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1、應(yīng)用NCBI的Mapviewer查找基因序列、mRNA序列、啟動(dòng)時(shí)間:2011-06-0822:23來源:生物吧作者:劉浩點(diǎn)擊:796次一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、引物設(shè)計(jì)、BLAST序列比對(duì)等(作者：urbest)關(guān)鍵詞:NCBI使用方法引物設(shè)計(jì)序列比對(duì)總共分為四個(gè)部分介紹一下NCBI的使用：Partone一步一步教你使用NCBI查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、引物設(shè)計(jì)、BLAST序列比對(duì)等(作者：urbest)關(guān)鍵詞:NCBI使用方法
2、引物設(shè)計(jì)序列比對(duì)總共分為四個(gè)部分介紹一下NCBI的使用：Partone如何查找基因序列/mRNA/PromoterParttwo如何查找連續(xù)mRNA/cDNA/蛋白序列Partthree運(yùn)用STS查找已經(jīng)公布的引物序列Partfour如何運(yùn)用BLAST進(jìn)行序列比對(duì)、檢驗(yàn)引物特異性Partone:利用Mapviewer查找基因序列、mRNA序列、啟動(dòng)子（Promoter）[同一個(gè)頁面即可顯示基因序列和啟動(dòng)子]下面以人的IL6（白細(xì)胞介素6）為例講述一下具體的操作步驟一、打開Mapviewer頁面，網(wǎng)
3、址為：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html在search的下拉菜單里選擇物種，for后面填寫你的目的基因。操作完畢如圖所示：二、點(diǎn)擊“GO”出現(xiàn)如下頁面：三、在步驟二圖示的右下角有一個(gè)QuickFilter，下面是讓你選擇的幾個(gè)復(fù)選框，在Gene前面的小方框里打勾，然后點(diǎn)擊Filter，出現(xiàn)下圖：說明一下：1、染色體的紅色區(qū)域即為你的目的基因所處位置。2、下面參考序列給出了三個(gè)，是不同的部門做出來的，經(jīng)我驗(yàn)證，序列有微小的差異，但總體來說基本
4、相同。盡管你分別點(diǎn)擊后，序列代碼、序列代碼等有所差異，但堿基基本一致，不影響大家研究分析序列。現(xiàn)在普遍采用的是最上面的那個(gè)序列，這一條是世界范圍的生物科學(xué)家用計(jì)算機(jī)合成的一個(gè)序列。我也推薦大家使用這個(gè)序列。四、點(diǎn)擊上述三條序列第一條序列（即reference）對(duì)應(yīng)的“Genesseq”，出現(xiàn)新的頁面，頁面下方為：五、點(diǎn)擊上圖出現(xiàn)的“Download/ViewSequence/Evidence”，即下載查看序列等功能，結(jié)果如圖所示：先對(duì)上面這張圖做點(diǎn)簡要的說明，在SequenceFormat（序列輸
5、出格式）后面是一個(gè)下拉式選擇菜單，默認(rèn)的為FASTA格式，還有一個(gè)是GenBank格式。我推薦大家選擇GenBnak格式，因?yàn)檫@個(gè)格式提供了很多該基因的信息，而FASTA格式只有基因序列。六、在SequenceFormat后選擇GenBank，然后點(diǎn)擊下面的Display，目的基因的相關(guān)信息和序列就出現(xiàn)在眼前了。點(diǎn)擊后如圖所示（網(wǎng)頁較大，只抓取一小部分以作示范）：在上述打開的網(wǎng)頁中，你可以看到基因長度，基因序列，以及這個(gè)基因是如何被報(bào)道出來的等各種信息。你會(huì)看到：mRNAjoin（3598..36
6、78,3841..4031,5090..5203,5911..6057,7803..8394）這代表了從基因的3598位開始就是轉(zhuǎn)錄區(qū)了，即我們常說的mRNA片斷，由于內(nèi)含子的存在，所以mRNA在DNA序列上分成了幾段。CDSjoin（3660..3678,3841..4031,5090..5203,5911..6057,7803..7970）CDS代表編碼序列，即蛋白編碼區(qū)是從3660開始的（ATG），由于剪接作用所以CDS區(qū)也是不連續(xù)的。說到這里，可能很多朋友都已經(jīng)明白了promoter即啟動(dòng)
7、子區(qū)域在哪里了。但我還是再嘮叨幾句：轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)前面是基因的調(diào)控區(qū)，啟動(dòng)子區(qū)沒有明顯的位置定義，大家也只是猜測(cè)它的大體位置，如果你要研究promoter區(qū)的話，建議你選擇轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)前的2000個(gè)堿基進(jìn)行研究，一般默認(rèn)的是這樣。當(dāng)然你如果覺得長度太長不好研究的話，也可以只研究-1000到0這一千個(gè)堿基，因?yàn)橐话闱闆r下，啟動(dòng)子區(qū)的變異都在這個(gè)區(qū)域內(nèi)。這樣大家就可以找到自己的目的基因序列和啟動(dòng)子了，這種方法可能使用的人不是很多，但我個(gè)人比較喜歡，因?yàn)樗畲蟮膬?yōu)點(diǎn)是可以找到啟動(dòng)子區(qū)域和其他調(diào)控區(qū)域。(責(zé)
8、任編輯：大漢昆侖王)
