SBCBioMartFTP下載地址:ftp://ftp.ensembl.org/pub/ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants?Ensemble基因組信息目前是最為全面的一個，使用較為便捷，尤其在植物方面更為有優(yōu)勢SBCUCSC基因組瀏

4、覽器在線瀏覽查找地址：?http://genome.ucsc.edu/?一個強(qiáng)大的工具：TableSBCFTP下載地址ftp://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/UCSC基因組瀏覽器注釋信息較為完整和穩(wěn)定，不收納那些未經(jīng)過驗證過的注釋，在模式生物基因組方面較為突出，目前收錄了90個物種的基因組SBCNCBI基因組瀏覽器在線地址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome一個強(qiáng)大工具：SBCEntrez檢索系統(tǒng)FTP下載地址：ftp://ft

5、p.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/NCBI基因組瀏覽器NCBI基因組在原核生物方面變現(xiàn)較為突出，幾乎涵蓋了所有已經(jīng)公布的原核生物基因組信息，將近3000種原核生物SBC其他基因組數(shù)據(jù)庫?http://www.phytozome.net/植物?http://www.jgi.doe.govSBC/植物，真菌高通量測序技術(shù)相關(guān)知識SBC測序技術(shù)發(fā)展……一代測序二代測序三代測序Sanger測序SBCSolexa測序PacBio單分子測序ABI3730454FLX測序Helicos單分子測序S

6、OLID測序……Fastq格式解析由測序儀器得到的序列片段，稱之為Reads，一堆Reads放在一起就是Fastq文件，下面為Fastq文件解析SBCFastq格式解析之ReadsnameSBCFastq格式解析SBCFastq格式解析SBCFastq格式解析SBCRawreads質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)SBC數(shù)據(jù)展示?454–Fna–QualSBC轉(zhuǎn)錄組分析?分析材料收集?分析流程概要?分析結(jié)果展示SBC分析流程SBC數(shù)據(jù)預(yù)處理?去除總體質(zhì)量偏低的Reads?去除首末尾質(zhì)量低的堿基，

7、序列?去除中間N堿基，標(biāo)準(zhǔn)為連續(xù)出現(xiàn)SBC2個N?去除ribosomeRNAreads拼接assembly?CLCbio?Trinity?Velvet+Oases?SOAPdenovo?ABYSSSBC比對基因組?Tophat:RNA-SEQ權(quán)威比對工具splicing比對算法：即分段比對算法，當(dāng)某條測序序列位于轉(zhuǎn)錄本剪切位點時，也就是這條序列同時屬于兩個外顯子，如果將它與參考基因組進(jìn)行比對SBC，它將無法找到它合適的位置；但是應(yīng)用分段比對算法就可以將這條測序序列分割變成多段子序列，然后應(yīng)用這些段子序列

8、與基因組進(jìn)行比對，這樣就可以找到它們真正的位置基因組比對實現(xiàn)方法第一步：應(yīng)用bowtie對下載的基因組建立索引bowtie2-build-fgenome.fagenome_index第二步：應(yīng)用tophatSBC進(jìn)行基因組比對tophat2-I50000--max-segment-intron50000-a10–m0-g1–pcpu_cores-Ggtf/gff文件genome_indexfastq_1fastq_2BAM基因組比對結(jié)果?S