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《2015高通量測序專題培訓：使用bioconductor 軟件對 基因芯片進行分析.pdf》由會員上傳分享，免費在線閱讀，更多相關內(nèi)容在教育資源-天天文庫。
1、封面頁（設計好之后可以刪掉這個文本框哦）Bioconductor簡介及其在生物信息學中的應用鄭廣勇上海生命科學研究院主要內(nèi)容?Bioconductor軟件介紹?Bioconductor軟件應用?生物序列的獲取(biomaRt)?生物序列分析中的應用(Biostrings)?基因芯片分析中的應用(affy)Basepair蘇州貝斯派生物科技有限公司蘇州貝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnwww.basepair.cnBioconductorBioconductor是一個基于R語言的生物信息軟件包，主要用于生物數(shù)
2、據(jù)的注釋、分析、統(tǒng)計、以及可視化（http://www.bioconductor.org）Basepair蘇州貝斯派生物科技有限公司蘇州貝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnwww.basepair.cnBioconductor軟件包的安裝Basepair蘇州貝斯派生物科技有限公司蘇州貝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnwww.basepair.cnBioconductor(1)ExperimentData;(2)Software;(3)AnnotationDataBasepair蘇州貝斯派生物
3、科技有限公司www.basepair.cnBiomarthttp://www.biomart.orgBasepair蘇州貝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnbiomaRt提供一個通用的接口，讓用戶可以快速從Biomart數(shù)據(jù)倉庫獲得大量的生物序列及相關數(shù)據(jù)安裝source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")biocLite(“biomaRt”)library(“
4、biomaRt”)browseVignettes("biomaRt")顯示并指定一個數(shù)據(jù)庫listMarts();ensembl=useMart("ensembl");listDatasets(ensembl)ensembl=useDataset("hsapiens_gene_ensembl",mart=ensembl)取得數(shù)據(jù)getBM(attributes,filters,values,mart)getGenegetSequenceBasepair蘇州貝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnbiomaRt(1
5、)獲取affy芯片探針的注釋信息affyids=c("202763_at","209310_s_at","207500_at")getBM(attributes=c(‘a(chǎn)ffy_hg_u133_plus_2’,‘hgnc_symbol’,‘chromosome_name’,‘start_position’,‘end_position’,‘band’),filters=‘a(chǎn)ffy_hg_u133_plus_2’,values=affyids,mart=ensembl)Basepair蘇州貝斯派生物科技有限公司www.basep
6、air.cnbiomaRt(2)獲取gene的GO注釋信息entrez=c("673","837")goids=getBM(attributes=c('entrezgene','go_id'),filters='entrezgene',values=entrez,mart=ensembl)Basepair蘇州貝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnbiomaRt(3)獲取基因promoter區(qū)域的序列entrez=c("673","7157","837")getSequence(id=entrez,type="e
7、ntrezgene",seqType="coding_gene_flank",upstream=100,mart=ensembl)Basepair蘇州貝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnBiostrings提供一個通用的接口，讓用戶可以快速對生物序列進行各種操作安裝source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")biocLite(“Biostrings”)lib
8、rary(“Biostrings”)browseVignettes(“Biostrings")biocLite(“Bsgenome.Hsapiens.UCSC.hg19”)Basepair蘇州貝斯派生物科技有限公司www.basepair.cnBiostrings(1)DNA、RNA序列的
