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《前列腺癌蛋白組學(xué)及基因組學(xué)相關(guān)文獻(xiàn)綜述》由會(huì)員上傳分享，免費(fèi)在線閱讀，更多相關(guān)內(nèi)容在應(yīng)用文檔-天天文庫。
1、前列腺癌蛋白組學(xué)及基因組學(xué)相關(guān)文獻(xiàn)綜述 前列腺癌（PCa）是男性最常見的癌癥之一。2014年，美國(guó)新增PCa患者23萬例，死亡患者近3萬例[1].目前，針對(duì)PCa的蛋白組學(xué)和基因組學(xué)研究非常廣泛，發(fā)現(xiàn)表達(dá)差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義的基因數(shù)以千計(jì)，但其中僅少數(shù)可能與PCa的發(fā)生發(fā)展相關(guān)[2].通過文獻(xiàn)挖掘?qū)Π┌Y相關(guān)基因進(jìn)行提取和整理，是癌癥分子機(jī)制研究的良好方法。但若文獻(xiàn)挖掘只局限于摘要，且利用自動(dòng)文獻(xiàn)挖掘工具未免機(jī)械，在文章題目和摘要中未出現(xiàn)的差異基因可能被漏掉。本研究通過檢索PCa蛋白組學(xué)及基因組學(xué)相關(guān)文獻(xiàn)，閱讀全文人工提取差異
2、基因，并對(duì)其進(jìn)行GO（GeneOntology）、KEGG通路等生物信息學(xué)分析，進(jìn)一步挖掘可能與PCa相關(guān)的基因和通路，從而為PCa發(fā)生的分子機(jī)制研究提供依據(jù)?！ ?資料與方法 1.1文獻(xiàn)納入與排除標(biāo)準(zhǔn)納入標(biāo)準(zhǔn)：（1）研究對(duì)象為人PCa組織或人PCa細(xì)胞株；（2）提供差異蛋白或基因名稱。排除標(biāo)準(zhǔn)：（1）某種干預(yù)措施對(duì)PCa蛋白譜變化的影響研究；（2）未提供差異蛋白或基因名稱；（3）文獻(xiàn)綜述?！ ?.2文獻(xiàn)檢索計(jì)算機(jī)檢索PubMed數(shù)據(jù)庫，檢索策略：（prostatecancer[Title]）ANDProteomics（p
3、rostatecancer[Title]）ANDGenomics,時(shí)間限定建庫至2015年1月。 1.3資料提取文獻(xiàn)中涉及PCa與前列腺增生（BPH）組織或細(xì)胞（A組）、PCa與鄰近良性組織（B組）、PCa高Gleason評(píng)分與低Gleason評(píng)分（C組）蛋白譜和基因譜的比較，提取差異基因或蛋白輸入TheProteinInformationResource（PIR,Georgetobol統(tǒng)一名稱?！ ?.4生物信息學(xué)分析 1.4.1差異基因的GO分析采用DAVIDBioinformaticsResources6.7（Na
4、tionalInstituteofAllergyandInfectiousDiseases,NIH,USA）在線工具分別對(duì)差異基因及各組的差異基因進(jìn)行GO分析，探索共同出現(xiàn)的生物過程、細(xì)胞成分以及分子功能。 1.4.2差異基因的KEGG通路分析通過DAVIDBioinformaticsResources6.7（NationalInstituteofAllergyandInfectiousDiseases,NIH,USA）在線工具分別對(duì)差異基因及各組的差異基因進(jìn)行KEGG通路分析，探索共同出現(xiàn)的生物學(xué)通路。 2結(jié)果 2.
5、1文獻(xiàn)篩選結(jié)果檢索PubMed數(shù)據(jù)庫獲得文獻(xiàn)564篇，排除重復(fù)文獻(xiàn)179篇，閱讀文題和摘要排除282篇，閱讀全文排除文獻(xiàn)68篇，共納入35篇文獻(xiàn)[3-37],文獻(xiàn)篩選流程見圖1. 2.2差異基因納入文獻(xiàn)提取差異基因764個(gè)，其中A組差異基因162個(gè)，B組差異基因423個(gè)，C組差異基因209個(gè)，3組共同差異基因21個(gè)（見表1）.報(bào)道大于4次的差異基因共14個(gè)，其中DES報(bào)道8次，HSPB1、VCL各報(bào)道7次，ACPP、ACTN1、AZGP1、ENO1、HSPA5和HSPD1各報(bào)道6次，ANXA1、EZR、KRT8、LMNA和
6、SERPINF1各報(bào)道5次。A組差異基因DES報(bào)道最多，為6次；B組差異基因ACPP報(bào)道最多，為4次；C組差異基因ACTN1、HSPB1、LMNA報(bào)道最多，均為3次。 2.3差異基因的GO分析GO分析結(jié)果顯示，差異基因涉及的生物過程主要有細(xì)胞死亡調(diào)控、細(xì)胞增殖調(diào)控、創(chuàng)傷反應(yīng)、蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)運(yùn)、穩(wěn)態(tài)過程（差異基因頻數(shù)≥72,頻率≥9.4%）,細(xì)胞成分主要涉及胞外區(qū)、膜封閉腔、細(xì)胞骨架、囊泡以及線粒體（差異基因頻數(shù)≥85,頻率≥11.1%）,分子功能主要涉及核苷酸結(jié)合、鈣離子結(jié)合、相同蛋白結(jié)合以及酶結(jié)合（差異
7、基因頻數(shù)≥60,頻率≥7.9%,見表2）?！ ?duì)各組差異基因進(jìn)行GO分析結(jié)果顯示，各組差異基因共同涉及的生物過程主要有細(xì)胞死亡調(diào)控、細(xì)胞增殖調(diào)控、創(chuàng)傷反應(yīng)以及穩(wěn)態(tài)過程；共同涉及的細(xì)胞成分主要有胞外區(qū)、膜封閉腔、細(xì)胞骨架、囊泡以及線粒體；共同涉及的分子功能主要有鈣離子結(jié)合、相同蛋白結(jié)合、結(jié)構(gòu)分子活性以及肌動(dòng)蛋白結(jié)合?！ ?.4差異基因的KEGG通路分析KEGG通路分析發(fā)現(xiàn)，差異基因主要參與癌癥通路、黏著斑、肌動(dòng)蛋白細(xì)胞骨架調(diào)控、MAPK信號(hào)等生物學(xué)通路（差異基因頻數(shù)≥29,頻率≥3.8%,見表3）.
8、對(duì)各組差異基因進(jìn)行KEGG通路分析結(jié)果顯示，各組差異基因共同參與的KEGG通路主要有黏著斑、補(bǔ)體及凝血級(jí)聯(lián)、ECM受體相互作用等生物學(xué)通路?！ ?討論 目前，尚缺少通過文獻(xiàn)挖掘?qū)Ca蛋白組學(xué)及基因組學(xué)差異基因數(shù)據(jù)進(jìn)行整理并開展生物信息學(xué)分析的研究。Hu等采用MedGene文獻(xiàn)挖掘工
