寧夏回族hlaa，b，drb1基因座遺傳多態(tài)性和單倍型分析_論文

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1、寧夏回族HLAA，B，DRB1基因座遺傳多態(tài)性和單倍型分析作者：沈春梅朱波峰劉孟黎張華東李生斌【摘要】目的：研究寧夏回族自治區(qū)地區(qū)回族人群HLAA，B，DRB1基因座的等位基因及其組成的單倍型頻率分布特征.方法：采集寧夏回族122名無關(guān)健康個(gè)體靜脈血，應(yīng)用聚合酶鏈反應(yīng)序列特異性引物方法對其HLAA，B和DRB1基因座進(jìn)行基因分型.直接計(jì)數(shù)法統(tǒng)計(jì)基因頻率，采用最大數(shù)學(xué)預(yù)期值算法計(jì)算HLA單體型頻率.結(jié)果：122名寧夏回族個(gè)體的HLAA，B，DRB1基因座分別檢出14，29，13個(gè)等位基因.高頻等位基因分

2、別為HLAA*02；HLAA*11；HLAA*24；HLAA*03，HLAB*35；HLAB*46；HLAB*13；HLAB*51，HLADRB1*15；HLADRB1*09；HLADRB1*07；HLADRB1*12.高頻單倍型分別為HLAA*02B*46；HLAA*11B*60；HLAA*02B*51；HLAB*46DRB1*09；HLAB*13DRB1*07；HLAB*58DRB1*17；HLAA*02B*46DRB1*09；HLAA*02B*58

3、DRB1*17；HLAA*02B*13DRB1*12.結(jié)論：寧夏回族自治區(qū)回族人群HLA基因座的等位基因和單倍型具有較高的遺傳多態(tài)性.HLAA*01B*37,HLAA*30B*13,HLAA*02B*50,HLAB*31DRB1*10在該民族具有極強(qiáng)的連鎖不平衡.8/8【關(guān)鍵詞】寧夏回族；HLA抗原；單倍型頻率；遺傳多態(tài)性0引言人類白細(xì)胞抗原(humanleukocyteantigen,HLA)系統(tǒng)位于，是目前所知人類基因組中多態(tài)性最高、最為復(fù)雜的免疫遺傳系統(tǒng),其研究已廣泛應(yīng)用于器官移植

4、配型以及疾病相關(guān)性研究等領(lǐng)域.由于HLA基因座具有高度的遺傳多態(tài)性,在不同種族、民族、不同地域的人群中,其等位基因和單倍型的頻率存在差異,因此對于民族起源、進(jìn)化、遷徙、融合等人類群體遺傳學(xué)研究具有重要意義,并且在法醫(yī)學(xué)個(gè)體識別中也發(fā)揮著重要的作用［1-4］.我們采用聚合酶鏈反應(yīng)序列特異性引物方法(polymerasechainreactionsequencespecificprimers,PCRSSP),對寧夏回族自治區(qū)回族人群HLAA，B和DRB1基因座進(jìn)行分析研究.1材料和方法材料寧夏回族自治區(qū)122

5、名健康、無血緣關(guān)系的回族個(gè)體,其個(gè)體3代以上無與其他民族個(gè)體通婚史.采集其外周血各2mL,EDTA抗凝.HLAA，B，DRB1分型試劑（美國PELFREEZ公司，美國GT公司）.PE9700型PCR儀.方法基因組DNA制備采用鹽析法提取基因組DNA,DNA濃度為50～80ng/L,純度為～8/8A，B和DRB1基因座基因分型按HLAA，B，DRB1分型試劑說明進(jìn)行分型.對模棱兩可的結(jié)果采用第二家試劑進(jìn)行分型，仍不出結(jié)果的進(jìn)行測序分型.遵循WHO下屬HLA系統(tǒng)命名委員會規(guī)定,按標(biāo)準(zhǔn)HLA命名法則低分辨判

6、讀等位基因,分析分別得出HLAA，B和DRB1基因座基因型,并按HLA命名委員會公布的HLA等位基因與其表型對應(yīng)關(guān)系將等位基因型轉(zhuǎn)化為相應(yīng)的表現(xiàn)型.Weinberg平衡檢驗(yàn)采用χ2方法做吻合度檢驗(yàn),通過Arlequin軟件計(jì)算χ2和P值,檢驗(yàn)水準(zhǔn)設(shè)為統(tǒng)計(jì)學(xué)處理：應(yīng)用直接計(jì)數(shù)法統(tǒng)計(jì)HLAA，B，DRB1基因座基因頻率.采用最大數(shù)學(xué)預(yù)期值算法(expectationmaximization,EM),通過Arlequin軟件計(jì)算HLA單體型頻率，以頻率大于1/（N為樣本量）為觀察到有意義單倍型［5］.依文獻(xiàn)［6

7、］計(jì)算兩基因座連鎖不平衡參數(shù)，依文獻(xiàn)［7］報(bào)道有意義兩基因座單倍型正連鎖不平衡參數(shù).不同民族HLAB基因座數(shù)據(jù)源自文獻(xiàn)［3-4,8-11］，用Nei［12］方法以HLAB基因座基因頻率數(shù)據(jù)計(jì)算不同民族間的遺傳距離，將遺傳距離導(dǎo)入軟件,根據(jù)鄰接法構(gòu)建NeighborJioning(NJ)系統(tǒng)發(fā)生樹.2結(jié)果8/8A，B和DRB1等位基因頻率分布在122名回族個(gè)體中HLAA基因座中共檢出14個(gè)等位基因,基因頻率分布在～之間（表1）,其中高頻等位基因分別為HLAA*02(GF=)，A*11(GF=)，A*2

8、4(GF=)；HLAB基因座共檢出29個(gè)等位基因,基因頻率分布在～之間,其中高頻等位基因分別為HLAB*35(GF=)，B*46(GF=)，B*13(GF=)；HLADRB1基因座共檢出13個(gè)等位基因,基因頻率在～之間,其中高頻等位基因分別為HLADRB1*15(GF=)，DRB1*09(GF=)，DRB1*07(GF=).Weinberg平衡檢驗(yàn)通過Arlequin軟件進(jìn)行