【從零學(xué)測序】癌癥基因組重測序分析第二講.pdf

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1、肝癌發(fā)生存在多中心起源假說，即多個癌灶之間在肝內(nèi)是彼此獨立形成的，那么這類病人可能尚屬肝癌發(fā)生早期，通過手術(shù)切除能達(dá)到較為理想的效果，并且預(yù)后較好。但如果在多個癌灶之間存在遺傳關(guān)系（肝內(nèi)播散），即其中一些癌灶是通過其他癌灶轉(zhuǎn)移而形成的，那么這類病人應(yīng)屬肝癌晚期，手術(shù)效果差。但這種假說從未被真正證實過，限于之前的技術(shù)原因也無從判斷，它一直存在于肝臟外科醫(yī)師的經(jīng)驗中。癌癥基因組測序：對癌癥及對照組織的DNA進(jìn)行提取，利用高通量測序技術(shù)，高效快速地對癌癥及對照組織DNA序列進(jìn)行測定；通過生物信息學(xué)分析，與對照組織的比較，得到癌癥組織DNA序列中的單堿基、多堿基水平

2、的變異，拷貝數(shù)的變異，基因組結(jié)構(gòu)的變異等。PI-N;PII-N;PI-B;PII-B；1.HBV整合位點2.體細(xì)胞突變3.拷貝數(shù)變異4.基因組結(jié)構(gòu)變異Geneswithoverfour-folddifferentialexpressioninthePIandPIItumourswereevaluatedforpathwayenrichment.FiveKEGGorBioCartapathwayscomprisingatotalof21genes,includingcellcycle(hsa04110),p53signaling(hsa04115),histi

3、dinemetabolism(hsa00340),G2/Mcheckpoint(g2Pathway),andRan-mediatedmitoticspindleregulation(ranMSpathway),werefoundtobeexclusivelyenrichedinPItumoursSevenofthehighestlevelexpressinggenes(>10fold)wereselectedforfurthervalidationbyqRT-PCRusingpairedtumour/livertissuesfrom174HBV-HCCpat

4、ients.本周線下沙龍主題：“轉(zhuǎn)錄組與長非編碼RNA測序技術(shù)及應(yīng)用”時間：本周六下午2:30地點：北京市海淀區(qū)科學(xué)院南路6號，中科院計算技術(shù)研究所8層會議室，限定人數(shù)：30人線下討論報名方式：回復(fù)“測序沙龍：姓名+單位/學(xué)校+郵箱+手機(jī)號”至測序中國官方微信公眾號：seq114微信測序討論群