系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建課件.ppt

《系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建課件.ppt》由會員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在教育資源-天天文庫。

1、分子進(jìn)化分析——系統(tǒng)發(fā)生樹的構(gòu)建主要內(nèi)容分子進(jìn)化分析介紹系統(tǒng)發(fā)育樹建立方法系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建實(shí)例分子進(jìn)化分析介紹系統(tǒng)發(fā)生（phylogeny）——是指生物形成或進(jìn)化的歷史系統(tǒng)發(fā)生學(xué)(phylogenetics)——研究物種之間的進(jìn)化關(guān)系系統(tǒng)發(fā)育樹（phylogenetictree）——描述物種之間進(jìn)化關(guān)系系統(tǒng)發(fā)育樹（phylogenetictree）——又稱evolutionarytree進(jìn)化樹)就是描述這一群有機(jī)體發(fā)生或進(jìn)化順序的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)。它可以用來研究不同物種間的進(jìn)化關(guān)系，這一直是生物學(xué)的研究熱點(diǎn)

2、。拓?fù)洌═opology）將討論范圍內(nèi)的事物之間的相互關(guān)系表示出來，將這些事物之間的關(guān)系通過圖表示出來。分子進(jìn)化研究的目的從物種的一些分子特性出發(fā)，從而了解物種之間的生物系統(tǒng)發(fā)生的關(guān)系。通過序列同源性的比較進(jìn)而了解基因的進(jìn)化以及生物系統(tǒng)發(fā)生的內(nèi)在規(guī)律系統(tǒng)發(fā)生樹結(jié)構(gòu)樹的每一條線叫做一個(gè)分支(branches)在分支的末端的部分稱之為分類(taxa)或運(yùn)籌分類單位（operationaltaxonomicunits）兩個(gè)臨近的分支的連接處稱為節(jié)點(diǎn)（node）,表示推斷祖先的現(xiàn)存類群在樹最底部的分支點(diǎn)成為

3、根節(jié)（rootnode）,一個(gè)單一的共同的祖先被定義為進(jìn)化支（clade）或者單源群（monophyleticgroup）樹的分支模式被成為拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)（treetopology）系統(tǒng)發(fā)育樹建立方法NCBI——BLAST——輸入序列對比——記錄好以下幾方面：名稱：UnculturedbacteriumcloneYU201H10序列號：FJ694683/FJ694514文獻(xiàn)：TITLECircumpolarsynchronyinbigriverbacterioplankton序列長度：353相似比：99%

4、核酸序列分類地位CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比對程序的Windows版本。ClustalX為進(jìn)行多重序列和輪廓比對和分析結(jié)果提供一個(gè)整體的環(huán)境。序列將顯示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可以在比對中加亮保守區(qū)的特征。窗口上面的下拉菜單可讓你選擇傳統(tǒng)多重比對和輪廓比對需要的所有選項(xiàng)。Clustalx比對結(jié)果是構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹的前提打開軟件clustalx具體步驟根據(jù)需要，選定要比對的菌株及相應(yīng)的序列。將序列COPY至記事本1）FileLoadsequences找序列2）AlignmentD

5、ocompletealignmentAlign自動生成文件于桌面（序列所在文件夾）..aln是所需文件謝謝?。?/p>